[日本語] English
万見
- PDB-5a3j: Crystal structure of the chloroplastic gamma-ketol reductase from... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5a3j
タイトルCrystal structure of the chloroplastic gamma-ketol reductase from Arabidopsis thaliana bound to 13-Oxo-9(Z),11(E),15(Z)- octadecatrienoic acid.
要素PUTATIVE QUINONE-OXIDOREDUCTASE HOMOLOG, CHLOROPLASTIC
キーワードOXIDOREDUCTASE / GAMMA-KETOL REDUCTASE / CHLOROPLAST / MEDIUM CHAIN REDUCTASE
機能・相同性
機能・相同性情報


chloroplast inner membrane / 酸化還元酵素; CH-CH結合に対し酸化酵素として働く; NADまたはNADPを用いる / chloroplast envelope / plant-type vacuole / chloroplast thylakoid membrane / chloroplast / oxidoreductase activity / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
: / Zinc-binding dehydrogenase / Quinone Oxidoreductase; Chain A, domain 1 / Medium-chain alcohol dehydrogenases, catalytic domain / Alcohol dehydrogenase, N-terminal / Alcohol dehydrogenase GroES-like domain / Polyketide synthase, enoylreductase domain / Enoylreductase / GroES-like superfamily / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain ...: / Zinc-binding dehydrogenase / Quinone Oxidoreductase; Chain A, domain 1 / Medium-chain alcohol dehydrogenases, catalytic domain / Alcohol dehydrogenase, N-terminal / Alcohol dehydrogenase GroES-like domain / Polyketide synthase, enoylreductase domain / Enoylreductase / GroES-like superfamily / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Alpha-Beta Complex / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
(13-oxo-9(Z),11(E),15(Z)-octadecatrienoic acid) / Chloroplast envelope quinone oxidoreductase homolog
類似検索 - 構成要素
生物種ARABIDOPSIS THALIANA (シロイヌナズナ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.776 Å
データ登録者Mas-y-mas, S. / Curien, G. / Giustini, C. / Rolland, N. / Ferrer, J.L. / Cobessi, D.
引用ジャーナル: Front Plant Sci / 年: 2017
タイトル: Crystal Structure of the Chloroplastic Oxoene Reductase ceQORH from Arabidopsis thaliana.
著者: Mas Y Mas, S. / Curien, G. / Giustini, C. / Rolland, N. / Ferrer, J.L. / Cobessi, D.
履歴
登録2015年6月1日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年9月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年3月22日Group: Database references
改定 1.22017年4月5日Group: Database references
改定 1.32017年8月9日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_detector / Item: _diffrn_detector.type
改定 1.42024年1月10日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: PUTATIVE QUINONE-OXIDOREDUCTASE HOMOLOG, CHLOROPLASTIC
B: PUTATIVE QUINONE-OXIDOREDUCTASE HOMOLOG, CHLOROPLASTIC
C: PUTATIVE QUINONE-OXIDOREDUCTASE HOMOLOG, CHLOROPLASTIC
D: PUTATIVE QUINONE-OXIDOREDUCTASE HOMOLOG, CHLOROPLASTIC
E: PUTATIVE QUINONE-OXIDOREDUCTASE HOMOLOG, CHLOROPLASTIC
F: PUTATIVE QUINONE-OXIDOREDUCTASE HOMOLOG, CHLOROPLASTIC
G: PUTATIVE QUINONE-OXIDOREDUCTASE HOMOLOG, CHLOROPLASTIC
H: PUTATIVE QUINONE-OXIDOREDUCTASE HOMOLOG, CHLOROPLASTIC
I: PUTATIVE QUINONE-OXIDOREDUCTASE HOMOLOG, CHLOROPLASTIC
J: PUTATIVE QUINONE-OXIDOREDUCTASE HOMOLOG, CHLOROPLASTIC
K: PUTATIVE QUINONE-OXIDOREDUCTASE HOMOLOG, CHLOROPLASTIC
L: PUTATIVE QUINONE-OXIDOREDUCTASE HOMOLOG, CHLOROPLASTIC
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)417,28124
ポリマ－413,77212
非ポリマー3,50912
水00
1
A: PUTATIVE QUINONE-OXIDOREDUCTASE HOMOLOG, CHLOROPLASTIC
