PDB-4zxf: Crystal Structure of a Soluble Variant of Monoglyceride Lipase fr...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4zxf

タイトル

Crystal Structure of a Soluble Variant of Monoglyceride Lipase from Saccharomyces Cerevisiae in Complex with a Substrate Analog

要素

Monoglyceride lipase

キーワード

HYDROLASE / Monoglyceride Lipase / Monoacylglycerol Lipase / Complex / Substrate Analog

機能・相同性

機能・相同性情報

acylglycerol lipase / triglyceride catabolic process / monoacylglycerol lipase activity / lipase activity / serine hydrolase activity / triglyceride metabolic process / lipid droplet / cell periphery / mitochondrial outer membrane / endoplasmic reticulum ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.5 Å

データ登録者

Aschauer, P. / Lichtenegger, J. / Rengachari, S. / Gruber, K. / Oberer, M.

資金援助

オーストリア, 2件

引用

ジャーナル: Biochim.Biophys.Acta / 年: 2016
タイトル: Crystal structure of the Saccharomyces cerevisiae monoglyceride lipase Yju3p.
著者: Aschauer, P. / Rengachari, S. / Lichtenegger, J. / Schittmayer, M. / Das, K.M. / Mayer, N. / Breinbauer, R. / Birner-Gruenberger, R. / Gruber, C.C. / Zimmermann, R. / Gruber, K. / Oberer, M.

履歴

登録	2015年5月20日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2016年5月25日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年9月6日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.2	2024年1月10日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4zxf.cif.gz	254.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4zxf.ent.gz	205.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4zxf.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4zxf_validation.pdf.gz	684.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4zxf_full_validation.pdf.gz	698.2 KB	表示
XML形式データ	4zxf_validation.xml.gz	43.9 KB	表示
CIF形式データ	4zxf_validation.cif.gz	60.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zx/4zxf ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zx/4zxf	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4zwnSC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2pj1-3 2pj8-3 2piz-3 2pj3-2 2piz-1 5thj-d 2pjb-3 3bef-1 4ie2-3 1zg7-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Monoglyceride lipase

B: Monoglyceride lipase

C: Monoglyceride lipase

D: Monoglyceride lipase

ヘテロ分子

156 kDa, 4 ポリマー
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1

A: Monoglyceride lipase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
39 kDa, 1 ポリマー
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2

B: Monoglyceride lipase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
39 kDa, 1 ポリマー
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3

C: Monoglyceride lipase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
39.3 kDa, 1 ポリマー
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4

D: Monoglyceride lipase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
39 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	76.760, 107.130, 165.450
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Monoglyceride lipase / MGL / Monoacylglycerol hydrolase / MGH / Monoacylglycerol lipase / MAGL / Serine hydrolase YJU3 分子量: 38905.113 Da / 分子数: 4 / 変異: Q264R, L175S / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: YJU3, YKL094W, YKL441 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P28321, acylglycerol lipase
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 化合物	ChemComp-4S7 / 1-{3-[(R)-hydroxy(octadecyloxy)phosphoryl]propyl}triaza-1,2-dien-2-ium / octadecyl hydrogen (R)-(3-azidopropyl)phosphonate 分子量: 418.574 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₄₅N₃O₃P
#4: 化合物	ChemComp-NO3 / NITRATE ION 分子量: 62.005 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: NO₃
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 151 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.43 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.31 % / 解説: clustered plates
結晶化	温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.7 詳細: 0.1 M Bicine/Trizma base pH 8.7, 10% w/v PEG 20 000, 20% v/v PEG MME 550 and 0.03 M sodium nitrate, 0.03 M disodium hydrogen phosphate, 0.03 M ammonium sulphate, Microseeding

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

ESRF

/ ビームライン: ID29 / 波長: 0.97939 Å

検出器

タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年12月15日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97939 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.5→165.45 Å / Num. all: 47793 / Num. obs: 47793 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 4.5 % / B_iso Wilson estimate: 43.76 Å² / R_pim(I) all: 0.093 / R_rim(I) all: 0.202 / R_sym value: 0.179 / Net I/av σ(I): 3.6 / Net I/σ(I): 6.5 / Num. measured all: 215498

反射シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured all	Num. unique all	R_pim(I) all	R_sym value	Net I/σ(I) obs	% possible all
2.5-2.64	4.2	0.846	0.8	29110	6869	0.455	0.846	1.8	99.6
2.64-2.8	4.8	0.707	1	31195	6506	0.357	0.707	2.3	99.9
2.8-2.99	4.6	0.548	1.3	28493	6177	0.283	0.548	2.9	99.8
2.99-3.23	4.2	0.374	1.9	24170	5692	0.2	0.374	4	99.4
3.23-3.54	4.8	0.248	2.9	25236	5299	0.126	0.248	6.2	99.8
3.54-3.95	4.6	0.156	4.5	22303	4812	0.08	0.156	9.1	99.8
3.95-4.56	4.4	0.098	7	18827	4282	0.052	0.098	12.3	99.7
4.56-5.59	4.7	0.085	7.9	16907	3624	0.043	0.085	13.4	99.7
5.59-7.91	4.3	0.076	8.9	12291	2861	0.04	0.076	12.1	99.3
7.91-82.725	4.2	0.046	13	6966	1671	0.024	0.046	18.3	99.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.9_1692	精密化
SCALA	3.3.21	データスケーリング
PDB_EXTRACT	3.15	データ抽出
PHASER		位相決定
XDS		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4ZWN

4zwn

解像度: 2.5→65.476 Å / SU ML: 0.4 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 25.54 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2568	2409	5.05 %
R_work	0.2013	-	-
obs	0.2041	47713	99.45 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.5→65.476 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	9756	0	45	151	9952

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.004	10072
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.806	13579
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.074	3754
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.04	1389
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	1762

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.5-2.5511	0.3762	117	0.3137	2640	X-RAY DIFFRACTION	99
2.5511-2.6065	0.3765	127	0.3016	2610	X-RAY DIFFRACTION	99
2.6065-2.6672	0.3518	159	0.293	2613	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6672-2.7339	0.353	144	0.2778	2648	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7339-2.8078	0.304	154	0.2547	2625	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8078-2.8904	0.3284	141	0.2524	2628	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8904-2.9837	0.2744	163	0.2438	2633	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9837-3.0903	0.3543	161	0.2394	2615	X-RAY DIFFRACTION	99
3.0903-3.2141	0.2923	135	0.2244	2630	X-RAY DIFFRACTION	99
3.2141-3.3603	0.276	147	0.2112	2643	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3603-3.5375	0.2528	144	0.2008	2647	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5375-3.7591	0.2317	137	0.1893	2683	X-RAY DIFFRACTION	100
3.7591-4.0493	0.2157	125	0.1765	2712	X-RAY DIFFRACTION	100
4.0493-4.4567	0.2042	128	0.1561	2701	X-RAY DIFFRACTION	100
4.4567-5.1014	0.2182	145	0.158	2704	X-RAY DIFFRACTION	100
5.1014-6.4264	0.2301	143	0.1781	2711	X-RAY DIFFRACTION	99
6.4264-65.4984	0.2079	139	0.1766	2861	X-RAY DIFFRACTION	99

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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