+
データを開く
-
基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5a1h | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Crystal structure of human Spindlin3 | ||||||
![]() | SPINDLIN-3 | ||||||
![]() | CELL CYCLE | ||||||
機能・相同性 | ![]() gamete generation / methylated histone binding / regulation of DNA-templated transcription / nucleoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Srikannathasan, V. / Gileadi, C. / Johansson, C. / Shrestha, L. / Tallon, R. / Burgess-Brown, N.A. / von Delft, F. / Arrowsmith, C.H. / Bountra, C. / Edwards, A. / Oppermann, U. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystal Structure of Human Spindlin3 著者: Srikannathasan, V. / Gileadi, C. / Johansson, C. / Shrestha, L. / Tallon, R. / Burgess-Brown, N.A. / von Delft, F. / Arrowsmith, C.H. / Bountra, C. / Edwards, A. / Oppermann, U. | ||||||
履歴 |
|
-
構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
---|
-
ダウンロードとリンク
-
ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 171.4 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | ![]() | 135.5 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
---|
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 4ns2S S: 精密化の開始モデル |
---|---|
類似構造データ |
-
リンク
-
集合体
登録構造単位 | ![]()
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 | ![]()
| ||||||||
2 | ![]()
| ||||||||
3 | ![]()
| ||||||||
4 | ![]()
| ||||||||
単位格子 |
|
-
要素
#1: タンパク質 | 分子量: 25548.750 Da / 分子数: 4 / 断片: RESIDUES 45-258 IS PEPTIDE BINDING DOMAIN / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() #2: 水 | ChemComp-HOH / | 配列の詳細 | HISTIDINE TAG CLEAVED, THE NUMBERING START AT 47 CHAIN A, B AND D, CHAIN C STARTS AT 46. AT THE C- ...HISTIDINE TAG CLEAVED, THE NUMBERING START AT 47 CHAIN A, B AND D, CHAIN C STARTS AT 46. AT THE C-TERMINAL CHAINS ABCD HAVE EXTRA RESIDUES FROM THE EXPRESSION | |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
---|
-
試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.48 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.4 % / 解説: TWINNED DATA |
---|---|
結晶化 | pH: 9 / 詳細: 0.1M TRIS PH 8.4, 38% PEG3350 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 287 K | |||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2015年2月28日 | |||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.9763 Å / 相対比: 1 | |||||||||||||||
Reflection twin |
| |||||||||||||||
反射 | 解像度: 2→2.11 Å / Num. obs: 67153 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(I): 3.1 / 冗長度: 7.6 % / Rmerge(I) obs: 0.15 / Net I/σ(I): 11.7 | |||||||||||||||
反射 シェル | 解像度: 2→2.11 Å / 冗長度: 11.7 % / Rmerge(I) obs: 0.68 / Mean I/σ(I) obs: 3.1 / % possible all: 99.3 |
-
解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 4NS2 解像度: 2→26.14 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.946 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.913 / SU B: 2.247 / SU ML: 0.066 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.031 / ESU R Free: 0.029 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 23.525 Å2
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2→26.14 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
|