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,7732
ポリマ－34,4811
非ポリマー2921
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: PUTATIVE QUINONE-OXIDOREDUCTASE HOMOLOG, CHLOROPLASTIC
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,7732
ポリマ－34,4811
非ポリマー2921
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: PUTATIVE QUINONE-OXIDOREDUCTASE HOMOLOG, CHLOROPLASTIC
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,7732
ポリマ－34,4811
非ポリマー2921
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: PUTATIVE QUINONE-OXIDOREDUCTASE HOMOLOG, CHLOROPLASTIC
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,7732
ポリマ－34,4811
非ポリマー2921
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
5
E: PUTATIVE QUINONE-OXIDOREDUCTASE HOMOLOG, CHLOROPLASTIC
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,7732
ポリマ－34,4811
非ポリマー2921
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
6
F: PUTATIVE QUINONE-OXIDOREDUCTASE HOMOLOG, CHLOROPLASTIC
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,7732
ポリマ－34,4811
非ポリマー2921
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
7
G: PUTATIVE QUINONE-OXIDOREDUCTASE HOMOLOG, CHLOROPLASTIC
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,7732
ポリマ－34,4811
非ポリマー2921
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
8
H: PUTATIVE QUINONE-OXIDOREDUCTASE HOMOLOG, CHLOROPLASTIC
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,7732
ポリマ－34,4811
非ポリマー2921
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
9
I: PUTATIVE QUINONE-OXIDOREDUCTASE HOMOLOG, CHLOROPLASTIC
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,7732
ポリマ－34,4811
非ポリマー2921
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
10
J: PUTATIVE QUINONE-OXIDOREDUCTASE HOMOLOG, CHLOROPLASTIC
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,7732
ポリマ－34,4811
非ポリマー2921
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
11
K: PUTATIVE QUINONE-OXIDOREDUCTASE HOMOLOG, CHLOROPLASTIC
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,7732
ポリマ－34,4811
非ポリマー2921
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
12
L: PUTATIVE QUINONE-OXIDOREDUCTASE HOMOLOG, CHLOROPLASTIC
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,7732
ポリマ－34,4811
非ポリマー2921
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)82.870, 121.010, 122.940
Angle α, β, γ (deg.)66.73, 79.10, 79.99
Int Tables number1
Space group name H-MP1
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID
11
21
31
41
51
61
71
81
91
101
111
121

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDSelection details
111CHAIN A AND (RESSEQ 8:146 OR RESSEQ 157: 207 OR...
211CHAIN B AND (RESSEQ 8:146 OR RESSEQ 157: 207 OR...
311CHAIN C AND (RESSEQ 8:146 OR RESSEQ 157: 207 OR...
411CHAIN D AND (RESSEQ 8:146 OR RESSEQ 157: 207 OR...
511CHAIN E AND (RESSEQ 8:146 OR RESSEQ 157: 207 OR...
611CHAIN F AND (RESSEQ 8:146 OR RESSEQ 157: 207 OR...
711CHAIN G AND (RESSEQ 8:146 OR RESSEQ 157: 207 OR...
811CHAIN H AND (RESSEQ 8:146 OR RESSEQ 157: 207 OR...
911CHAIN I AND (RESSEQ 8:146 OR RESSEQ 157: 207 OR...
1011CHAIN J AND (RESSEQ 8:146 OR RESSEQ 157: 207 OR...
1111CHAIN K AND (RESSEQ 8:146 OR RESSEQ 157: 207 OR...
1211CHAIN L AND (RESSEQ 8:146 OR RESSEQ 157: 207 OR...

