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Yorodumi- PDB-4zze: Raffinose and panose binding protein from Bifidobacterium animali... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4zze | |||||||||
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Title | Raffinose and panose binding protein from Bifidobacterium animalis subsp. lactis Bl-04, bound with panose | |||||||||
Components | Sugar binding protein of ABC transporter system | |||||||||
Keywords | TRANSPORT PROTEIN / Panose / ABC transporter / complex | |||||||||
Function / homology | Function and homology information maltose binding / maltose transport / maltodextrin transmembrane transport / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex, substrate-binding subunit-containing / transmembrane transport / metal ion binding Similarity search - Function | |||||||||
Biological species | Bifidobacterium animalis subsp. lactis (bacteria) | |||||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.76 Å | |||||||||
Authors | Fredslund, F. / Ejby, M. / Andersen, J.M. / Slotboom, D.J. / Hachem, M.A. | |||||||||
Citation | Journal: J. Biol. Chem. / Year: 2016 Title: An ATP Binding Cassette Transporter Mediates the Uptake of alpha-(1,6)-Linked Dietary Oligosaccharides in Bifidobacterium and Correlates with Competitive Growth on These Substrates. Authors: Ejby, M. / Fredslund, F. / Andersen, J.M. / Vujicic Zagar, A. / Henriksen, J.R. / Andersen, T.L. / Svensson, B. / Slotboom, D.J. / Abou Hachem, M. | |||||||||
History |
|
-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 4zze.cif.gz | 316.6 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb4zze.ent.gz | 254.6 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 4zze.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 4zze_validation.pdf.gz | 1.2 MB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 4zze_full_validation.pdf.gz | 1.2 MB | Display | |
Data in XML | 4zze_validation.xml.gz | 38.2 KB | Display | |
Data in CIF | 4zze_validation.cif.gz | 60 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zz/4zze ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zz/4zze | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 4zs9C 4zzaSC S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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2 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 44214.480 Da / Num. of mol.: 2 / Fragment: UNP residues 46-437 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Bifidobacterium animalis subsp. lactis (bacteria) Strain: Bl-04 / DGCC2908 / RB 4825 / SD5219 / Gene: Balac_1599 / Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) / Variant (production host): DE3 / References: UniProt: C6A9Y6, UniProt: A0A1A9TAB8*PLUS #2: Polysaccharide | Source method: isolated from a genetically manipulated source #3: Chemical | ChemComp-MG / #4: Chemical | ChemComp-CL / #5: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.01 Å3/Da / Density % sol: 38.89 % |
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Crystal grow | Temperature: 278 K / Method: vapor diffusion / pH: 8.5 Details: 0.1 M Tris pH 8.5, 25% PEG 4000, 0.8M magnesium chloride |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SLS / Beamline: X06SA / Wavelength: 0.97734 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: PSI PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: Oct 13, 2011 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Monochromator: Si(111) / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97734 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.76→23.2 Å / Num. obs: 71009 / % possible obs: 99.1 % / Observed criterion σ(I): -3 / Redundancy: 3.4 % / Biso Wilson estimate: 16.58 Å2 / Rmerge F obs: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.082 / Rrim(I) all: 0.098 / Χ2: 0.921 / Net I/σ(I): 10.64 / Num. measured all: 241213 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1 / Rejects: _
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 4ZZA Resolution: 1.76→23.113 Å / SU ML: 0.18 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.99 / Phase error: 20 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 81.29 Å2 / Biso mean: 21.2313 Å2 / Biso min: 4.52 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 1.76→23.113 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 25
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