PDB-5a10: The crystal structure of Ta-TFP, a thiocyanate-forming protein in...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5a10

タイトル

The crystal structure of Ta-TFP, a thiocyanate-forming protein involved in glucosinolate breakdown (space group C2)

要素

THIOCYANATE FORMING PROTEIN

キーワード

IMMUNE SYSTEM / SPECIFIER PROTEIN / KELCH PROTEIN / THLASPI ARVENSE / FIELD- PENNY CRESS / FE(II) DEPENDENT

機能・相同性

機能・相同性情報

N-(sulfonatooxy)prop-2-enimidothioate sulfolyase / glucosinolate metabolic process / nitrile biosynthetic process / enzyme regulator activity / lyase activity / protein homodimerization activity / metal ion binding / identical protein binding / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

THLASPI ARVENSE (グンバイナズナ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.423 Å

データ登録者

Krausze, J. / Gumz, F. / Wittstock, U.

引用

ジャーナル: Plant Mol.Biol. / 年: 2015
タイトル: The Crystal Structure of the Thiocyanate-Forming Protein from Thlaspi Arvense, a Kelch Protein Involved in Glucosinolate Breakdown.
著者: Gumz, F. / Krausze, J. / Eisenschmidt, D. / Backenkohler, A. / Barleben, L. / Brandt, W. / Wittstock, U.

履歴

登録	2015年4月27日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2015年8月26日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2015年9月2日	Group: Data collection
改定 1.2	2015年9月30日	Group: Database references
改定 1.3	2024年1月10日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5a10.cif.gz	160.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5a10.ent.gz	127.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5a10.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/a1/5a10 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/a1/5a10	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5a11C 2vpjS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	1ic0-d 3cye-d 3snl-d 5gy7-d 4llx-d 2x78-d 5c29-d 1esm-1 3beq-d 4lm4-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: THIOCYANATE FORMING PROTEIN

ヘテロ分子

39.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: THIOCYANATE FORMING PROTEIN

ヘテロ分子

A: THIOCYANATE FORMING PROTEIN

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
79.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	119.390, 48.960, 68.270
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 109.71, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-2139- HOH

#1: タンパク質	THIOCYANATE FORMING PROTEIN 分子量: 39750.363 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) THLASPI ARVENSE (グンバイナズナ) プラスミド: PGEX6P-1 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): PLYSS / 参照: UniProt: G1FNI6
#2: 化合物	ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃O₂
#3: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 361 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.37 Å³/Da / 溶媒含有率: 48 % / 解説: NONE
結晶化	pH: 5.6 詳細: 0.1 M SODIUM CITRATE PH 5.6, 20% (W/V) PEG 4000, 0.1 M AMMONIUM ACETATE

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, DESY / ビームライン: P11 / 波長: 1
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年12月5日 / 詳細: MIRRORS
放射	モノクロメーター: SI(111) AND SI(113) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.42→20 Å / Num. obs: 68089 / % possible obs: 97.7 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6.7 % / B_iso Wilson estimate: 15.04 Å² / R_merge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 18.52
反射シェル	解像度: 1.42→1.47 Å / 冗長度: 5.5 % / R_merge(I) obs: 0.73 / Mean I/σ(I) obs: 2.14 / % possible all: 89.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(PHENIX.REFINE)	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2VPJ

2vpj

解像度: 1.423→19.875 Å / SU ML: 0.12 / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 18.37 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1756	3405	5 %
R_work	0.1574	-	-
obs	0.1583	68089	97.66 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 23.6 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.423→19.875 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2765	0	5	361	3131

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	2875
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.218	3908
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.093	1036
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.076	404
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	515