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(0.2512, 0.929, 0.2717), (0.9195, -0.3167, 0.2329), (0.3024, 0.1913, -0.9338)51.35, -83.4, 43.9
2given(-0.6862, -0.5719, 0.4495), (-0.5667, 0.03284, -0.8233), (0.456, -0.8197, -0.3466)24.06, 3.571, -11.61
3given(-0.5783, -0.3502, -0.7368), (-0.3541, -0.706, 0.6134), (-0.735, 0.6156, 0.2843)57.4, -64.7, 63.57
4given(0.6075, -0.1887, 0.7716), (0.6421, 0.6884, -0.3373), (-0.4675, 0.7003, 0.5394)84.97, -13.14, 46.02
5given(0.5974, 0.8016, -0.02389), (0.3307, -0.2191, 0.9179), (0.7306, -0.5563, -0.396)70.57, 11.92, 21.04
6given(-0.9997, 0.02298, 0.003932), (-0.01451, -0.4811, -0.8765), (-0.01825, -0.8764, 0.4813)-2.417, -85.22, 26.35
7given(-0.2587, -0.6803, -0.6858), (-0.9312, -0.01298, 0.3642), (-0.2567, 0.7329, -0.6301)-21.36, -53.98, 2.776
8given(-0.8809, 0.3334, -0.3359), (-0.3118, -0.9428, -0.1182), (-0.3561, 0.000582, 0.9345)32.51, -9.529, 32.14
9given(0.8721, 0.1216, -0.4741), (0.3213, 0.5885, 0.742), (0.3692, -0.7993, 0.4741)18.53, -51.32, 42.69
10given(-0.5702, -0.8164, 0.09143), (-0.8215, 0.5675, -0.05578), (-0.006352, -0.1069, -0.9942)60.15, -41.98, 22.68
11given(0.6142, 0.3288, 0.7174), (0.7885, -0.2176, -0.5753), (-0.03306, 0.919, -0.3929)21.21, -41.46, -0.6215

-
要素

#1: タンパク質
PUTATIVE QUINONE-OXIDOREDUCTASE HOMOLOG, CHLOROPLASTIC / GAMMA-KETOL REDUCTASE


分子量: 34481.008 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) ARABIDOPSIS THALIANA (シロイヌナズナ)
組織: CHLOROPLAST / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9SV68, 酸化還元酵素
#2: 化合物
ChemComp-KZH / (13-oxo-9(Z),11(E),15(Z)-octadecatrienoic acid)


分子量: 292.413 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: C18H28O3

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.49 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.6 % / 解説: NONE
結晶化詳細: 0.2 M AMMONIUM TARTRATE PH 7.2, 20% PEG3350

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM30A / 波長: 0.979691
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2011年3月15日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: DOUBLE SI 1 1 1 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979691 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.78→40.21 Å / Num. obs: 102756 / % possible obs: 94.8 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 1.82 % / Biso Wilson estimate: 35.8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.14 / Net I/σ(I): 6.08
反射 シェル解像度: 2.78→2.94 Å / 冗長度: 1.78 % / Rmerge(I) obs: 0.75 / Mean I/σ(I) obs: 1.11 / % possible all: 87

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE)精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3TQH

3tqh


解像度: 2.776→40.208 Å / SU ML: 0.44 / σ(F): 1.99 / 位相誤差: 27.51 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2575 5127 5 %
Rwork0.2003 --
obs0.2031 102724 94.96 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.776→40.208 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数28136 0 209 0 28345
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01128937
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.28639449
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.50210314
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0484691
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0055106
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDタイプRms dev position (Å)
11A2135X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL
