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- PDB-4zzf: Crystal structure of truncated FlgD (tetragonal form) from the hu... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4zzf
タイトルCrystal structure of truncated FlgD (tetragonal form) from the human pathogen Helicobacter pylori
要素Flagellar basal body rod modification protein
キーワードMOTOR PROTEIN / Flagellum / Hook-caping protein
機能・相同性
機能・相同性情報


bacterial-type flagellum organization / bacterial-type flagellum basal body
類似検索 - 分子機能
Immunoglobulin-like - #4070 / Flagellar hook capping protein / Flagellar hook capping protein - N-terminal region / FlgD Ig-like domain / FlgD Ig-like domain / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Basal-body rod modification protein FlgD
類似検索 - 構成要素
生物種Helicobacter pylori 26695 (ピロリ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.1673 Å
データ登録者Pulic, I. / Cendron, L. / Salamina, M. / Matkovic-Calogovic, D. / Zanotti, G.
資金援助 イタリア, クロアチア, 3件
組織認可番号国
European Community's Seventh Framework Program (FP7/2007-2013)283570 イタリア
PRIN 2010-2011 (MIUR) イタリア
Ministry of Science, Education and Sports119-1193079-1084 クロアチア
引用ジャーナル: J.Struct.Biol. / 年: 2016
タイトル: Crystal structure of truncated FlgD from the human pathogen Helicobacter pylori.
著者: Pulic, I. / Cendron, L. / Salamina, M. / Polverino de Laureto, P. / Matkovic-Calogovic, D. / Zanotti, G.
履歴
登録2015年5月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年2月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年3月30日Group: Database references
改定 1.22024年5月8日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Flagellar basal body rod modification protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,4491
ポリマ－16,4491
非ポリマー00
水1,33374
1
A: Flagellar basal body rod modification protein

A: Flagellar basal body rod modification protein

A: Flagellar basal body rod modification protein

A: Flagellar basal body rod modification protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)65,7944
ポリマ－65,7944
非ポリマー00
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_665-x+1,-y+1,z1
crystal symmetry operation3_655-y+1,x,z1
crystal symmetry operation4_565y,-x+1,z1
Buried area3900 Å2
ΔGint-20 kcal/mol
Surface area30180 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)76.418, 76.418, 145.430
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number97
Space group name H-MI422
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-306-

HOH

21A-363-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Flagellar basal body rod modification protein / Hook assembly protein / flagella (FlgD)


分子量: 16448.518 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 127-272 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Helicobacter pylori 26695 (ピロリ菌)
遺伝子: flgD, C694_04670, HP_0907 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: O25565
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 74 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.23 Å3/Da / 溶媒含有率: 62 % / 解説: Prism
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: Sodium acetate, Bis-Tris propane, PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 0.99988 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年12月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.99988 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1673→43.3801 Å / Num. obs: 11714 / % possible obs: 98.5 % / 冗長度: 6.9 % / Rmerge(I) obs: 0.059 / Rsym value: 0.025 / Net I/σ(I): 20.5
反射 シェル解像度: 2.1673→2.28 Å / 冗長度: 5.5 % / Rmerge(I) obs: 0.666 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / % possible all: 90

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
SHELXDE位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.1673→43.3801 Å / SU ML: 0.28 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 24.88 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2338 586 5 %
Rwork0.1966 --
obs0.1984 11712 98.86 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1673→43.3801 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1156 0 0 74 1230
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0081177
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1081581
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.173452
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.044166
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004209
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.1673-2.38540.32411380.26142621X-RAY DIFFRACTION95
2.3854-2.73050.28691450.24862760X-RAY DIFFRACTION100
2.7305-3.43990.28221470.22242798X-RAY DIFFRACTION100
3.4399-43.38010.19071560.16592947X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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