PDB-5a2o: Crystal structure of the nitrate transporter NRT1.1 from Arabidop...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5a2o

タイトル

Crystal structure of the nitrate transporter NRT1.1 from Arabidopsis thaliana in complex with nitrate.

要素

NITRATE TRANSPORTER 1.1

キーワード

TRANSPORT PROTEIN / TRANSPORTER / NITRATE / MFS / POT FAMILY / NRT1/PTR FAMILY / NPF FAMILY / MFS TRANSPORTER

機能・相同性

機能・相同性情報

basipetal auxin transport / nitrate transmembrane transporter activity / nitrate transmembrane transport / photoperiodism, flowering / response to nitrate / lateral root development / oligopeptide transport / auxin-activated signaling pathway / response to water deprivation / symporter activity ...
類似検索 - 分子機能

生物種

ARABIDOPSIS THALIANA (シロイヌナズナ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 3.71 Å

データ登録者

Parker, J.L. / Newstead, S.

引用

ジャーナル: Nature / 年: 2014
タイトル: Molecular Basis of Nitrate Uptake by the Plant Nitrate Transporter Nrt1.1.
著者: Parker, J.L. / Newstead, S.

履歴

登録	2015年5月20日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
置き換え	2015年6月17日	ID: 4CL5
改定 1.0	2015年6月17日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.0	2019年2月27日	Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Experimental preparation / Other カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / database_PDB_rev / database_PDB_rev_record / diffrn_source / exptl_crystal_grow / pdbx_database_proc / pdbx_database_status / struct_biol Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.pdbx_auth_atom_name / _atom_site_anisotrop.U[1][1] / _atom_site_anisotrop.U[1][2] / _atom_site_anisotrop.U[1][3] / _atom_site_anisotrop.U[2][2] / _atom_site_anisotrop.U[2][3] / _atom_site_anisotrop.U[3][3] / _atom_site_anisotrop.pdbx_PDB_atom_name / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _exptl_crystal_grow.method / _exptl_crystal_grow.temp / _pdbx_database_status.recvd_author_approval
改定 2.1	2019年7月10日	Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 2.2	2024年5月8日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5a2o.cif.gz	677.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5a2o.ent.gz	573.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5a2o.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5a2o_validation.pdf.gz	461.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5a2o_full_validation.pdf.gz	477.3 KB	表示
XML形式データ	5a2o_validation.xml.gz	32.4 KB	表示
CIF形式データ	5a2o_validation.cif.gz	44.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/a2/5a2o ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/a2/5a2o	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5a2nC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5a2n-d 3lcb-1 4oh3-d 1h37-2 2ykx-d 2h4t-d 4as2-d 3lzk-d 4iza-d 7cbb-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#208 - 2017年4月グルコース輸送体 (Glucose Transporters) 類似性 (1) #39 - 2003年3月 lac転写抑制因子 (lac Repressor) 類似性 (1) #95 - 2007年11月多剤耐性輸送体 (Multidrug Resistance Transporters) 類似性 (1)

登録構造単位

A: NITRATE TRANSPORTER 1.1

B: NITRATE TRANSPORTER 1.1

ヘテロ分子

130 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	121.830, 123.590, 153.620
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCS oper: (Code: given
Matrix: (-0.9959, -0.03848, -0.08137), (-0.0371, -0.6481, 0.7606), (-0.08201, 0.7606, 0.6441)
ベクター: 188, 1.632, 8.475)

#1: タンパク質	NITRATE TRANSPORTER 1.1 分子量: 64983.602 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) ARABIDOPSIS THALIANA (シロイヌナズナ) 解説: CLONED FROM TAIR ABRC STOCK CLONE U15475 / プラスミド: MODIFED PDDGFP2 / 発現宿主: SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母) / 株 (発現宿主): BJ5460 / 参照: UniProt: Q05085
#2: 化合物	ChemComp-NO3 / NITRATE ION 分子量: 62.005 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: NO₃

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 4.46 Å³/Da / 溶媒含有率: 72 % / 解説: NONE
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.5 詳細: 22 % PEG 400, 0.05 M SODIUM CITRATE PH 4.5, 0.07 M SODIUM CHLORIDE AND 1.5 % PEG 600 USING THE HANGING DROP VAPOR DIFFUSION TECHNIQUE AT 4 CELSIUS.