12B2135X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.09
13C2132X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.091
14D2131X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.089
15E2135X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.099
16F2135X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.069
17G2131X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.073
18H2135X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.092
19I2131X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.102
110J2132X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.109
111K2134X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.107
112L2134X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.092
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.7761-2.80760.369910.32281732X-RAY DIFFRACTION50
2.8076-2.84070.36621560.32653305X-RAY DIFFRACTION96
2.8407-2.87530.37131800.31683296X-RAY DIFFRACTION96
2.8753-2.91170.37131670.30693328X-RAY DIFFRACTION97
2.9117-2.950.36191580.29833351X-RAY DIFFRACTION97
2.95-2.99040.34971660.29413329X-RAY DIFFRACTION97
2.9904-3.03310.31451850.27563278X-RAY DIFFRACTION97
3.0331-3.07830.33061640.2763342X-RAY DIFFRACTION97
3.0783-3.12640.34161660.2693311X-RAY DIFFRACTION97
3.1264-3.17770.32631830.26013366X-RAY DIFFRACTION97
3.1777-3.23240.30931890.25673291X-RAY DIFFRACTION97
3.2324-3.29120.31161690.23523362X-RAY DIFFRACTION97
3.2912-3.35450.29111890.23043321X-RAY DIFFRACTION97
3.3545-3.42290.31131730.22783310X-RAY DIFFRACTION97
3.4229-3.49730.27531730.20713305X-RAY DIFFRACTION97
3.4973-3.57860.23331990.20113330X-RAY DIFFRACTION97
3.5786-3.6680.26971840.19793301X-RAY DIFFRACTION97
3.668-3.76710.22281860.18363348X-RAY DIFFRACTION97
3.7671-3.87790.24681850.17653295X-RAY DIFFRACTION97
3.8779-4.00290.23531670.18353336X-RAY DIFFRACTION97
4.0029-4.14590.24111640.16383377X-RAY DIFFRACTION97
4.1459-4.31170.22851860.15683338X-RAY DIFFRACTION97
4.3117-4.50770.19921780.15163313X-RAY DIFFRACTION98
4.5077-4.7450.21041640.15373317X-RAY DIFFRACTION97
4.745-5.04170.21461570.15053325X-RAY DIFFRACTION97
5.0417-5.43020.22421630.163312X-RAY DIFFRACTION96
5.4302-5.9750.27061600.17893297X-RAY DIFFRACTION96
5.975-6.8360.22012000.16713236X-RAY DIFFRACTION95
6.836-8.59870.18011700.13723214X-RAY DIFFRACTION95
8.5987-40.21250.15851550.1433031X-RAY DIFFRACTION88
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.0051-0.4498-0.26140.54290.12621.35890.041-0.01650.0809-0.0678-0.09780.04790.04690.1426-0.03350.28060.00210.02280.1857-0.01950.255735.991-43.1118-4.8812
22.56590.1397-0.67633.00540.17561.78720.1405-0.0472-0.4241-0.1661-0.22070.10610.1278-0.11520.07270.36620.0603-0.0610.2936-0.03720.188226.5668-53.581-6.9184
31.6041-0.5173-0.34431.42910.52811.4670.0462-0.0049-0.1825-0.0132-0.22480.55820.1059-0.08870.11830.2282-0.0573-0.04580.187-0.02320.296510.4625-42.75056.2626
41.6719-0.3322-0.1664.2051.67942.8508-0.02390.1757-0.0105-0.3541-0.30460.3858-0.1482-0.00410.23720.21680.0515-0.04740.25870.02540.32295.7142-29.34132.1855
52.4412-0.91812.11471.5306-0.07882.60730.2564-0.0309-0.10030.07270.06820.14170.10590.1946-0.23690.2181-0.00550.01350.19980.00720.227814.0234-32.074216.9812
60.7155-0.2682-0.34760.65050.06421.64110.1048-0.0313-0.3153-0.1604-0.21180.1619-0.2131-0.09010.13040.28520.08080.00920.20840.05580.352119.9419-40.7351-1.9458
71.0712-0.0288-0.80980.99890.11071.6152-0.18720.03620.19890.30960.25830.1949-0.4061-0.6538-0.03230.36110.08130.03250.39340.02070.234618.5443-36.446550.6726
