PDB-4zwy: Human Carbonic Anhydrase II in complex with a glucosyl sulfamate ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4zwy

タイトル

Human Carbonic Anhydrase II in complex with a glucosyl sulfamate inhibitor

要素

Carbonic anhydrase 2

キーワード

Lyase/Lyase inhibitor / Carbonic anhydrase II / glucosyl sulfamate / inhibitor complex. / Lyase-Lyase inhibitor complex

機能・相同性

機能・相同性情報

positive regulation of cellular pH reduction / positive regulation of dipeptide transmembrane transport / regulation of monoatomic anion transport / secretion / cyanamide hydratase / cyanamide hydratase activity / arylesterase activity / regulation of chloride transport / Reversible hydration of carbon dioxide / angiotensin-activated signaling pathway ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 1.5 Å

データ登録者

Mahon, B.P. / Lomelino, C.L. / Driscoll, J.M. / McKenna, R.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2015
タイトル: Mapping Selective Inhibition of the Cancer-Related Carbonic Anhydrase IX Using Structure-Activity Relationships of Glucosyl-Based Sulfamates.
著者: Mahon, B.P. / Lomelino, C.L. / Ladwig, J. / Rankin, G.M. / Driscoll, J.M. / Salguero, A.L. / Pinard, M.A. / Vullo, D. / Supuran, C.T. / Poulsen, S.A. / McKenna, R.

履歴

登録	2015年5月19日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2015年8月5日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2015年9月9日	Group: Database references
改定 1.2	2017年9月13日	Group: Author supporting evidence / Database references / Derived calculations カテゴリ: citation / pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list Item: _citation.journal_id_CSD / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.3	2019年12月4日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.4	2023年9月27日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4zwy.cif.gz	134.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4zwy.ent.gz	100.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4zwy.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zw/4zwy ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zw/4zwy	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4zwxC 4zwzC 4zx0C 4zx1C 3ks3S 4zwi C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	3kon-d 3mzc-d 1zsa-d 2nxr-d 1cnb-d 1rzb-d 5yui-d 6ouk-d 4iwz-d 3p5l-d 1avn-d 2nxt-d 1cnc-d 5jdv-d 4q6e-d 1kwr-d 4k0t-d 3n4b-d 5flp-d 2h15-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#49 - 2004年1月炭酸脱水酵素 (Carbonic Anhydrase) 類似性 (1) #222 - 2018年6月タンパク質とナノ粒子 (Proteins and Nanoparticles) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Carbonic anhydrase 2

ヘテロ分子

29.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	42.178, 41.344, 71.816
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 104.120, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Carbonic anhydrase 2 / Carbonate dehydratase II / Carbonic anhydrase C / CAC / Carbonic anhydrase II / CA-II 分子量: 28932.641 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 4-260 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CA2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P00918, carbonic anhydrase
#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物	ChemComp-4SN / (6S)-1,3,4,5-tetra-O-acetyl-2,6-anhydro-6-{[5-(sulfamoyloxy)pentyl]sulfamoyl}-L-altritol 分子量: 576.592 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₉H₃₂N₂O₁₄S₂
#4: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 274 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.1 Å³/Da / 溶媒含有率: 41.4 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.8 / 詳細: 1.6 M sodium citrate, 50 mM Tris-HCl pH 7.8

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

回転陽極 / タイプ: RIGAKU RUH3R / 波長: 1.5418 Å

検出器

タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2015年3月16日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.5418 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.5→50 Å / Num. obs: 38042 / % possible obs: 98.1 % / 冗長度: 3.3 % / B_iso Wilson estimate: 20.17 Å² / R_merge(I) obs: 0.047 / R_pim(I) all: 0.03 / R_rim(I) all: 0.055 / Χ²: 2.576 / Net I/av σ(I): 47.194 / Net I/σ(I): 32 / Num. measured all: 126969

