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- PDB-5a39: Structure of Rad14 in complex with cisplatin containing DNA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5a39
タイトルStructure of Rad14 in complex with cisplatin containing DNA
要素
  • 5'-D(*DGP*AP*TP*GP*AP*CP*CP*GP*TP*AP*GP*AP*GP)-3'
  • 5'-D(*DTP*GP*AP*TP*GP*AP*CP*CP*GP*TP*AP*GP*AP)-3'
  • DNA
  • DNA REPAIR PROTEIN RAD14
キーワードREPLICATION / DNA REPAIR / DNA DAMAGE RECOGNITION / CISPLATIN
機能・相同性
機能・相同性情報


nucleotide-excision repair factor 1 complex / nucleotide-excision repair involved in interstrand cross-link repair / nucleotide-excision repair, DNA damage recognition / UV-damage excision repair / Formation of TC-NER Pre-Incision Complex / Dual incision in TC-NER / base-excision repair / damaged DNA binding / DNA damage response / zinc ion binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
XPA / Zinc finger, XPA-type, conserved site / XPA, C-terminal / XPA, conserved site / XPA protein C-terminus / XPA protein signature 1. / XPA protein signature 2. / XPA domain superfamily / Putative DNA-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Cisplatin / DNA / DNA (> 10) / DNA repair protein RAD14
類似検索 - 構成要素
生物種SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Koch, S.C. / Kuper, J. / Gasteiger, K.L. / Wichlein, N. / Strasser, R. / Eisen, D. / Geiger, S. / Schneider, S. / Kisker, C. / Carell, T.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2015
タイトル: Structural Insights Into the Recognition of Cisplatin and Aaf-Dg Lesion by Rad14 (Xpa).
著者: Koch, S.C. / Kuper, J. / Gasteiger, K.L. / Simon, N. / Strasser, R. / Eisen, D. / Geiger, S. / Schneider, S. / Kisker, C. / Carell, T.
履歴
登録2015年5月28日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02015年6月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年7月1日Group: Database references
改定 1.22015年7月22日Group: Database references
改定 1.32024年5月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA REPAIR PROTEIN RAD14
B: DNA REPAIR PROTEIN RAD14
C: DNA
D: DNA
E: 5'-D(*DTP*GP*AP*TP*GP*AP*CP*CP*GP*TP*AP*GP*AP)-3'
F: 5'-D(*DTP*GP*AP*TP*GP*AP*CP*CP*GP*TP*AP*GP*AP)-3'
G: 5'-D(*DGP*AP*TP*GP*AP*CP*CP*GP*TP*AP*GP*AP*GP)-3'
H: 5'-D(*DGP*AP*TP*GP*AP*CP*CP*GP*TP*AP*GP*AP*GP)-3'
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,83114
ポリマ－52,5008
非ポリマー1,3316
水00
1
A: DNA REPAIR PROTEIN RAD14
ヘテロ分子

B: DNA REPAIR PROTEIN RAD14
C: DNA
D: DNA
E: 5'-D(*DTP*GP*AP*TP*GP*AP*CP*CP*GP*TP*AP*GP*AP)-3'
F: 5'-D(*DTP*GP*AP*TP*GP*AP*CP*CP*GP*TP*AP*GP*AP)-3'
G: 5'-D(*DGP*AP*TP*GP*AP*CP*CP*GP*TP*AP*GP*AP*GP)-3'
H: 5'-D(*DGP*AP*TP*GP*AP*CP*CP*GP*TP*AP*GP*AP*GP)-3'
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,83114
ポリマ－52,5008
非ポリマー1,3316
水0
タイプ名称対称操作数
crystal symmetry operation2_655-x+1,-y,z+1/21
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
A: DNA REPAIR PROTEIN RAD14
ヘテロ分子

B: DNA REPAIR PROTEIN RAD14
C: DNA
D: DNA
E: 5'-D(*DTP*GP*AP*TP*GP*AP*CP*CP*GP*TP*AP*GP*AP)-3'
F: 5'-D(*DTP*GP*AP*TP*GP*AP*CP*CP*GP*TP*AP*GP*AP)-3'
G: 5'-D(*DGP*AP*TP*GP*AP*CP*CP*GP*TP*AP*GP*AP*GP)-3'
H: 5'-D(*DGP*AP*TP*GP*AP*CP*CP*GP*TP*AP*GP*AP*GP)-3'
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,83114
ポリマ－52,5008
非ポリマー1,3316
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_654-x+1,-y,z-1/21
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)54.421, 54.421, 130.773
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number76
Space group name H-MP41
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper: (Code: given
Matrix: (-0.000733, 1, -0.000468), (1, 0.000732, -0.002188), (-0.002188, -0.000469, -1)
ベクター: 27.22, -27.2, 0.1081)