82.69260.1138-0.06572.28070.66722.1496-0.09440.5862-0.00730.067-0.25450.580.2238-1.04570.23090.36940.06080.05620.7135-0.02170.3485.8448-42.225247.6586
90.9457-0.4832-1.09221.70750.0031.4678-0.1770.2941-0.2880.0249-0.2440.54570.5252-0.65450.07740.7267-0.39180.18590.52530.03350.254215.6942-57.970233.4817
101.5020.3675-0.2691.69750.45323.8067-0.11280.0368-0.3349-0.0107-0.22730.12030.6101-0.38470.02721.5898-0.11860.19450.37230.1164-0.046622.2873-67.071540.1913
110.09150.3234-0.13351.0892-0.30720.6115-0.1951-0.0458-0.35650.23730.1059-0.16310.67660.26090.0761.56060.16820.39930.3752-0.0610.02728.8362-66.622833.0316
124.601-0.594-0.22732.0458-1.69281.5299-0.0311-0.0277-0.0854-0.1615-0.06670.04790.01060.18590.09121.13060.31650.04180.49960.09580.039331.3626-58.683926.6011
133.68791.8854-1.20752.8942-0.05562.37090.1348-0.11390.35610.03260.0515-0.31260.0923-0.182-0.1410.26250.01290.05340.19510.05890.297229.8238-47.743625.7393
141.1888-0.0855-0.81190.6311-0.13991.62550.04860.0374-0.11190.0872-0.14090.19420.4602-0.85160.08410.3099-0.2066-0.05150.7425-0.0370.320113.2065-52.824934.5506
151.04380.7696-0.37042.38430.0082.2195-0.2632-0.037-0.40450.23970.0475-0.06010.4243-0.12070.1060.50850.11860.07990.3990.06070.103222.4437-49.913555.4308
160.68660.0432-0.3751.130.14331.5382-0.0487-0.22280.11740.2540.1176-0.3379-0.24030.1680.01630.34650.062-0.10270.2772-0.05210.295430.0307-10.635438.9647
170.9527-0.5210.03141.87490.54151.45140.04410.36670.3391-0.47560.1266-0.3626-0.68690.2833-0.14240.4548-0.11050.11450.44590.12360.411438.5062-5.756113.5038
180.5448-0.7153-0.18781.57320.8120.97110.1761-0.10120.1531-0.19630.105-0.5126-0.23420.2056-0.19540.274-0.05270.00320.3048-0.02820.284835.1114-12.61526.0659
191.63730.5999-0.54870.4045-0.35211.6563-0.05670.4658-0.3266-0.1636-0.00160.00460.22190.1676-0.02420.4430.12730.10080.5246-0.0410.505457.5847-51.7066.8279
202.45570.4363-0.2720.573-0.16850.7293-0.20370.63030.0958-0.03540.0208-0.19880.05850.27310.14540.28470.01740.04340.57660.08160.332759.8991-43.576310.9804
211.6625-0.3935-0.84330.7086-0.64432.57780.11940.14030.07820.1460.1814-0.14890.00370.5127-0.0980.305-0.1516-0.05650.4670.14530.424161.5151-34.390231.8609
223.3839-1.170.40131.11680.04091.5984-0.2771-0.039-0.09750.5953-0.1063-0.1087-0.03580.25850.31420.3704-0.0347-0.00930.29840.08640.33153.374-39.619539.9315
231.0311-0.3325-0.27540.79910.1981.265-0.1264-0.06670.2050.0079-0.0987-0.30240.05730.31150.23230.27020.0066-0.01960.40010.08530.608761.078-43.885823.8013
240.8783-0.26720.16821.66150.35641.19020.04490.0432-0.4774-0.1618-0.24140.46060.2717-0.21730.13430.34360.03340.03920.2748-0.07490.4456-29.4324-49.6805-56.9539
250.14470.4015-0.33732.0439-0.17411.66110.16270.26050.0322-0.1866-0.32740.74580.047-0.24680.11140.45290.1862-0.13540.4544-0.28240.5863-45.7487-34.0828-69.0591
260.79710.05830.02921.37850.53412.61790.55160.4176-0.1649-0.6072-0.56660.05070.19410.1260.04880.57520.2393-0.04390.4723-0.11250.4125-40.3931-22.5864-69.8338
270.5422-0.74470.05351.4147-0.0690.79410.01360.0585-0.0593-0.6203-0.29970.69940.4316-0.26820.1970.44810.1813-0.07930.3857-0.22490.5382-34.7882-40.2328-66.6585
281.0638-0.3374-0.24631.64970.26310.67140.0174-0.02020.1084-0.0690.115-0.2649-0.00950.0435-0.18350.2919-0.0127-0.03650.23150.01610.1762-57.7579-1.1138-39.3402
290.9792-0.44110.22872.7707-0.4810.89620.14250.1451-0.258-0.38270.06960.2490.0988-0.0414-0.08630.17790.0218-0.02830.2848-0.07720.2301-66.8291-16.2942-45.5967
