+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4uum | |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Title | Apo trichomonas vaginalis lactate dehydrogenase | |||||||||
Components | L-LACTATE DEHYDROGENASELactate dehydrogenase | |||||||||
Keywords | OXIDOREDUCTASE | |||||||||
Function / homology | Function and homology information L-malate dehydrogenase activity / malate metabolic process / L-lactate dehydrogenase / L-lactate dehydrogenase activity / oxaloacetate metabolic process / NADH metabolic process / tricarboxylic acid cycle / nucleotide binding Similarity search - Function | |||||||||
Biological species | TRICHOMONAS VAGINALIS (eukaryote) | |||||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.368 Å | |||||||||
Authors | Steindel, P.A. / Chen, E.H. / Theobald, D.L. | |||||||||
Citation | Journal: Protein Sci. / Year: 2016 Title: Gradual Neofunctionalization in the Convergent Evolution of Trichomonad Lactate and Malate Dehydrogenases. Authors: Steindel, P.A. / Chen, E.H. / Wirth, J.D. / Theobald, D.L. | |||||||||
History |
|
-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
---|
-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 4uum.cif.gz | 412 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
---|---|---|---|---|
PDB format | pdb4uum.ent.gz | 345.9 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 4uum.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/uu/4uum ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/uu/4uum | HTTPS FTP |
---|
-Related structure data
Related structure data | 4uulC 4uunC 4uuoC 4uupC 5a1tC 5mdhS C: citing same article (ref.) S: Starting model for refinement |
---|---|
Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
Unit cell |
|
-Components
#1: Protein | Mass: 37954.312 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) TRICHOMONAS VAGINALIS (eukaryote) / Production host: ESCHERICHIA COLI (E. coli) / References: UniProt: O96445, L-lactate dehydrogenase #2: Water | ChemComp-HOH / | |
---|
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
---|
-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.49 Å3/Da / Density % sol: 51 % / Description: NONE |
---|---|
Crystal grow | pH: 7.6 Details: 44 MG/ML PROTEIN, 100 MM HEPES PH 7.6, 8.3% PEG-6000, 5% MPD |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
---|---|
Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: NSLS / Beamline: X29A / Wavelength: 1.08 |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315 / Detector: CCD / Date: Aug 17, 2011 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1.08 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.4→44.7 Å / Num. obs: 145693 / % possible obs: 91.5 % / Observed criterion σ(I): 1.42 / Redundancy: 6.66 % / Biso Wilson estimate: 15.99 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.04 / Net I/σ(I): 20.8 |
Reflection shell | Resolution: 1.37→1.4 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.42 / % possible all: 48.9 |
-Processing
Software |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: HOMOLOGY MODEL BASED ON PDB ENTRY 5MDH Resolution: 1.368→44.653 Å / SU ML: 0.09 / σ(F): 1.99 / Phase error: 13.14 / Stereochemistry target values: ML
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 23.4 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.368→44.653 Å
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine LS restraints |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS refinement shell |
|