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 0.9163
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年5月30日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9163 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3.71→27.74 Å / Num. obs: 22013 / % possible obs: 87.6 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.7 % / B_iso Wilson estimate: 88.31 Å² / R_merge(I) obs: 0.09 / Net I/σ(I): 19.3
反射シェル	解像度: 3.71→3.89 Å / 冗長度: 3 % / R_merge(I) obs: 0.53 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / % possible all: 87.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
BUSTER	2.10.0	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散
開始モデル: NONE

解像度: 3.71→27.74 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.6983 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.5841 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R_free Blow DPI: 0.711
詳細: THE NITRATE MOLECULE WAS BETTER RESOLVED IN CHAIN A COMPARED TO CHAIN B. DURING REFINEMENT THE POSITION OF NITRATE IN THE BINDING SITE OF CHAIN B SHIFTS APPROX. 1.7 A COMPARED TO THE POSITION ...

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.3275	1121	5.09 %	RANDOM
R_work	0.287	-	-	-
obs	0.2891	22013	87.65 %	-

原子変位パラメータ

B_iso mean: 106.81 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-5.3894 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.1222 Å²	0 Å²
3-	-	-	5.2672 Å²

Refine analyze

Luzzati coordinate error obs: 1.15 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.71→27.74 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7308	0	8	0	7316

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数	Restraint function	Weight
X-RAY DIFFRACTION	t_bond_d	0.01	14032	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_angle_deg	1.07	24916	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_dihedral_angle_d		3172	SINUSOIDAL	2
X-RAY DIFFRACTION	t_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTION	t_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTION	t_trig_c_planes		100	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_gen_planes		2012	HARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_it		14032	HARMONIC	20
X-RAY DIFFRACTION	t_nbd
X-RAY DIFFRACTION	t_omega_torsion	2.97
X-RAY DIFFRACTION	t_other_torsion	20.15
X-RAY DIFFRACTION	t_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTION	t_chiral_improper_torsion		998	SEMIHARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_distance
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_angle
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTION	t_ideal_dist_contact		16274	SEMIHARMONIC	4

LS精密化シェル

解像度: 3.71→3.89 Å / Total num. of bins used: 11

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2118	54	4.06 %
R_work	0.2702	1275	-
all	0.2679	1329	-
obs	-	-	87.65 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.3016	0.5119	-1.9157	9.0827	-1.3607	2.508	0.1061	-0.5434	-0.4454	0.8415	-0.4723	-0.2452	0.8875	-0.0761	0.3663	-1.0795	-0.2763	0.5485	-0.0501	0.0125	-0.2233	88.0695	16.6703	69.9544
2	0	2.6231	-0.7706	0.4178	-2.1377	0.5274	0.0749	-0.2472	-0.5236	0.0038	-0.3374	-0.1936	-0.0455	-0.8407	0.2625	0.524	-0.1154	0.3642	-0.1504	0.0222	0.2906	83.9696	-4.867	74.3168
3	0.9516	4.3834	-1.2177	10.3181	-7.7551	4.7461	-0.4164	-0.2287	-0.0126	-0.395	-0.6358	-0.2589	-1.1221	0.7144	1.0522	-1.201	-0.4917	-0.1012	0.0787	-0.0683	-0.2939	95.3964	38.5517	56.1273
4	0	2.2693	-1.9277	5.0896	-2.142	0.2968	0.0021	-0.1268	0.2312	0.7791	-0.3104	-0.9167	-0.2175	1.1733	0.3083	0.4873	-0.4291	-0.2416	-0.1152	0.42	-0.1424	98.4278	58.1873	45.7069

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	{ A\|21 - A\|269 }
2	X-RAY DIFFRACTION	2	{ A\|326 - A\|573 }
3	X-RAY DIFFRACTION	3	{ B\|21 - B\|229 }
4	X-RAY DIFFRACTION	4	{ B\|326 - B\|573 }

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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