304.946-1.4649-0.24997.06674.17635.09710.1417-0.1923-0.00850.28250.04590.34190.2167-0.2988-0.01570.29020.07010.08360.25860.05660.4047-68.4087-30.9524-30.1049
311.7248-0.27980.33160.6386-1.12162.0039-0.08710.0758-0.1679-0.2629-0.06540.39540.2028-0.15930.01670.1876-0.032-0.05250.1922-0.05770.2724-62.1042-36.9399-29.603
324.10820.7105-0.40550.8824-1.32332.197-0.10390.12710.12470.2458-0.0104-0.0247-0.02630.36760.15990.3310.057-0.0180.2357-0.02950.2155-49.1796-31.6307-38.5132
331.2075-0.5833-0.19571.5572-0.30141.2012-0.08950.14810.0518-0.07310.00980.02780.07110.00040.0840.229-0.03530.01180.26220.04020.2254-63.4462-23.292-46.3113
342.7491.4113-0.56142.73750.88331.19290.0756-0.5428-0.08940.50760.07250.0143-0.3057-0.1828-0.16810.42180.04570.01980.181-0.00840.1824-65.1124-8.4171-28.7007
351.5132-1.0059-0.45921.2788-0.31911.77780.2230.34410.421-0.13310.12250.0491-0.2093-0.0954-0.1210.42910.13250.06410.40060.28431.0615-42.74347.1463-58.7314
360.9927-0.7743-0.61641.33441.16081.0601-0.2015-0.42980.916-0.1074-0.06160.5463-0.2011-0.19890.05970.68690.41590.53820.22540.36581.1599-37.455514.6248-48.6013
370.89490.0983-0.06811.10850.10661.16440.34570.35371.0863-0.0728-0.02380.1859-0.2961-0.1535-0.24220.29420.0860.12430.29040.05850.6428-36.99223.2598-51.0485
381.51430.4578-0.1031.90940.40961.63350.15-0.50990.62180.37990.09150.1583-0.51760.0084-0.17120.56760.14930.48040.2177-0.09171.1394-32.171814.6983-42.4367
392.4691-0.2551-0.39282.175-0.24721.64540.3710.03840.3006-0.1073-0.15050.0518-0.1950.5483-0.19930.2575-0.02650.00850.381-0.02130.2404-13.6239-1.4204-51.3413
401.87171.8041-0.4513.33582.24984.62810.0651-0.0219-0.429-0.1070.00970.2950.7318-0.2084-0.10490.62060.187-0.10780.4429-0.04820.2466-14.9969-18.3916-52.8124
410.72190.2138-0.55781.8987-0.50941.0370.1140.06330.30840.050.28170.489-0.10830.0337-0.28120.18120.041-0.01520.33220.02520.4102-22.959-1.6563-51.2541
420.5111-0.13820.58050.8185-0.6290.96090.0082-0.0376-0.22220.00470.10210.1240.15980.1167-0.15750.22550.0669-0.01540.24120.05130.3153-28.6188-50.2057-29.7551
432.002-0.7659-1.0861.7331.30411.7915-0.1922-0.0086-0.0125-0.08470.2232-0.4318-0.0359-0.0082-0.10320.2946-0.07010.05050.150.07570.4031-16.0885-47.2988-29.4814
441.7391-0.30050.45930.9079-0.020.8001-0.16620.2849-0.01560.114-0.1172-0.2396-0.01240.37120.2480.17230.0117-0.0210.31750.07570.3236-19.3123-40.9385-30.9304
450.91660.0058-0.24752.31180.74051.0936-0.1022-0.16860.1932-0.04730.1163-0.218-0.17050.1606-0.01220.32350.0356-0.05540.22680.05250.2853-16.3795-25.488-21.106
462.78230.57621.08595.134-0.8132.48180.1634-0.43640.12730.39260.0859-0.1201-0.11080.237-0.13590.6723-0.1350.0580.2942-0.05760.2292-26.8467-20.6732-8.721
470.8071-0.5312-0.02110.4295-0.56252.7051-0.2026-0.2336-0.12870.416-0.00270.3539-0.44780.10670.06710.53130.05140.05580.3332-0.09510.3773-32.6116-14.3105-12.9898
484.3658-0.38560.07560.2148-0.13292.83470.1230.32440.1217-0.28910.20650.3518-0.006-0.0511-0.17690.51090.04810.07810.16060.03940.6299-34.8126-12.3046-23.1961
494.8096-0.34462.42313.8841-0.58324.03210.00430.17070.01340.3655-0.2296-0.29010.1314-0.01790.11220.22740.061-0.08550.3102-0.02220.3329-33.2137-16.9545-33.1026
500.8297-0.6786-0.19391.8604-0.63251.0669-0.1218-0.01780.05430.0733-0.04190.02-0.07650.21610.23340.2774-0.0515-0.10080.2158-0.0060.3348-17.122-22.7401-23.9967
