PDB-5a0v: Catalysis and 5' end sensing by ribonuclease RNase J of the metal...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5a0v

タイトル

Catalysis and 5' end sensing by ribonuclease RNase J of the metallo- beta-lactamase family

要素

5'-R(*CP*GP*CP*CP*UP*CP)-3'
RIBONUCLEASE J

キーワード

HYDROLASE/RNA / HYDROLASE-RNA COMPLEX / ENDONUCLEASE / EXONUCLEASE

機能・相同性

機能・相同性情報

5'-3' RNA exonuclease activity / RNA endonuclease activity / rRNA processing / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / RNA binding / zinc ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

STREPTOMYCES COELICOLOR A3

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.8 Å

データ登録者

Pei, X.Y. / Bralley, P. / Jones, G.H. / Luisi, B.F.

引用

ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2015
タイトル: Linkage of Catalysis and 5' End Recognition in Ribonuclease Rnase J
著者: Pei, X.Y. / Bralley, P. / Jones, G.H. / Luisi, B.F.

履歴

登録	2015年4月23日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2015年8月19日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2015年10月7日	Group: Database references
改定 1.2	2024年1月10日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5a0v.cif.gz	385.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5a0v.ent.gz	314.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5a0v.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5a0v_validation.pdf.gz	774.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5a0v_full_validation.pdf.gz	783.4 KB	表示
XML形式データ	5a0v_validation.xml.gz	35.4 KB	表示
CIF形式データ	5a0v_validation.cif.gz	48.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/a0/5a0v ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/a0/5a0v	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5a0tSC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5a0t-1 3mje-2 4dif-1 6xsj-2 3kl0-3 6xsj-1 4lrf-1 5na4-d 6yq9-1 3qp9-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#187 - 2015年7月ニューデリーメタロβラクタマーゼ (New Delhi Metallo-β-Lactamase) 類似性 (3) #105 - 2008年9月リボヌクレアーゼA (Ribonuclease A) 類似性 (2)

登録構造単位

A: RIBONUCLEASE J

B: RIBONUCLEASE J

E: 5'-R(*CP*GP*CP*CP*UP*CP)-3'

F: 5'-R(*CP*GP*CP*CP*UP*CP)-3'

ヘテロ分子

127 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: RIBONUCLEASE J

E: 5'-R(*CP*GP*CP*CP*UP*CP)-3'

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
63.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: RIBONUCLEASE J

F: 5'-R(*CP*GP*CP*CP*UP*CP)-3'

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
63.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	184.130, 184.130, 112.680
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	95
Space group name H-M	P4₃22

非結晶学的対称性 (NCS)

NCS oper: (Code: given
Matrix: (0.2866, -0.000552, -0.9581), (0.01946, -0.9998, 0.006397), (-0.9579, -0.02048, -0.2865)
ベクター: 0.1156, 120.5, 1.226)

#1: タンパク質	RIBONUCLEASE J 分子量: 61146.090 Da / 分子数: 2 断片: BETA-LACTAMASE DOMAIN AND BETA-CASP DOMAIN, RESIDUES 1-561 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) STREPTOMYCES COELICOLOR A3(2) (バクテリア) プラスミド: PET19B / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): ROSETTA2 PLYSS / 参照: UniProt: O86842
#2: RNA鎖	5'-R(CPGPCPCPUPCP)-3' 分子量: 1827.141 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) STREPTOMYCES COELICOLOR A3(2) (バクテリア) プラスミド: PET19B / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): ROSETTA2 PLYSS
#3: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 化合物	ChemComp-C5P / CYTIDINE-5'-MONOPHOSPHATE / CMP 分子量: 323.197 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₉H₁₄N₃O₈P
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 75 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 4.9 Å³/Da / 溶媒含有率: 0.74 % / 解説: DATA WERE COLLECTED USING THE OSCILLATION METHOD
結晶化	pH: 8.5 詳細: THE BEST CRYSTALS OF S. COELICOLOR RNASE J WERE OBTAINED IN THE 27.5% W/V PEG 400, 0.1 M TRIS-HCL, PH 8.5 BY MIXING A 1:2 VOLUME RATIO OF CRYSTALLIZATION RESERVOIR TO PROTEIN SOLUTION, THEN SOAKED WITH MNCL2

