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- PDB-5a1t: Trichomonas vaginalis lactate dehydrogenase in complex with NADH ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5a1t
タイトルTrichomonas vaginalis lactate dehydrogenase in complex with NADH and oxamate
要素L-LACTATE DEHYDROGENASE
キーワードOXIDOREDUCTASE / LACTATE DEHYDROGENASE
機能・相同性
機能・相同性情報


malate dehydrogenase activity / malate dehydrogenase / malate metabolic process / L-lactate dehydrogenase (NAD+) activity / nucleotide binding
類似検索 - 分子機能
Lactate dehydrogenase, protist / Malate dehydrogenase, type 2 / L-2-Hydroxyisocaproate Dehydrogenase; Chain A, domain 2 / Lactate dehydrogenase/glycoside hydrolase, family 4, C-terminal / L-lactate/malate dehydrogenase / Lactate/malate dehydrogenase, N-terminal / Lactate/malate dehydrogenase, C-terminal / lactate/malate dehydrogenase, NAD binding domain / lactate/malate dehydrogenase, alpha/beta C-terminal domain / Lactate dehydrogenase/glycoside hydrolase, family 4, C-terminal ...Lactate dehydrogenase, protist / Malate dehydrogenase, type 2 / L-2-Hydroxyisocaproate Dehydrogenase; Chain A, domain 2 / Lactate dehydrogenase/glycoside hydrolase, family 4, C-terminal / L-lactate/malate dehydrogenase / Lactate/malate dehydrogenase, N-terminal / Lactate/malate dehydrogenase, C-terminal / lactate/malate dehydrogenase, NAD binding domain / lactate/malate dehydrogenase, alpha/beta C-terminal domain / Lactate dehydrogenase/glycoside hydrolase, family 4, C-terminal / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Alpha-Beta Complex / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
1,4-DIHYDRONICOTINAMIDE ADENINE DINUCLEOTIDE / OXAMIC ACID / malate dehydrogenase
類似検索 - 構成要素
生物種TRICHOMONAS VAGINALIS (ちつほねまくむし)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.97 Å
データ登録者Steindel, P.A. / Chen, E.H. / Theobald, D.L.
引用ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2016
タイトル: Gradual Neofunctionalization in the Convergent Evolution of Trichomonad Lactate and Malate Dehydrogenases.
著者: Steindel, P.A. / Chen, E.H. / Wirth, J.D. / Theobald, D.L.
履歴
登録2015年5月5日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年3月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年7月6日Group: Database references
改定 2.02019年10月23日Group: Atomic model / Data collection / Other / カテゴリ: atom_site / pdbx_database_status
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _pdbx_database_status.status_code_sf
改定 2.12024年1月10日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: L-LACTATE DEHYDROGENASE
B: L-LACTATE DEHYDROGENASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)77,4186
ポリマ－75,9092
非ポリマー1,5094
水11,800655
1
A: L-LACTATE DEHYDROGENASE
ヘテロ分子

A: L-LACTATE DEHYDROGENASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)77,4186
ポリマ－75,9092
非ポリマー1,5094
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555x,-y,-z1
Buried area6410 Å2
ΔGint-29.9 kcal/mol
Surface area25500 Å2
手法PISA
2
B: L-LACTATE DEHYDROGENASE
ヘテロ分子

B: L-LACTATE DEHYDROGENASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)77,4186
ポリマ－75,9092
非ポリマー1,5094
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555x,-y,-z1
Buried area6610 Å2
ΔGint-27.3 kcal/mol
Surface area24730 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)80.120, 82.680, 114.250
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP22121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-2010-

HOH

21B-2010-

HOH

31B-2023-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 L-LACTATE DEHYDROGENASE


分子量: 37954.312 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) TRICHOMONAS VAGINALIS (ちつほねまくむし)
発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: O96445, L-lactate dehydrogenase
#2: 化合物 ChemComp-NAI / 1,4-DIHYDRONICOTINAMIDE ADENINE DINUCLEOTIDE / NADH / NADH


分子量: 665.441 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H29N7O14P2
#3: 化合物 ChemComp-OXM / OXAMIC ACID / オキサミド酸


分子量: 89.050 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3NO3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 655 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 50 % / 解説: NONE
結晶化詳細: 0.2 M POTASSIUM SODIUM TARTRATE TETRAHYDRATE, 0.1 M SODIUM CITRATE TRIBASIC DIHYDRATE PH 5.6, 2.0 M AMMONIUM SULFATE

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: OXFORD ENHANCE ULTRA / 波長: 1.54
検出器タイプ: OXFORD / 検出器: CCD / 日付: 2011年11月7日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.97→47 Å / Num. obs: 39768 / % possible obs: 73.1 % / Observed criterion σ(I): 1.31 / 冗長度: 13 % / Biso Wilson estimate: 20.3 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.02 / Net I/σ(I): 14.7
反射 シェル解像度: 1.97→2.02 Å / 冗長度: 7.8 % / Rmerge(I) obs: 1.5 / Mean I/σ(I) obs: 1.3 / % possible all: 54.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE)精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 4UUL

4uul


解像度: 1.97→46.998 Å / SU ML: 0.26 / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 27.34 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2503 1935 5 %
Rwork0.2013 --
obs0.2037 38882 71.53 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 24 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.97→46.998 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5140 0 100 655 5895
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0035429
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8127395
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.0961953
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.03819
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003936
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.97-2.01930.3849950.30321986X-RAY DIFFRACTION54
2.0193-2.07390.8286180.5908284X-RAY DIFFRACTION18
2.0739-2.13490.3904690.24981465X-RAY DIFFRACTION54
2.1349-2.20390.2781770.22483300X-RAY DIFFRACTION91
2.2039-2.28260.2613180.2203388X-RAY DIFFRACTION11
2.2826-2.3740.23761900.20723556X-RAY DIFFRACTION98
2.374-2.4820.28921940.20733625X-RAY DIFFRACTION99
2.482-2.61290.27011910.22083618X-RAY DIFFRACTION99
2.6129-2.77660.2431990.22361889X-RAY DIFFRACTION51
2.7766-2.99090.26591830.21573665X-RAY DIFFRACTION99
2.9909-3.29190.26221990.20113686X-RAY DIFFRACTION100
3.2919-3.7680.26181170.18752332X-RAY DIFFRACTION63
3.768-4.74660.18991770.16543231X-RAY DIFFRACTION86
4.7466-47.01170.22382080.18383922X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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