511.20850.00980.14351.75130.01892.2268-0.0862-0.2467-0.09520.22070.0099-0.1169-0.1802-0.09850.0030.28070.02940.07210.28690.10910.2384-27.2334-41.8975-16.5946
521.06340.20320.22481.0003-0.27921.24630.0413-0.02730.1375-0.27170.0232-0.2278-0.28660.2224-0.02040.2644-0.05030.04160.217-0.03740.239328.745232.2303-26.1596
532.77531.19180.17071.6963-0.47032.2233-0.0152-0.0803-0.18870.02380.1019-0.51360.48730.4543-0.05720.28050.0691-0.11790.3432-0.01180.465240.10969.3365-16.8882
542.6683-1.3603-1.25711.40350.23630.87010.00680.0206-0.09680.2089-0.43260.18070.35570.31920.13230.3302-0.1008-0.13010.3129-0.08120.406428.693515.1193-5.2995
550.4049-0.0832-0.08510.6440.01471.90980.1061-0.0626-0.1066-0.067-0.0153-0.2784-0.13470.2873-0.08030.2959-0.0301-0.00730.2215-0.02620.310132.927225.2129-23.8465
561.2155-0.4960.03141.3073-0.56941.31380.20320.16830.0286-0.4315-0.0774-0.15160.0042-0.0552-0.13470.27860.02950.03120.21860.01440.22410.389145.0471-24.8225
572.56980.35720.03921.6685-0.31382.11180.1980.2025-0.4289-0.12170.10360.03180.297-0.3481-0.24990.2713-0.0456-0.0590.3069-0.04690.3037-11.993239.3014-29.0233
581.93080.2402-0.28640.9313-0.41872.30630.0972-0.0595-0.07560.23180.32710.2382-0.0101-0.3724-0.3130.1149-0.00260.01880.19010.07240.494-18.766636.3327-4.781
591.324-0.1671-0.03091.03830.30790.9510.0483-0.27450.12640.29830.0964-0.02850.0807-0.1066-0.02280.40910.12780.04860.34010.02750.3263-16.080439.24647.3534
603.4476-1.37120.05231.70661.70422.6199-0.0344-0.12640.05070.20410.4129-0.0416-0.20380.1133-0.2350.21430.0055-0.00730.18060.06130.3736-4.125230.07523.173
610.7445-0.45430.02981.4367-0.7631.17280.08270.04-0.0097-0.3238-0.10480.04820.2109-0.1323-0.05180.2437-0.0277-0.00680.20110.01040.2404-11.746341.8407-13.7226
620.4676-0.38240.37010.4231-0.35520.3052-0.0338-0.5233-0.15530.7587-0.1436-0.3931-0.27890.01280.10362.45860.1577-0.10790.47060.2967-0.076215.259221.079728.7787
630.58770.2661-0.15940.190.02420.6881-0.0388-0.5828-0.32681.4754-0.2443-0.3723-0.14850.06020.05211.52140.1053-0.05280.3588-0.1017-0.252714.378623.728920.5807
640.72120.01010.24530.7675-0.06730.5635-0.0595-0.2815-0.07590.77420.1341-0.57-0.31830.38280.01842.1384-0.163-1.5620.45550.1729-0.325528.826423.933926.9912
650.4460.4410.32371.49010.07561.38620.07780.21360.22521.37210.1991-0.9923-0.37110.0871-0.09090.9787-0.0107-0.36320.2747-0.24850.605823.976843.65749.1012
660.1420.14890.15160.25780.11850.191-0.1893-0.4018-0.07950.4442-0.20230.21920.0596-0.38560.21442.97250.24210.15470.14-0.8596-0.685713.495436.260729.4124
67-0.02540.1480.15610.9713-0.57021.8239-0.00580.07690.0540.325-0.10280.0524-0.1695-0.06670.08490.34540.05910.04930.25350.0320.20268.07061.285513.295
680.9667-0.09060.22931.7502-0.56142.2971-0.0029-0.13550.42510.2280.31340.25840.152-0.7984-0.25410.28490.00940.07690.35130.07840.2972-7.63051.25926.1354
691.51260.7633-0.26142.2845-0.44362.8410.2228-0.0368-0.1349-0.27990.20310.22460.4669-0.2837-0.19820.2429-0.103-0.05420.2383-0.01240.2559-3.4454-3.6133-14.1466
701.07860.0223-0.39332.7071.04061.310.11590.00570.1915-0.0594-0.0328-0.1730.117-0.1386-0.08940.24850.0056-0.02380.2040.01210.18442.44158.7402-18.52
710.6938-0.05540.01271.6209-0.88681.49730.0630.0928-0.06090.055-0.04880.1770.1614-0.18510.0120.29310.00940.01740.2601-0.01820.1352-0.194-1.5274-0.9621
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1CHAIN A AND (RESSEQ 4:80)
2X-RAY DIFFRACTION2CHAIN A AND (RESSEQ 81:131)
3X-RAY DIFFRACTION3CHAIN A AND (RESSEQ 132:178)
