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- PDB-4zwn: Crystal Structure of a Soluble Variant of the Monoglyceride Lipas... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4zwn
タイトルCrystal Structure of a Soluble Variant of the Monoglyceride Lipase from Saccharomyces Cerevisiae
要素Monoglyceride lipase
キーワードHYDROLASE / Monoglyceride Lipase / Monoacylglycerol Lipase / Serine Hydrolase / Alpha/Beta Hydrolase
機能・相同性
機能・相同性情報


Acyl chain remodeling of DAG and TAG / Arachidonate production from DAG / acylglycerol lipase / triglyceride catabolic process / monoacylglycerol lipase activity / serine hydrolase activity / triglyceride metabolic process / lipid droplet / cell periphery / mitochondrial outer membrane ...Acyl chain remodeling of DAG and TAG / Arachidonate production from DAG / acylglycerol lipase / triglyceride catabolic process / monoacylglycerol lipase activity / serine hydrolase activity / triglyceride metabolic process / lipid droplet / cell periphery / mitochondrial outer membrane / endoplasmic reticulum / mitochondrion / membrane / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / Serine aminopeptidase, S33 / Serine aminopeptidase, S33 / Alpha/Beta hydrolase fold, catalytic domain / Alpha/Beta hydrolase fold / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
NITRATE ION / Monoglyceride lipase
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.491 Å
データ登録者Aschauer, P. / Rengachari, S. / Gruber, K. / Oberer, M.
資金援助 オーストリア, 2件
組織認可番号国
Austrian Science FundP24857 オーストリア
DK Molecular EnzymologyW901-B12 オーストリア
引用ジャーナル: Biochim.Biophys.Acta / 年: 2016
タイトル: Crystal structure of the Saccharomyces cerevisiae monoglyceride lipase Yju3p.
著者: Aschauer, P. / Rengachari, S. / Lichtenegger, J. / Schittmayer, M. / Das, K.M. / Mayer, N. / Breinbauer, R. / Birner-Gruenberger, R. / Gruber, C.C. / Zimmermann, R. / Gruber, K. / Oberer, M.
履歴
登録2015年5月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年4月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年5月25日Group: Database references
改定 1.22017年9月6日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32024年5月8日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Monoglyceride lipase
B: Monoglyceride lipase
C: Monoglyceride lipase
D: Monoglyceride lipase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)152,4378
ポリマ－152,1604
非ポリマー2774
水7,350408
1
A: Monoglyceride lipase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,1022
ポリマ－38,0401
非ポリマー621
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Monoglyceride lipase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,1362
ポリマ－38,0401
非ポリマー961
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: Monoglyceride lipase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,1362
ポリマ－38,0401
非ポリマー961
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: Monoglyceride lipase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,0632
ポリマ－38,0401
非ポリマー231
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)77.196, 108.566, 167.667
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

-
要素

#1: タンパク質
Monoglyceride lipase / MGL / Monoacylglycerol hydrolase / MGH / Monoacylglycerol lipase / MAGL / Serine hydrolase YJU3


分子量: 38040.082 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP residues 2-313 / 変異: Q264R, L175S / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: YJU3, YKL094W, YKL441 / プラスミド: pPRoEx Htb / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P28321, acylglycerol lipase
#2: 化合物 ChemComp-NO3 / NITRATE ION


分子量: 62.005 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: NO3
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 408 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.48 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.5 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.7
詳細: 0.1 M Bicine/Trizma base pH 8.7, 10% w/v PEG 20 000, 20% v/v PEG MME 550 and 0.03 M sodium nitrate, 0.03 M disodium hydrogen phosphate, 0.03 M ammonium sulphate. Microseeding

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.9999 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2012年8月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9999 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.49→45.27 Å / Num. obs: 49134 / % possible obs: 98.4 % / 冗長度: 8.9 % / Biso Wilson estimate: 39.25 Å2 / CC1/2: 0.991 / Rmerge(I) obs: 0.198 / Rpim(I) all: 0.07 / Net I/σ(I): 10.5 / Num. measured all: 439569 / Scaling rejects: 10
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allCC1/2Rpim(I) all% possible all
2.49-2.578.51.4981.73535541470.490.53691.6
9.96-45.2780.06130.865198130.9960.02294.6

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
Aimless0.1.29データスケーリング
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
Auto-Rickshaw位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.491→45.27 Å / SU ML: 0.29 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 23.28 / 立体化学のターゲット値: ML
詳細: The authors performed MAD experiment with Potassium tetra nitro Platinate as heavy atom complex using the wavelengths 1.07155(peak), 1.07182(inflection) and 1.06878(remote). The data was ...詳細: The authors performed MAD experiment with Potassium tetra nitro Platinate as heavy atom complex using the wavelengths 1.07155(peak), 1.07182(inflection) and 1.06878(remote). The data was uploaded to the autorickshaw server (http://www.embl-hamburg.de/Auto-Rickshaw/) and then used the biggest fragment with the best e-density fit of the resulting model to do Molecular replacement into a nativ data set with higher resolution. After this, the model building process was done manually using phenix.autobuild. The data in the session are for the native data set. So the phasing method was a mixture of MR and MAD.
Rfactor反射数%反射
Rfree0.224 2498 5.09 %
Rwork0.1883 --
obs0.1901 49067 98.1 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.491→45.27 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9909 0 15 408 10332
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00510192
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.77113758
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.9583781
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.041415
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0031792
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.4915-2.53940.33691310.27822229X-RAY DIFFRACTION87
2.5394-2.59120.32311290.2612587X-RAY DIFFRACTION98
2.5912-2.64750.31151490.25332564X-RAY DIFFRACTION99
2.6475-2.70910.26821390.24312557X-RAY DIFFRACTION99
2.7091-2.77690.31781310.24952589X-RAY DIFFRACTION99
2.7769-2.85190.26371520.24122571X-RAY DIFFRACTION99
2.8519-2.93580.28731390.23752562X-RAY DIFFRACTION99
2.9358-3.03060.30971300.23622591X-RAY DIFFRACTION99
3.0306-3.13890.23891310.21862584X-RAY DIFFRACTION99
3.1389-3.26450.27981370.21392604X-RAY DIFFRACTION99
3.2645-3.4130.2481340.20662613X-RAY DIFFRACTION99
3.413-3.59290.23641340.19792609X-RAY DIFFRACTION99
3.5929-3.81790.20061390.18262636X-RAY DIFFRACTION99
3.8179-4.11250.18361570.16442591X-RAY DIFFRACTION99
4.1125-4.5260.18011300.14372661X-RAY DIFFRACTION99
4.526-5.18010.17861560.14092627X-RAY DIFFRACTION99
5.1801-6.52330.17821440.15842687X-RAY DIFFRACTION99
6.5233-45.27760.17451360.14872707X-RAY DIFFRACTION95

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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