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.423-1.4433	0.2779	118	0.258	2243	X-RAY DIFFRACTION	82
1.4433-1.4649	0.2282	135	0.2487	2568	X-RAY DIFFRACTION	94
1.4649-1.4877	0.2672	140	0.2338	2660	X-RAY DIFFRACTION	97
1.4877-1.5121	0.2494	140	0.2157	2646	X-RAY DIFFRACTION	97
1.5121-1.5382	0.2439	140	0.2111	2665	X-RAY DIFFRACTION	97
1.5382-1.5661	0.2223	142	0.1978	2697	X-RAY DIFFRACTION	97
1.5661-1.5963	0.2249	140	0.1823	2666	X-RAY DIFFRACTION	98
1.5963-1.6288	0.2008	142	0.1876	2700	X-RAY DIFFRACTION	97
1.6288-1.6642	0.2119	141	0.1773	2682	X-RAY DIFFRACTION	98
1.6642-1.7029	0.2297	143	0.1748	2714	X-RAY DIFFRACTION	98
1.7029-1.7455	0.1704	142	0.1742	2690	X-RAY DIFFRACTION	98
1.7455-1.7926	0.2064	143	0.171	2720	X-RAY DIFFRACTION	99
1.7926-1.8454	0.1971	141	0.1725	2675	X-RAY DIFFRACTION	98
1.8454-1.9049	0.1746	143	0.1686	2720	X-RAY DIFFRACTION	98
1.9049-1.9729	0.1862	142	0.1578	2709	X-RAY DIFFRACTION	99
1.9729-2.0518	0.1854	144	0.1608	2735	X-RAY DIFFRACTION	99
2.0518-2.1451	0.1904	144	0.161	2732	X-RAY DIFFRACTION	99
2.1451-2.258	0.1722	143	0.1571	2716	X-RAY DIFFRACTION	99
2.258-2.3993	0.1737	146	0.1541	2764	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3993-2.5842	0.1605	146	0.1567	2775	X-RAY DIFFRACTION	99
2.5842-2.8436	0.1708	145	0.154	2765	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8436-3.2535	0.1585	147	0.1538	2793	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2535-4.0932	0.1357	147	0.1364	2787	X-RAY DIFFRACTION	100
4.0932-19.8768	0.1563	151	0.1216	2862	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.6969	0.4353	0.493	0.6362	0.4889	0.6666	0.0198	0.3672	0.1344	-0.1173	0.0734	-0.1494	0.121	0.4989	0.0192	0.1837	0.0856	0.0448	0.344	0.0146	0.1303	58.7919	30.0598	-18.9561
2	1.7427	0.0351	1.3551	1.0132	-0.1415	0.9859	-0.1343	0.0668	0.3892	-0.0563	-0.0864	0.1044	-0.0178	0.0525	0.1862	0.1197	0.0025	0.0242	0.1382	0.012	0.1989	40.0226	37.8517	-18.5091
3	1.9139	0.3003	0.626	1.4507	-0.1234	1.5559	0.0608	-0.1685	0.1747	0.0266	-0.084	0.19	0.1339	-0.2365	0.0142	0.1224	-0.0163	0.0368	0.1636	-0.0191	0.1608	30.945	29.2044	-15.775
4	2.0129	0.2628	0.9137	0.6441	-0.2238	0.7817	0.4652	-0.223	-0.4371	0.1842	-0.1052	0.0125	0.4312	-0.218	-0.1115	0.271	-0.0797	-0.0658	0.1505	0.0375	0.1978	36.26	16.7823	-11.4076
5	2.7556	0.1256	1.8497	0.7566	-0.1193	2.2348	0.5391	0.0258	-0.47	0.0025	-0.1005	-0.0023	0.5798	0.046	-0.1164	0.2303	0.0135	-0.0731	0.0663	-0.0145	0.1723	52.0466	18.7822	-6.9089
6	1.8647	-0.2359	0.4779	1.2405	-0.2606	1.3582	0.1279	0.4621	0.0291	-0.231	-0.1497	0.0049	0.0734	0.3256	-0.0163	0.1341	0.0608	0.0262	0.2248	0.0043	0.1278	54.0993	30.6343	-18.0879

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	CHAIN 'A' AND (RESID -3 THROUGH 26 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	CHAIN 'A' AND (RESID 27 THROUGH 79 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	CHAIN 'A' AND (RESID 80 THROUGH 131 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	CHAIN 'A' AND (RESID 132 THROUGH 199 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	CHAIN 'A' AND (RESID 200 THROUGH 310 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	CHAIN 'A' AND (RESID 311 THROUGH 348 )

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