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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5a07 | ||||||
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タイトル | X-ray structure of the mannosyltransferase Ktr4p from S. cerevisiae in complex with GDP | ||||||
要素 | PROBABLE MANNOSYLTRANSFERASE KTR4 | ||||||
キーワード | TRANSFERASE / GOLGI APPARATUS / MANNOSYLTRANSFERASES / GT-A / MEMBRANE PROTEINS | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 alpha-1,2-mannosyltransferase activity / mannosylation / mannosyltransferase activity / cell wall mannoprotein biosynthetic process / fungal-type vacuole / protein O-linked glycosylation / protein N-linked glycosylation / 転移酵素; グリコシル基を移すもの; 六炭糖残基を移すもの / Golgi apparatus / membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å | ||||||
データ登録者 | Possner, D.D.D. / Guy, J.E. | ||||||
引用 | ジャーナル: Plos One / 年: 2015 タイトル: Structure of the Glycosyltransferase Ktr4P from Saccharomyces Cerevisiae 著者: Possner, D.D.D. / Claesson, M. / Guy, J.E. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5a07.cif.gz | 192.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5a07.ent.gz | 150.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5a07.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 5a07_validation.pdf.gz | 1.1 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 5a07_full_validation.pdf.gz | 1.1 MB | 表示 | |
XML形式データ | 5a07_validation.xml.gz | 35.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 5a07_validation.cif.gz | 53 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/a0/5a07 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/a0/5a07 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域: Component-ID: _ / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: HIS / Beg label comp-ID: HIS / End auth comp-ID: MET / End label comp-ID: MET / Refine code: _ / Auth seq-ID: 71 - 463 / Label seq-ID: 41 - 433
NCS oper: (Code: given Matrix: (0.7457, 0.6628, 0.06883), ベクター: |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 51226.426 Da / 分子数: 2 / 断片: LUMENAL PART, RESIDUES 33-464 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母) 株: S288C / プラスミド: PNIC28-BSA4 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): K-12 / Variant (発現宿主): ROSETTA-GAMI 2 参照: UniProt: P38131, 転移酵素; グリコシル基を移すもの; 六炭糖残基を移すもの #2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 化合物 | #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.75 % / 解説: NONE |
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結晶化 | pH: 6.5 詳細: 0.1M NA-CACODYLATE, PH 6.5 0.2M CAOAC 18% (W/V) PEG8000 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.972422 |
検出器 | タイプ: DECTRIS PIXEL / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年6月18日 / 詳細: TOROIDAL MIRROR |
放射 | モノクロメーター: SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.972422 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.9→50 Å / Num. obs: 81509 / % possible obs: 99.1 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 9.8 % / Rmerge(I) obs: 0.1 / Net I/σ(I): 15.5 |
反射 シェル | 解像度: 1.9→1.94 Å / 冗長度: 9.2 % / Rmerge(I) obs: 0.87 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / % possible all: 98.9 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 5A08 解像度: 1.9→86.79 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.966 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.95 / SU B: 2.919 / SU ML: 0.083 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.118 / ESU R Free: 0.114 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. U VALUES REFINED INDIVIDUALLY
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 26.426 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.9→86.79 Å
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拘束条件 |
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