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 DNA REPAIR PROTEIN RAD14 / RAD14


分子量: 13673.528 Da / 分子数: 2 / 断片: DNA BINDING DOMAIN, UNP RESIDUES 188-302 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母)
発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P28519

-
DNA鎖 , 3種, 6分子 CDEFGH

#2: DNA鎖 DNA


分子量: 4519.947 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母)
#3: DNA鎖 5'-D(*DTP*GP*AP*TP*GP*AP*CP*CP*GP*TP*AP*GP*AP)-3'


分子量: 4015.635 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母)
#4: DNA鎖 5'-D(*DGP*AP*TP*GP*AP*CP*CP*GP*TP*AP*GP*AP*GP)-3'


分子量: 4040.647 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母)

-
非ポリマー , 2種, 6分子

#5: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#6: 化合物
ChemComp-CPT / Cisplatin / diammine(dichloro)platinum


分子量: 300.045 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl2H6N2Pt / コメント: 薬剤*YM

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詳細

配列の詳細CHAINS E,G AND CHAINS F,H DISPLAY MICROHETEROGENEITY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.15 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.74 % / 解説: NONE
結晶化詳細: 0.2M MAGNESIUM ACETATE 0.1M MES PH 6.5 30% MPD

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-2 / 波長: 0.872
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2013年7月30日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.872 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→54.4 Å / Num. obs: 9402 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 4.2 % / Rmerge(I) obs: 0.15 / Net I/σ(I): 9.1
反射 シェル解像度: 2.8→2.9 Å / 冗長度: 4.1 % / Rmerge(I) obs: 1.33 / Mean I/σ(I) obs: 1.2 / % possible all: 98.1

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0049精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: NONE

