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万見
- PDB-4zyo: Crystal Structure of Human Integral Membrane Stearoyl-CoA Desatur... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4zyo
タイトルCrystal Structure of Human Integral Membrane Stearoyl-CoA Desaturase with Substrate
要素Acyl-CoA desaturase
キーワードOXIDOREDUCTASE / Membrane protein / Desaturase / Metal binding protein
機能・相同性
機能・相同性情報


stearoyl-CoA 9-desaturase / stearoyl-CoA 9-desaturase activity / palmitoyl-CoA 9-desaturase activity / monounsaturated fatty acid biosynthetic process / unsaturated fatty acid biosynthetic process / Fatty acyl-CoA biosynthesis / response to fatty acid / NR1H2 & NR1H3 regulate gene expression linked to lipogenesis / Activation of gene expression by SREBF (SREBP) / positive regulation of cold-induced thermogenesis ...stearoyl-CoA 9-desaturase / stearoyl-CoA 9-desaturase activity / palmitoyl-CoA 9-desaturase activity / monounsaturated fatty acid biosynthetic process / unsaturated fatty acid biosynthetic process / Fatty acyl-CoA biosynthesis / response to fatty acid / NR1H2 & NR1H3 regulate gene expression linked to lipogenesis / Activation of gene expression by SREBF (SREBP) / positive regulation of cold-induced thermogenesis / MLL4 and MLL3 complexes regulate expression of PPARG target genes in adipogenesis and hepatic steatosis / oxidoreductase activity / iron ion binding / endoplasmic reticulum membrane / nucleolus / endoplasmic reticulum / membrane
類似検索 - 分子機能
Fatty acid desaturase type 1, conserved site / Acyl-CoA desaturase / Fatty acid desaturases family 1 signature.
類似検索 - ドメイン・相同性
STEAROYL-COENZYME A / Stearoyl-CoA desaturase
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 3.25 Å
データ登録者Wang, H. / Klein, M.G. / Lane, W. / Snell, G. / Levin, I. / Li, K. / Zou, H. / Sang, B.-C.
引用ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2015
タイトル: Crystal structure of human stearoyl-coenzyme A desaturase in complex with substrate.
著者: Wang, H. / Klein, M.G. / Zou, H. / Lane, W. / Snell, G. / Levin, I. / Li, K. / Sang, B.C.
履歴
登録2015年5月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年6月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年7月29日Group: Database references
改定 1.22024年3月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Experimental preparation / Source and taxonomy
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / entity_src_gen / exptl_crystal / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _exptl_crystal.density_Matthews / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Acyl-CoA desaturase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,4745
ポリマ－36,7981
非ポリマー1,6754
水181
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)134.108, 134.108, 112.561
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number152
Space group name H-MP3121

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要素

#1: タンパク質 Acyl-CoA desaturase / Delta(9)-desaturase / Delta-9 desaturase / Fatty acid desaturase / Stearoyl-CoA desaturase


分子量: 36798.211 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 45-359 / 変異: K60A, K62A, E63A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SCD
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: O00767, stearoyl-CoA 9-desaturase
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物 ChemComp-ST9 / STEAROYL-COENZYME A / ステアロイルCoA


分子量: 1033.996 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C39H70N7O17P3S
#4: 糖 ChemComp-LMT / DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE / ドデシルβ-D-マルトシド


タイプ: D-saccharide / 分子量: 510.615 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C24H46O11 / コメント: 可溶化剤*YM
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 7.94 Å3/Da
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 100 mM Tris-HCl (pH 8.5), 30-35% (v/v) PEG400, 220 mM sodium citrate

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データ収集

回折平均測定温度: 200 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-D / 波長: 1.113 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年6月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.113 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.25→116 Å / Num. obs: 18812 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 20 % / Rmerge F obs: 0.118 / Net I/σ(I): 19

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 3.25→37.52 Å / SU ML: 0.54 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 29.43 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2636 966 5.14 %
Rwork0.2413 --
obs0.2424 18788 99.95 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.25→37.52 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2466 0 92 1 2559
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0042647
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9413604
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.862917
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.035376
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004435
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.25-3.42090.38191460.3392509X-RAY DIFFRACTION100
3.4209-3.63510.30451440.29232517X-RAY DIFFRACTION100
3.6351-3.91550.29331340.24792493X-RAY DIFFRACTION100
3.9155-4.3090.2821310.24132540X-RAY DIFFRACTION100
4.309-4.93140.26371390.22392532X-RAY DIFFRACTION100
4.9314-6.20840.25761360.24162571X-RAY DIFFRACTION100
6.2084-37.52280.23231360.22672660X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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