反射シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique all	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
1.5-1.53	3	0.321	1885	0.908	0.216	0.389	1.914	98.1
1.53-1.55	3.2	0.285	1870	0.928	0.185	0.341	1.917	97.4
1.55-1.58	3.2	0.243	1872	0.934	0.156	0.29	2.036	97.7
1.58-1.62	3.2	0.196	1842	0.959	0.124	0.233	2.058	96
1.62-1.65	3.2	0.165	1879	0.967	0.105	0.196	2.219	96.1
1.65-1.69	3.3	0.137	1841	0.975	0.088	0.164	2.224	95.5
1.69-1.73	3.3	0.11	1835	0.984	0.07	0.131	2.233	95.8
1.73-1.78	3.3	0.093	1830	0.989	0.059	0.111	2.216	96.3
1.78-1.83	3.3	0.076	1882	0.991	0.048	0.091	2.145	96.8
1.83-1.89	3.3	0.064	1910	0.992	0.041	0.077	2.168	98.2
1.89-1.96	3.3	0.053	1910	0.994	0.034	0.064	2.1	99
1.96-2.04	3.3	0.048	1901	0.996	0.031	0.058	2.221	99.4
2.04-2.13	3.3	0.043	1930	0.996	0.028	0.051	2.134	99.4
2.13-2.24	3.4	0.041	1943	0.996	0.026	0.049	2.252	99.5
2.24-2.38	3.4	0.038	1918	0.996	0.025	0.046	2.325	99.5
2.38-2.56	3.5	0.039	1963	0.996	0.025	0.046	2.467	99.8
2.56-2.82	3.6	0.039	1936	0.996	0.024	0.046	2.659	99.9
2.82-3.23	3.6	0.043	1945	0.994	0.027	0.051	3.401	99.7
3.23-4.07	3.6	0.047	1949	0.993	0.03	0.055	4.613	99.4
4.07-50	3.5	0.045	2001	0.995	0.028	0.053	5.133	98.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-2000		データ収集
HKL-2000		データスケーリング
PHENIX		精密化
PDB_EXTRACT	3.15	データ抽出
HKL-2000		データ削減
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3KS3

3ks3

解像度: 1.5→32.024 Å / SU ML: 0.15 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 18.2 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.1733	1902	5 %	random selection
R_work	0.1553	36123	-	-
obs	0.1563	38025	97.87 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 82.08 Å² / B_iso mean: 24.1905 Å² / B_iso min: 12.65 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.5→32.024 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2049	0	38	285	2372
B_iso mean	-	-	41.19	34.69	-
残基数	-	-	-	-	257

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	2187
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.324	2974
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.048	313
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	382
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.435	802

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.5-1.5355	0.2722	117	0.2262	2481	X-RAY DIFFRACTION	95
1.5355-1.577	0.2347	141	0.2046	2523	X-RAY DIFFRACTION	97
1.577-1.6234	0.2605	136	0.2128	2551	X-RAY DIFFRACTION	96
1.6234-1.6758	0.1989	132	0.187	2504	X-RAY DIFFRACTION	96
1.6758-1.7357	0.1848	142	0.1574	2496	X-RAY DIFFRACTION	95
1.7357-1.8052	0.2104	123	0.1576	2536	X-RAY DIFFRACTION	96
1.8052-1.8874	0.1933	145	0.1531	2566	X-RAY DIFFRACTION	98
1.8874-1.9869	0.1804	130	0.1526	2592	X-RAY DIFFRACTION	99
1.9869-2.1113	0.1846	135	0.1461	2650	X-RAY DIFFRACTION	99
2.1113-2.2743	0.1717	139	0.1517	2591	X-RAY DIFFRACTION	99
2.2743-2.5031	0.156	138	0.15	2638	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5031-2.8651	0.1715	140	0.1613	2637	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8651-3.609	0.1661	143	0.1493	2662	X-RAY DIFFRACTION	100
3.609-4	0.1556	141	0.146	2696	X-RAY DIFFRACTION	98

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: -9.3397 Å / Origin y: -1.7058 Å / Origin z: 15.9139 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.1462 Å²	-0.0057 Å²	-0.0006 Å²	-	0.1432 Å²	0.0015 Å²	-	-	0.1478 Å²
L	0.6717 °²	-0.14 °²	-0.0443 °²	-	0.6664 °²	0.002 °²	-	-	0.6997 °²
S	-0.0126 Å °	-0.0198 Å °	0.0141 Å °	-0.0642 Å °	0.0115 Å °	0.0052 Å °	0.0013 Å °	0.0079 Å °	0 Å °

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	all	A	4 - 261
2	X-RAY DIFFRACTION	1	all	B	262
3	X-RAY DIFFRACTION	1	all	C	1 - 127
4	X-RAY DIFFRACTION	1	all	C	130 - 182
5	X-RAY DIFFRACTION	1	all	C	183 - 189
6	X-RAY DIFFRACTION	1	all	C	192 - 282
7	X-RAY DIFFRACTION	1	all	D	1
8	X-RAY DIFFRACTION	1	all	E	400

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