解像度: 2.8→54.42 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.926 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.903 / SU B: 52.619 / SU ML: 0.475 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.492 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. U VALUES WITH TLS ADDED BIOMOLECULE IS COMPLETED BY CRYSTAL SYMMETRY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.25554 455 4.8 %RANDOM
Rwork0.21255 ---
obs0.21462 8935 99.78 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 55.729 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2 Å20 Å20 Å2
2--2 Å20 Å2
3----3.99 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→54.42 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1876 1682 14 0 3572
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.0154401
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0120.023002
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.571.5846409
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.80737023
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.3375227
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.09224.952105
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.83415349
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg22.3411510
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1060.2587
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.023561
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02977
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.8421.148914
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.8411.147913
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.4771.7141139
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.8810.8413487
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.8→2.873 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.346 36 -
Rwork0.388 686 -
obs--99.72 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.51690.51731.375510.92020.02414.21460.3378-0.29040.34880.1434-0.3245-0.6761-0.30260.376-0.01330.4484-0.01240.05610.52840.05310.427329.1138-22.67496.6962
23.4569-1.0177-5.71680.34091.62199.5827-0.1248-0.1816-0.1101-0.0415-0.0441-0.03420.38630.47670.16890.43190.02320.03460.52550.00060.481428.8127-21.9593-4.2994
31.1306-0.114-0.15314.621-5.088511.9423-0.0416-0.084-0.12590.18610.2110.201-0.0411-0.4809-0.16940.34810.01550.06430.4320.00030.44720.7134-14.3665-8.853
43.1798-1.991-1.38916.4031-0.75092.79350.22390.20080.2447-0.0787-0.20540.2431-0.1471-0.231-0.01840.4514-0.02730.00750.4303-0.03770.430525.1511-4.6246-19.4071
57.30971.16386.3934.01593.49757.33240.09190.2251-0.0331-0.37680.1169-0.7009-0.090.333-0.20880.47350.01740.1240.48320.06620.700931.4873-14.4788-16.5378
62.3274-0.59160.01253.6350.93064.5143-0.1113-0.33150.29050.589-0.12670.5612-0.2603-0.07750.2380.3696-0.05430.03560.32490.0040.476522.681-7.4813-15.6499
715.2805-5.2787-2.08356.76350.03010.3878-0.110.0902-0.2575-0.10450.17220.4746-0.0181-0.0262-0.06220.61850.00180.03940.5747-0.0330.635812.11877.3506-21.5084
86.84082.27041.57821.33342.01674.2362-0.06320.42560.2586-0.0770.08790.0144-0.19720.0021-0.02460.5899-0.0115-0.0150.4977-0.01550.47844.64031.7829-6.5754
92.85833.43123.2158.71789.14459.7022-0.12630.48530.33450.06680.11290.060.0916-0.06310.01340.51270.02880.00140.4495-0.01120.4215.30990.66114.3167
106.424-0.24611.94783.6863-1.54482.0290.13450.0587-0.4817-0.056-0.1315-0.24510.37120.5621-0.00310.35740.01590.04490.4158-0.05830.397818.0503-4.25514.3892
115.71334.904-5.06435.721-7.03449.2965-0.0688-0.07220.1359-0.09790.00310.04070.0318-0.05950.06570.42360.02440.02930.3808-0.06550.50549.6038-0.164721.2642
122.347-0.6951-1.00992.74020.51012.91040.12560.4332-0.1578-0.2691-0.1845-0.3472-0.06990.2410.05890.3645-0.0472-0.02680.453-0.0220.42819.9811-1.638913.3038
132.7695-0.1932-1.58344.9185-2.98815.9695-0.3850.2478-0.211-0.0335-0.2295-0.36340.4630.30420.61440.55660.00870.07730.5235-0.00980.606732.6501-11.033914.131
142.83613.1332-0.6436.8221-0.57940.21980.2778-0.0025-0.23860.5979-0.16050.3958-0.09350.0994-0.11730.756-0.01820.0610.7403-0.08430.838335.7207-18.41824.1126
150.43030.8207-0.52733.85131.20893.1532-0.1857-0.0403-0.2279-0.36080.1184-0.28680.15940.21510.06730.31080.0414-0.12630.45650.02610.634326.90720.223234.0665
164.8972-3.2863.30642.27-2.17393.33920.1541-0.2628-0.0193-0.09870.0198-0.1407-0.1864-0.2121-0.17390.386-0.0143-0.01750.52660.0530.73928.02661.219932.4043
170.0290.36450.05738.67321.87584.1877-0.0793-0.0013-0.0655-0.97430.24860.1326-0.06270.0995-0.16930.29980.0014-0.0460.36240.05590.75828.31060.800133.821
183.8011-0.20152.25880.61380.21474.03510.3213-0.7794-0.4656-0.1174-0.2249-0.6413-0.5-0.3869-0.09640.3278-0.0454-0.08540.62560.20811.074528.0611.070732.3123
192.753-1.05752.96882.07650.5376.41440.1192-0.5804-0.1281-0.10380.1585-1.00650.1608-0.3273-0.27770.25-0.01090.07110.37490.23881.242826.97920.277931.336
200.91430.2764-1.78273.97981.40364.4685-0.20880.1783-0.2382-0.77080.126-0.77210.0127-0.27120.08280.3863-0.0571-0.09410.34510.00350.575926.0895-0.826233.0989
214.6120.44591.17570.73080.93344.22310.3264-0.819-0.18290.0549-0.3709-0.5203-0.1459-0.16370.04450.1231-0.0797-0.09240.5640.11430.746226.7312-1.320431.7628
220.94611.0608-1.47119.12443.50286.0415-0.30610.2356-0.3643-1.05230.2477-0.6745-0.021-0.34150.05830.376-0.0478-0.07460.3513-0.00170.770126.0427-0.781133.0106
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A100 - 110
2X-RAY DIFFRACTION2A111 - 128
3X-RAY DIFFRACTION3A129 - 144
4X-RAY DIFFRACTION4A145 - 157
5X-RAY DIFFRACTION5A158 - 166
6X-RAY DIFFRACTION6A167 - 204
7X-RAY DIFFRACTION7A205 - 213
8X-RAY DIFFRACTION8B100 - 110
9X-RAY DIFFRACTION9B111 - 130
10X-RAY DIFFRACTION10B131 - 157
11X-RAY DIFFRACTION11B158 - 174
12X-RAY DIFFRACTION12B175 - 196
13X-RAY DIFFRACTION13B197 - 207
14X-RAY DIFFRACTION14B208 - 214
15X-RAY DIFFRACTION15C1 - 14
16X-RAY DIFFRACTION16G0 - 12
17X-RAY DIFFRACTION17C1 - 15
18X-RAY DIFFRACTION18E2 - 14
19X-RAY DIFFRACTION19D1 - 15
20X-RAY DIFFRACTION20H0 - 12
21X-RAY DIFFRACTION21D1 - 14
22X-RAY DIFFRACTION22F2 - 14

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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