PDB-5a11: The crystal structure of Ta-TFP, a thiocyanate-forming protein in...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5a11

タイトル

The crystal structure of Ta-TFP, a thiocyanate-forming protein involved in glucosinolate breakdown (space group P21)

要素

THIOCYANATE FORMING PROTEIN

キーワード

IMMUNE SYSTEM / SPECIFIER PROTEIN / KELCH PROTEIN / FIELD-PENNY CRESS / FE(II) DEPENDENT

機能・相同性

N-(sulfonatooxy)prop-2-enimidothioate sulfolyase / glucosinolate metabolic process / Kelch repeat type 1 / Kelch motif / Kelch-type beta propeller / protein homodimerization activity / identical protein binding / IODIDE ION / N-(sulfonatooxy)prop-2-enimidothioate sulfolyase

機能・相同性情報

生物種

THLASPI ARVENSE (グンバイナズナ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.47 Å

データ登録者

Krausze, J. / Gumz, F. / Wittstock, U.

引用

ジャーナル: Plant Mol.Biol. / 年: 2015
タイトル: The Crystal Structure of the Thiocyanate-Forming Protein from Thlaspi Arvense, a Kelch Protein Involved in Glucosinolate Breakdown.
著者: Gumz, F. / Krausze, J. / Eisenschmidt, D. / Backenkohler, A. / Barleben, L. / Brandt, W. / Wittstock, U.

履歴

登録	2015年4月27日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2015年8月26日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2015年9月30日	Group: Database references
改定 1.2	2024年1月10日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5a11.cif.gz	274 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5a11.ent.gz	223.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5a11.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/a1/5a11 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/a1/5a11	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5a10SC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3wqo-d 6khk-d 4kal-d 3a3w-1 2ffi-d 4agt-d 6khm-11 6aqj-d 6d0v-d 6xrh-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: THIOCYANATE FORMING PROTEIN

B: THIOCYANATE FORMING PROTEIN

ヘテロ分子

80.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	48.367, 89.613, 83.842
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 101.08, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCS oper: (Code: generate
Matrix: (-0.99998, 0.00667, 5.0E-5), (0.00626, 0.94176, -0.33622), (-0.00229, -0.33621, -0.94178)
ベクター: 13.74419, 35.56956, 205.34927)

#1: タンパク質	THIOCYANATE FORMING PROTEIN 分子量: 39750.363 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) THLASPI ARVENSE (グンバイナズナ) プラスミド: PGEX6P-1 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): PLYSS / 参照: UniProt: G1FNI6
#2: 化合物	ChemComp-IOD / IODIDE ION / ヨ-ジド分子量: 126.904 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: I
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 30 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.25 Å³/Da / 溶媒含有率: 45 % / 解説: NONE
結晶化	pH: 5.6 詳細: 0.1 M SODIUM CITRATE PH 5.6, 20% (W/V) PEG 3350, 0.2 M KI

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.918409
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年9月23日 / 詳細: MIRRORS
放射	モノクロメーター: SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.918409 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.47→45.03 Å / Num. obs: 24907 / % possible obs: 98.5 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.2 % / B_iso Wilson estimate: 24.55 Å² / R_merge(I) obs: 0.16 / Net I/σ(I): 6.94
反射シェル	解像度: 2.47→2.56 Å / 冗長度: 3.1 % / R_merge(I) obs: 0.58 / Mean I/σ(I) obs: 2.02 / % possible all: 97.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(PHENIX.REFINE)	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 5A10

5a10

解像度: 2.47→45.031 Å / SU ML: 0.34 / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 28.7 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2876	1246	5 %
R_work	0.2601	-	-
obs	0.2615	24904	98.48 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 28.7 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.47→45.031 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5411	0	7	30	5448

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.004	5565
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.078	7554
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.503	1984
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.042	778
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	995

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.4701-2.569	0.3221	136	0.2984	2587	X-RAY DIFFRACTION	98
2.569-2.6859	0.3153	140	0.3001	2652	X-RAY DIFFRACTION	99
2.6859-2.8274	0.2918	137	0.2812	2608	X-RAY DIFFRACTION	99
2.8274-3.0046	0.3374	140	0.2939	2650	X-RAY DIFFRACTION	99
3.0046-3.2365	0.3272	137	0.2904	2612	X-RAY DIFFRACTION	99
3.2365-3.5621	0.2696	137	0.262	2609	X-RAY DIFFRACTION	99
3.5621-4.0772	0.2538	139	0.2507	2638	X-RAY DIFFRACTION	98
4.0772-5.1357	0.2898	138	0.2143	2614	X-RAY DIFFRACTION	98
5.1357-45.0388	0.2527	142	0.2399	2688	X-RAY DIFFRACTION	98

