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- PDB-4zzd: CRYSTAL STRUCTURE OF MULTIDRUG RESISTANCE REGULATOR LMRR BOUND TO... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4zzd
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF MULTIDRUG RESISTANCE REGULATOR LMRR BOUND TO RIBOFLAVIN
要素TRANSCRIPTIONAL REGULATOR, PADR-LIKE FAMILYTranscriptional regulation
キーワードTRANSCRIPTION (転写 (生物学)) / WINGED HELIX TURN HELIX (ヘリックスターンヘリックス) / TRANSCRIPTION REGULATOR / MULTIDRUG BINDING / INTRACELLULAR
機能・相同性
機能・相同性情報


Transcription regulator PadR, N-terminal / Transcriptional regulator PadR-like family / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / Arc Repressor Mutant, subunit A / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
リボフラビン / Transcriptional regulator, PadR-like family
類似検索 - 構成要素
生物種Lactococcus lactis subsp. cremoris MG1363 (乳酸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.351 Å
データ登録者Madoori, P.K. / Thunnissen, A.-M.W.H.
引用ジャーナル: Plos One / 年: 2015
タイトル: Binding of the Lactococcal Drug Dependent Transcriptional Regulator LmrR to Its Ligands and Responsive Promoter Regions.
著者: van der Berg, J.P. / Madoori, P.K. / Komarudin, A.G. / Thunnissen, A.M. / Driessen, A.J.
履歴
登録2015年5月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02015年8月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年5月8日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: TRANSCRIPTIONAL REGULATOR, PADR-LIKE FAMILY
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,8552
ポリマ－13,4781
非ポリマー3761
水27015
1
A: TRANSCRIPTIONAL REGULATOR, PADR-LIKE FAMILY
ヘテロ分子

A: TRANSCRIPTIONAL REGULATOR, PADR-LIKE FAMILY
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,7094
ポリマ－26,9572
非ポリマー7532
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation7_556y,x,-z+11
Buried area3960 Å2
ΔGint-25 kcal/mol
Surface area11800 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)35.215, 35.215, 179.787
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212
対称性点対称性: (シェーンフリース記号: C2 (2回回転対称))
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-201-

RBF

21A-201-

RBF

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要素

#1: タンパク質 TRANSCRIPTIONAL REGULATOR, PADR-LIKE FAMILY / Transcriptional regulation


分子量: 13478.371 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Lactococcus lactis subsp. cremoris MG1363 (乳酸菌)
遺伝子: llmg_0323 / プラスミド: PNSC8048
発現宿主: Lactococcus lactis subsp. cremoris NZ9000 (乳酸菌)
参照: UniProt: A2RI36
#2: 化合物 ChemComp-RBF / RIBOFLAVIN / RIBOFLAVINE / VITAMIN B2 / リボフラビン / リボフラビン


分子量: 376.364 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H20N4O6
#3: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 15 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.07 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.51 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8
詳細: 0.1M TRIS-HCL, 17% PEG 2000 MME, 0.2M TRI-METHYLAMINE N-OXIDE

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-2 / 波長: 0.8726 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2008年10月5日
放射モノクロメーター: SI (111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.8726 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.351→34.5 Å / Num. obs: 5144 / % possible obs: 99 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.3 % / Biso Wilson estimate: 36.3 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 15.3
反射 シェル解像度: 2.35→2.53 Å / 冗長度: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 0.4 / Mean I/σ(I) obs: 3.2 / % possible all: 99.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
PHENIX1.7.1_743精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.351→30.36 Å / SU ML: 0.47 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 29.48 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.269 237 4.61 %Random selection
Rwork0.206 ---
obs0.21 5144 97.7 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.72 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 41.06 Å2 / ksol: 0.33 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.5871 Å20 Å2-0 Å2
2--0.5871 Å20 Å2
3----1.1742 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.351→30.36 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数809 0 27 15 851
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.008879
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0131187
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d19.505324
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.073126
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003140
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.351-2.9610.36571150.22732361X-RAY DIFFRACTION98
2.961-30.36380.23861220.19882546X-RAY DIFFRACTION98
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.862-3.58083.35776.7373-3.2643.72110.19460.26640.2345-0.5469-0.09120.35230.5203-0.1127-0.19810.3597-0.068-0.03490.2560.07270.19570.77251.043399.2036
24.8452-1.8109-0.57784.3785-1.67533.9027-0.0808-0.30550.54530.37050.4130.6763-0.8846-0.3293-0.03070.29680.0351-0.07760.15650.01050.31391.28536.4915109.7256
34.1773-2.3329-1.7482.64690.30995.8121-0.07760.0806-0.23430.02730.15360.5775-0.2651-0.4861-0.0920.2027-0.0423-0.04040.10750.08720.2239-3.3601-6.982105.9624
40.9526-0.0521-0.33443.6952-0.33761.9028-0.0259-0.2405-0.14530.30560.10430.0883-0.0071-0.0380.32560.15820.0299-0.01580.19570.26960.19785.6869-9.0313111.9564
51.056-0.6650.27863.5396-3.54655.1442-0.5405-0.10110.32670.0467-0.3272-0.8307-0.21360.61760.37480.2008-0.0859-0.04920.43550.02680.293811.11630.378188.0822
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resseq 5:23)
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resseq 24:46)
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resseq 47:59)
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resseq 60:82)
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resseq 83:108)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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