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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4zzn | ||||||
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タイトル | Human ERK2 in complex with an inhibitor | ||||||
![]() | MITOGEN-ACTIVATED PROTEIN KINASE 1 | ||||||
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機能・相同性 | ![]() phospho-PLA2 pathway / Signaling by MAPK mutants / RAF-independent MAPK1/3 activation / Suppression of apoptosis / Signaling by Activin / Gastrin-CREB signalling pathway via PKC and MAPK / cardiac neural crest cell development involved in heart development / caveolin-mediated endocytosis / cytosine metabolic process / ERKs are inactivated ...phospho-PLA2 pathway / Signaling by MAPK mutants / RAF-independent MAPK1/3 activation / Suppression of apoptosis / Signaling by Activin / Gastrin-CREB signalling pathway via PKC and MAPK / cardiac neural crest cell development involved in heart development / caveolin-mediated endocytosis / cytosine metabolic process / ERKs are inactivated / response to epidermal growth factor / Signaling by MAP2K mutants / Signaling by NODAL / RSK activation / Golgi Cisternae Pericentriolar Stack Reorganization / regulation of cellular pH / positive regulation of macrophage proliferation / outer ear morphogenesis / Regulation of the apoptosome activity / regulation of Golgi inheritance / ERBB signaling pathway / labyrinthine layer blood vessel development / mammary gland epithelial cell proliferation / trachea formation / Negative feedback regulation of MAPK pathway / regulation of early endosome to late endosome transport / regulation of stress-activated MAPK cascade / IFNG signaling activates MAPKs / Frs2-mediated activation / positive regulation of macrophage chemotaxis / lung morphogenesis / ERBB2-ERBB3 signaling pathway / response to exogenous dsRNA / regulation of cytoskeleton organization / Activation of the AP-1 family of transcription factors / face development / ERK/MAPK targets / androgen receptor signaling pathway / ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Ward, R.A. / Colclough, N. / Challinor, M. / Debreczeni, J.E. / Eckersley, K. / Fairley, G. / Feron, L. / Flemington, V. / Graham, M.A. / Greenwood, R. ...Ward, R.A. / Colclough, N. / Challinor, M. / Debreczeni, J.E. / Eckersley, K. / Fairley, G. / Feron, L. / Flemington, V. / Graham, M.A. / Greenwood, R. / Hopcroft, P. / Howard, T.D. / James, M. / Jones, C.D. / Jones, C.R. / Renshaw, J. / Roberts, K. / Snow, L. / Tonge, M. / Yeung, K. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structure-Guided Design of Highly Selective and Potent Covalent Inhibitors of Erk1/2. 著者: Ward, R.A. / Colclough, N. / Challinor, M. / Debreczeni, J. / Eckersley, K. / Fairley, G. / Feron, L. / Flemington, V. / Graham, M.A. / Greenwood, R. / Hopcroft, P. / Howard, T.D. / James, M. ...著者: Ward, R.A. / Colclough, N. / Challinor, M. / Debreczeni, J. / Eckersley, K. / Fairley, G. / Feron, L. / Flemington, V. / Graham, M.A. / Greenwood, R. / Hopcroft, P. / Howard, T.D. / James, M. / Jones, C.D. / Jones, C.R. / Renshaw, J. / Roberts, K. / Snow, L. / Tonge, M. / Yeung, K. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 152.2 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 125 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 40791.961 Da / 分子数: 1 / 断片: KINASE DOMAIN, RESIDUES 11-360 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: MODIFIED CYS 161 A / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() 参照: UniProt: P28482, ![]() |
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#2: 化合物 | ChemComp-SO4 / ![]() |
#3: 化合物 | ChemComp-CQ8 / |
#4: 水 | ChemComp-HOH / ![]() |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.36 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.97 % / 解説: NONE |
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年7月1日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長![]() |
反射 | 解像度: 1.33→28.57 Å / Num. obs: 61571 / % possible obs: 70.9 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3 % / Biso Wilson estimate: 17.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.03 / Net I/σ(I): 20.6 |
反射 シェル | 解像度: 1.33→1.37 Å / 冗長度: 1.3 % / Rmerge(I) obs: 0.42 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / % possible all: 5.8 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法![]() ![]() 詳細: IDEAL-DIST CONTACT TERM CONTACT SETUP. ALL ATOMS HAVE CCP4 ATOM TYPE FROM LIBRARY
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原子変位パラメータ | Biso mean: 23.28 Å2
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Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.175 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.33→28.57 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.33→1.36 Å / Total num. of bins used: 20
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精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: -3.9745 Å / Origin y: 8.1885 Å / Origin z: 47.1496 Å
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精密化 TLSグループ | Selection details: { A|* } |