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 0.91742
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年2月1日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.91742 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.7→2.75 Å / Num. obs: 47608 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): 2.5 / 冗長度: 6.9 % / B_iso Wilson estimate: 55.49 Å² / R_merge(I) obs: 0.14 / Net I/σ(I): 9.7
反射シェル	解像度: 2.7→2.85 Å / 冗長度: 14.4 % / R_merge(I) obs: 0.77 / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / % possible all: 99.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(PHENIX.REFINE)	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 5A0T

5a0t

解像度: 2.8→32.719 Å / SU ML: 0.32 / σ(F): 0.05 / 位相誤差: 20.92 / 立体化学のターゲット値: ML
詳細: DISORDERED REGIONS OF RESIDUES 456 TO 561 IN BOTH A CHAIN AND B CHAIN WERE NOT MODELLED.

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2084	4377	4.8 %
R_work	0.1542	-	-
obs	0.1567	39850	99.17 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.8→32.719 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6950	196	25	75	7246

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	7332
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.178	10008
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.991	2753
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.047	1150
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	1287

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.8-2.8318	0.3288	156	0.2671	2857	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8318-2.8651	0.333	160	0.2566	2873	X-RAY DIFFRACTION	99
2.8651-2.9	0.2782	158	0.26	2838	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9-2.9367	0.3191	138	0.26	2872	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9367-2.9753	0.3098	136	0.2481	2872	X-RAY DIFFRACTION	99
2.9753-3.0161	0.2837	135	0.2463	2873	X-RAY DIFFRACTION	99
3.0161-3.0591	0.2939	152	0.2404	2896	X-RAY DIFFRACTION	99
3.0591-3.1047	0.2677	147	0.2255	2858	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1047-3.1532	0.276	165	0.2262	2886	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1532-3.2049	0.2369	156	0.2104	2860	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2049-3.2601	0.251	163	0.1989	2886	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2601-3.3193	0.3381	129	0.1913	2882	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3193-3.3831	0.2438	160	0.1894	2884	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3831-3.4521	0.2364	161	0.192	2830	X-RAY DIFFRACTION	99
3.4521-3.527	0.2444	137	0.163	2908	X-RAY DIFFRACTION	99
3.527-3.609	0.2148	143	0.16	2833	X-RAY DIFFRACTION	99
3.609-3.6991	0.1917	160	0.1469	2791	X-RAY DIFFRACTION	98
3.6991-3.799	0.1905	140	0.1384	2832	X-RAY DIFFRACTION	98
3.799-3.9106	0.1602	166	0.1271	2890	X-RAY DIFFRACTION	100
3.9106-4.0366	0.1746	145	0.1188	2887	X-RAY DIFFRACTION	100
4.0366-4.1806	0.1642	143	0.1177	2916	X-RAY DIFFRACTION	100
4.1806-4.3476	0.1521	137	0.1053	2860	X-RAY DIFFRACTION	100
4.3476-4.545	0.1591	141	0.1022	2891	X-RAY DIFFRACTION	100
4.545-4.7839	0.1659	124	0.1057	2914	X-RAY DIFFRACTION	100
4.7839-5.0826	0.1335	122	0.1036	2913	X-RAY DIFFRACTION	100
5.0826-5.4734	0.1681	140	0.1158	2854	X-RAY DIFFRACTION	98
5.4734-6.0211	0.2064	134	0.1334	2838	X-RAY DIFFRACTION	98
6.0211-6.8853	0.2128	159	0.1443	2799	X-RAY DIFFRACTION	97
6.8853-8.6482	0.1756	144	0.1381	2789	X-RAY DIFFRACTION	97
8.6482-32.7211	0.2183	126	0.1697	2867	X-RAY DIFFRACTION	98

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: 16.8119 Å / Origin y: 60.5149 Å / Origin z: -12.4589 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.5804 Å²	0.07 Å²	0.0373 Å²	-	0.2785 Å²	0.0245 Å²	-	-	0.4141 Å²
L	0.7024 °²	-0.1936 °²	0.7222 °²	-	0.2408 °²	-0.2504 °²	-	-	1.5973 °²
S	0.0029 Å °	0.1417 Å °	-0.0883 Å °	-0.1209 Å °	-0.0159 Å °	-0.1389 Å °	0.4241 Å °	0.3332 Å °	0.0125 Å °

精密化 TLSグループ

Selection details: ALL

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関連情報:EMDBヘッダ

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