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- PDB-5a30: Crystal structure of mtPAP N472D mutant in complex with ATPgammaS -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5a30
タイトルCrystal structure of mtPAP N472D mutant in complex with ATPgammaS
要素MITOCHONDRIAL PROTEIN
キーワードUNKNOWN FUNCTION
機能・相同性
機能・相同性情報


mitochondrial RNA 3'-end processing / RNA 3'-end processing / histone mRNA catabolic process / poly(A) RNA polymerase activity / UTP binding / manganese ion binding / GTP binding / magnesium ion binding / protein homodimerization activity / mitochondrion ...mitochondrial RNA 3'-end processing / RNA 3'-end processing / histone mRNA catabolic process / poly(A) RNA polymerase activity / UTP binding / manganese ion binding / GTP binding / magnesium ion binding / protein homodimerization activity / mitochondrion / nucleoplasm / ATP binding
類似検索 - 分子機能
RL domain / RL domain / TUTase nucleotidyltransferase domain / PAP/25A-associated / Cid1 family poly A polymerase / : / Poly(A) RNA polymerase, mitochondrial-like, central palm domain / Nucleotidyltransferase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER / Mitochondrial poly(A) polymerase
類似検索 - 構成要素
生物種GALLUS GALLUS (ニワトリ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.75 Å
データ登録者Lapkouski, M. / Hallberg, B.M.
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2015
タイトル: Structure of Mitochondrial Poly(A) RNA Polymerase Reveals the Structural Basis for Dimerization, ATP Selectivity and the Spax4 Disease Phenotype.
著者: Lapkouski, M. / Hallberg, B.M.
履歴
登録2015年5月26日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02015年9月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年10月28日Group: Database references
改定 1.22017年8月23日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_detector / reflns / reflns_shell
Item: _diffrn_detector.type / _reflns.pdbx_CC_half / _reflns_shell.pdbx_CC_half
改定 1.32024年5月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
Remark 650 HELIX DETERMINATION METHOD: AUTHOR PROVIDED.
Remark 700 SHEET DETERMINATION METHOD: AUTHOR PROVIDED.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: MITOCHONDRIAL PROTEIN
B: MITOCHONDRIAL PROTEIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)127,0056
ポリマ－125,9102
非ポリマー1,0954
水905
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8040 Å2
ΔGint-79.6 kcal/mol
Surface area39340 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)60.232, 95.220, 190.514
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper: (Code: given
Matrix: (-0.4252, 0.8301, -0.3607), (0.7745, 0.1274, -0.6197), (-0.4685, -0.5428, -0.6971)
ベクター: 44.27, -45.92, -32.88)

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要素

#1: タンパク質 MITOCHONDRIAL PROTEIN


分子量: 62955.078 Da / 分子数: 2 / 断片: RESIDUES 37-568 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) GALLUS GALLUS (ニワトリ) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: F1NBW0
#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物 ChemComp-AGS / PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER / ATP-GAMMA-S / ADENOSINE 5'-(3-THIOTRIPHOSPHATE) / ADENOSINE 5'-(GAMMA-THIOTRIPHOSPHATE) / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE MONOTHIOPHOSPHATE


分子量: 523.247 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O12P3S
コメント: ATP-gamma-S, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細SINGLE POINT MUTATION N472D

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.17 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.3 %
解説: RESOLUTION CUTOFF CRITERIA ACCORDING TO KARPLUS AND DIEDERICHS 2012

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データ収集

回折平均測定温度: 287 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M-F / 検出器: PIXEL
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.75→40 Å / Num. obs: 29303 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 10 % / CC1/2: 0.99 / Rmerge(I) obs: 0.14 / Net I/σ(I): 15
反射 シェル解像度: 2.75→2.9 Å / 冗長度: 10.4 % / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / CC1/2: 0.57 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.7.0032精密化
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: NONE

解像度: 2.75→39.75 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.922 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.89 / SU B: 18.521 / SU ML: 0.359 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.415 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.28716 1484 5.1 %RANDOM
Rwork0.24689 ---
obs0.24894 27694 99.59 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 67.509 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.34 Å20 Å20 Å2
2--2.44 Å20 Å2
3----2.78 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.75→39.75 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7288 0 64 5 7357
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0050.0197539
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.027004
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg0.9761.97410247
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.767316143
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.275925
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.79324.567335
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.848151254
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg13.5791533
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0530.21145
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.0218473
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.021721
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.6026.8763706
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.6026.8763705
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it4.28410.3064623
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.366.9793833
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.75→2.821 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.405 109 -
Rwork0.362 1971 -
obs--98.44 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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