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.0084	-0.0049	0.0215	0.0906	-0.1017	0.1671	0.0585	0.0024	-0.002	0.0063	0.0602	0.0185	0.1	0.0131	0.1787	0.0837	-0.0247	-0.0076	0.0785	-0.0386	0.3477	-7.3717	-28.0597	96.0878
2	0.1837	-0.0281	0.0347	0.0722	-0.0777	0.142	-0.1203	-0.0638	-0.0264	-0.1433	0.0983	-0.0738	-0.0219	-0.1394	0.0152	0.0702	-0.023	0.0108	0.0618	-0.0231	0.1569	-0.6485	-32.6401	85.0029
3	0.2948	0.0589	-0.1456	0.391	-0.0472	0.0781	-0.1579	-0.0884	0.0637	-0.1628	0.0562	-0.1836	0.0727	0.0077	-0.0753	0.1907	-0.08	0.0008	0.1553	-0.0253	0.1415	5.9429	-25.267	76.8977
4	0.0261	0.0396	0.0342	0.0989	-0.0496	0.3258	-0.0183	0.0159	-0.0269	-0.0364	-0.1206	0.0191	0.0247	-0.0387	-0.1773	0.2017	-0.086	-0.1032	0.1509	-0.0165	0.0991	3.9725	-14.9354	80.2139
5	0.0362	0.0142	-0.0205	0.2016	-0.0814	0.0365	-0.0113	-0.0069	-0.0256	-0.1319	0.0035	0.0927	0.076	-0.0798	-0.0844	0.0534	-0.0769	-0.0552	0.1198	-0.1365	0.1459	11.9333	-15.21	77.9795
6	0.0338	-0.0378	0.0011	0.0998	-0.0007	0.0501	0.0685	-0.0044	-0.0145	-0.1662	0.0982	-0.0278	-0.0967	-0.1083	0.3675	0.1287	-0.0021	-0.0154	-0.2172	0.2042	0.0885	9.2969	-6.4577	89.6496
7	0.1478	0.1476	-0.047	0.1595	-0.0807	0.0551	-0.0308	0.0835	-0.0572	-0.0975	0.0733	-0.0132	0.0898	-0.0658	0.0404	0.0519	0.0037	0.0001	0.0875	0.0114	0.0534	-1.9277	-16.831	99.0787
8	0.0144	0.0123	0.0488	0.0137	0.0362	0.1439	-0.0298	0.0236	0.0833	0.1047	0.0751	-0.1343	0.078	0.0276	0.0233	0.1337	0.0795	0.0031	0.1783	0.0162	0.137	20.9943	-23.2102	124.224
9	0.0009	0.0027	-0.0051	0.0294	-0.0335	0.0409	-0.0401	-0.0319	-0.145	0.008	-0.0621	0.0741	0.001	-0.0114	-0.1767	0.2003	-0.2159	0.1028	-0.0338	0.0785	0.0945	12.0034	-23.0418	133.7926
10	0.2068	-0.0141	0.0093	0.1395	-0.1006	0.2019	-0.1401	-0.0423	-0.1339	-0.1621	0.1254	0.1416	0.0218	-0.0689	-0.011	0.1944	-0.0494	-0.0288	0.1639	0.0468	0.174	11.8674	-20.4313	138.4732
11	0.0079	-0.0004	0.0321	0.119	0.0563	0.2122	0.1458	-0.2004	0	0.1281	-0.1306	-0.0387	-0.0271	-0.0709	0.0402	0.1157	-0.0156	0.086	0.1387	0.1014	0.0366	9.3914	-11.2511	142.1321
12	0.0424	-0.1175	0.087	0.302	-0.2228	0.1578	0.1525	0.07	-0.101	-0.0328	0.0395	0.1653	-0.0631	-0.0602	0.1127	0.1527	0.0378	0.0247	0.2585	-0.0522	0.1975	2.9534	-5.0947	136.2718
13	0.0008	-0.0059	0.0027	0.1814	-0.1466	0.1185	0.0293	-0.0131	0.0676	-0.0235	0.1421	0.1676	-0.1879	0.055	0.0265	0.134	0.011	0.0241	0.1528	-0.0232	0.1928	7.7873	-1.1075	125.4566
14	0.2437	-0.2236	0.033	0.2205	-0.0804	0.2478	0.1143	0.0841	-0.0209	-0.0233	0.074	0.1017	-0.0598	0.0246	0.6217	0.1522	0.0344	0.0751	0.0828	-0.0211	0.1262	1.6143	-0.1251	120.9077
15	0.1926	0.0101	-0.1383	0.3199	-0.071	0.1063	0.002	-0.1725	0.0216	0.0997	0.0669	0.0958	-0.0182	0.0742	0.0757	0.0733	0.0096	-0.01	0.1042	0.004	0.0755	13.2231	-11.129	115.2581
16	0.1094	-0.1118	-0.025	0.3713	0.0891	0.1943	-0.0141	-0.0305	0.0184	-0.0538	-0.0183	-0.1006	0.1504	-0.1396	-0.113	0.1091	0.0057	0.0012	0.1073	0.0116	0.0316	20.1828	-18.5062	122.596

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	CHAIN 'A' AND (RESID 4 THROUGH 26 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	CHAIN 'A' AND (RESID 27 THROUGH 79 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	CHAIN 'A' AND (RESID 80 THROUGH 131 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	CHAIN 'A' AND (RESID 132 THROUGH 148 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	CHAIN 'A' AND (RESID 149 THROUGH 173 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	CHAIN 'A' AND (RESID 174 THROUGH 236 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	CHAIN 'A' AND (RESID 237 THROUGH 348 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	CHAIN 'B' AND (RESID 4 THROUGH 26 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	CHAIN 'B' AND (RESID 27 THROUGH 52 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	CHAIN 'B' AND (RESID 53 THROUGH 102 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	CHAIN 'B' AND (RESID 103 THROUGH 138 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	CHAIN 'B' AND (RESID 139 THROUGH 173 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	CHAIN 'B' AND (RESID 174 THROUGH 203 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	CHAIN 'B' AND (RESID 204 THROUGH 236 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	CHAIN 'B' AND (RESID 237 THROUGH 310 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	CHAIN 'B' AND (RESID 311 THROUGH 348 )

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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