4X-RAY DIFFRACTION4CHAIN A AND (RESSEQ 179:212)
5X-RAY DIFFRACTION5CHAIN A AND (RESSEQ 213:265)
6X-RAY DIFFRACTION6CHAIN A AND (RESSEQ 266:329)
7X-RAY DIFFRACTION7CHAIN B AND (RESSEQ 5:80)
8X-RAY DIFFRACTION8CHAIN B AND (RESSEQ 81:131)
9X-RAY DIFFRACTION9CHAIN B AND (RESSEQ 132:178)
10X-RAY DIFFRACTION10CHAIN B AND (RESSEQ 179:198)
11X-RAY DIFFRACTION11CHAIN B AND (RESSEQ 199:227)
12X-RAY DIFFRACTION12CHAIN B AND (RESSEQ 228:245)
13X-RAY DIFFRACTION13CHAIN B AND (RESSEQ 246:265)
14X-RAY DIFFRACTION14CHAIN B AND (RESSEQ 266:299)
15X-RAY DIFFRACTION15CHAIN B AND (RESSEQ 300:329)
16X-RAY DIFFRACTION16CHAIN C AND (RESSEQ 3:178)
17X-RAY DIFFRACTION17CHAIN C AND (RESSEQ 179:233)
18X-RAY DIFFRACTION18CHAIN C AND (RESSEQ 234:329)
19X-RAY DIFFRACTION19CHAIN D AND (RESSEQ 4:46)
20X-RAY DIFFRACTION20CHAIN D AND (RESSEQ 47:131)
21X-RAY DIFFRACTION21CHAIN D AND (RESSEQ 132:178)
22X-RAY DIFFRACTION22CHAIN D AND (RESSEQ 179:265)
23X-RAY DIFFRACTION23CHAIN D AND (RESSEQ 266:329)
24X-RAY DIFFRACTION24CHAIN E AND (RESSEQ 3:131)
25X-RAY DIFFRACTION25CHAIN E AND (RESSEQ 132:178)
26X-RAY DIFFRACTION26CHAIN E AND (RESSEQ 179:265)
27X-RAY DIFFRACTION27CHAIN E AND (RESSEQ 266:329)
28X-RAY DIFFRACTION28CHAIN F AND (RESSEQ 3:80)
29X-RAY DIFFRACTION29CHAIN F AND (RESSEQ 81:179)
30X-RAY DIFFRACTION30CHAIN F AND (RESSEQ 180:197)
31X-RAY DIFFRACTION31CHAIN F AND (RESSEQ 198:223)
32X-RAY DIFFRACTION32CHAIN F AND (RESSEQ 224:265)
33X-RAY DIFFRACTION33CHAIN F AND (RESSEQ 266:299)
34X-RAY DIFFRACTION34CHAIN F AND (RESSEQ 300:329)
35X-RAY DIFFRACTION35CHAIN G AND (RESSEQ 5:21)
36X-RAY DIFFRACTION36CHAIN G AND (RESSEQ 22:46)
37X-RAY DIFFRACTION37CHAIN G AND (RESSEQ 47:80)
38X-RAY DIFFRACTION38CHAIN G AND (RESSEQ 81:107)
39X-RAY DIFFRACTION39CHAIN G AND (RESSEQ 108:227)
40X-RAY DIFFRACTION40CHAIN G AND (RESSEQ 228:245)
41X-RAY DIFFRACTION41CHAIN G AND (RESSEQ 246:329)
42X-RAY DIFFRACTION42CHAIN H AND (RESSEQ 3:21)
43X-RAY DIFFRACTION43CHAIN H AND (RESSEQ 22:46)
44X-RAY DIFFRACTION44CHAIN H AND (RESSEQ 47:107)
45X-RAY DIFFRACTION45CHAIN H AND (RESSEQ 108:179)
46X-RAY DIFFRACTION46CHAIN H AND (RESSEQ 180:198)
47X-RAY DIFFRACTION47CHAIN H AND (RESSEQ 199:227)
48X-RAY DIFFRACTION48CHAIN H AND (RESSEQ 228:245)
49X-RAY DIFFRACTION49CHAIN H AND (RESSEQ 246:265)
50X-RAY DIFFRACTION50CHAIN H AND (RESSEQ 266:299)
51X-RAY DIFFRACTION51CHAIN H AND (RESSEQ 300:329)
52X-RAY DIFFRACTION52CHAIN I AND (RESSEQ 5:179)
53X-RAY DIFFRACTION53CHAIN I AND (RESSEQ 180:212)
54X-RAY DIFFRACTION54CHAIN I AND (RESSEQ 213:265)
55X-RAY DIFFRACTION55CHAIN I AND (RESSEQ 266:329)
56X-RAY DIFFRACTION56CHAIN J AND (RESSEQ 3:80)
57X-RAY DIFFRACTION57CHAIN J AND (RESSEQ 81:131)
58X-RAY DIFFRACTION58CHAIN J AND (RESSEQ 132:198)
59X-RAY DIFFRACTION59CHAIN J AND (RESSEQ 199:227)
60X-RAY DIFFRACTION60CHAIN J AND (RESSEQ 228:265)
61X-RAY DIFFRACTION61CHAIN J AND (RESSEQ 266:329)
62X-RAY DIFFRACTION62CHAIN K AND (RESSEQ 6:46)
63X-RAY DIFFRACTION63CHAIN K AND (RESSEQ 47:80)
64X-RAY DIFFRACTION64CHAIN K AND (RESSEQ 81:131)
65X-RAY DIFFRACTION65CHAIN K AND (RESSEQ 132:299)
66X-RAY DIFFRACTION66CHAIN K AND (RESSEQ 300:329)
67X-RAY DIFFRACTION67CHAIN L AND (RESSEQ 3:80)
68X-RAY DIFFRACTION68CHAIN L AND (RESSEQ 81:157)
69X-RAY DIFFRACTION69CHAIN L AND (RESSEQ 158:198)
70X-RAY DIFFRACTION70CHAIN L AND (RESSEQ 199:265)
71X-RAY DIFFRACTION71CHAIN L AND (RESSEQ 266:329)

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る