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- PDB-4zwg: Crystal structure of the GTP-dATP-bound catalytic core of SAMHD1 ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4zwg
タイトルCrystal structure of the GTP-dATP-bound catalytic core of SAMHD1 phosphomimetic T592E mutant
要素Deoxynucleoside triphosphate triphosphohydrolase SAMHD1
キーワードHYDROLASE / Phosphorylation / Tetramer stability / dNTPase / HIV-1 Restriction
機能・相同性
機能・相同性情報


Nucleotide catabolism / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 三リン酸モノエステル加水分解酵素 / deoxynucleoside triphosphate hydrolase activity / dGTP binding / dATP catabolic process / dGTPase activity / deoxyribonucleotide catabolic process / tetraspanin-enriched microdomain / dGTP catabolic process / DNA strand resection involved in replication fork processing ...Nucleotide catabolism / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 三リン酸モノエステル加水分解酵素 / deoxynucleoside triphosphate hydrolase activity / dGTP binding / dATP catabolic process / dGTPase activity / deoxyribonucleotide catabolic process / tetraspanin-enriched microdomain / dGTP catabolic process / DNA strand resection involved in replication fork processing / negative regulation of type I interferon-mediated signaling pathway / regulation of innate immune response / somatic hypermutation of immunoglobulin genes / RNA nuclease activity / double-strand break repair via homologous recombination / Interferon alpha/beta signaling / single-stranded DNA binding / site of double-strand break / protein homotetramerization / defense response to virus / nucleic acid binding / immune response / innate immune response / DNA damage response / GTP binding / RNA binding / zinc ion binding / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Hypothetical protein af1432 / : / Hypothetical protein af1432 / HD domain profile. / HD domain / HD domain / SAM domain (Sterile alpha motif) / SAM domain profile. / Metal dependent phosphohydrolases with conserved 'HD' motif. / Sterile alpha motif. ...Hypothetical protein af1432 / : / Hypothetical protein af1432 / HD domain profile. / HD domain / HD domain / SAM domain (Sterile alpha motif) / SAM domain profile. / Metal dependent phosphohydrolases with conserved 'HD' motif. / Sterile alpha motif. / HD/PDEase domain / Sterile alpha motif domain / Sterile alpha motif/pointed domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
2'-DEOXYADENOSINE 5'-TRIPHOSPHATE / GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / Deoxynucleoside triphosphate triphosphohydrolase SAMHD1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Tang, C. / Ji, X. / Xiong, Y.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)AI102778 米国
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2015
タイトル: Impaired dNTPase Activity of SAMHD1 by Phosphomimetic Mutation of Thr-592.
著者: Tang, C. / Ji, X. / Wu, L. / Xiong, Y.
履歴
登録2015年5月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年9月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年11月11日Group: Database references
改定 1.22017年9月20日Group: Author supporting evidence / Database references / Derived calculations
カテゴリ: citation / pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list
Item: _citation.journal_id_CSD / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.32019年12月11日Group: Advisory / Author supporting evidence ...Advisory / Author supporting evidence / Database references / Derived calculations
カテゴリ: pdbx_audit_support / pdbx_validate_close_contact ...pdbx_audit_support / pdbx_validate_close_contact / struct_conn / struct_conn_type / struct_ref_seq_dif
Item: _pdbx_audit_support.funding_organization / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42023年9月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Deoxynucleoside triphosphate triphosphohydrolase SAMHD1
B: Deoxynucleoside triphosphate triphosphohydrolase SAMHD1
C: Deoxynucleoside triphosphate triphosphohydrolase SAMHD1
D: Deoxynucleoside triphosphate triphosphohydrolase SAMHD1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)244,64820
ポリマ－238,5294
非ポリマー6,11916
水3,711206
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area26790 Å2
ΔGint-48 kcal/mol
Surface area64710 Å2
手法PISA
2
A: Deoxynucleoside triphosphate triphosphohydrolase SAMHD1
D: Deoxynucleoside triphosphate triphosphohydrolase SAMHD1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)122,34811
ポリマ－119,2642
非ポリマー3,0849
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8570 Å2
ΔGint-29 kcal/mol
Surface area37070 Å2
手法PISA
3
B: Deoxynucleoside triphosphate triphosphohydrolase SAMHD1
C: Deoxynucleoside triphosphate triphosphohydrolase SAMHD1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)122,3009
ポリマ－119,2642
非ポリマー3,0357
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8720 Å2
ΔGint-28 kcal/mol
Surface area37140 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)79.720, 136.970, 95.843
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 113.960, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12A
22C
13A
23D
14B
24C
15B
25D
16C
26D

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Refine code: _

Dom-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11THRTHRPROPROAA114 - 5812 - 469
21THRTHRPROPROBB114 - 5812 - 469
12THRTHRLYSLYSAA114 - 5802 - 468
22THRTHRLYSLYSCC114 - 5802 - 468
13THRTHRTHRTHRAA114 - 5792 - 467
23THRTHRTHRTHRDD114 - 5792 - 467
14ASPASPLYSLYSBB113 - 5801 - 468
24ASPASPLYSLYSCC113 - 5801 - 468
15ASPASPTHRTHRBB113 - 5791 - 467
25ASPASPTHRTHRDD113 - 5791 - 467
16ASPASPTHRTHRCC113 - 5791 - 467
26ASPASPTHRTHRDD113 - 5791 - 467

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5
6

-
要素

#1: タンパク質
Deoxynucleoside triphosphate triphosphohydrolase SAMHD1 / dNTPase / Dendritic cell-derived IFNG-induced protein / DCIP / Monocyte protein 5 / MOP-5 / SAM ...dNTPase / Dendritic cell-derived IFNG-induced protein / DCIP / Monocyte protein 5 / MOP-5 / SAM domain and HD domain-containing protein 1


分子量: 59632.188 Da / 分子数: 4 / 断片: residues 113-626 / 変異: H206R, D207N, T592E / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SAMHD1, MOP5 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q9Y3Z3, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 三リン酸モノエステル加水分解酵素
#2: 化合物
ChemComp-DTP / 2'-DEOXYADENOSINE 5'-TRIPHOSPHATE / dATP


分子量: 491.182 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O12P3
#3: 化合物
ChemComp-GTP / GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / GTP


分子量: 523.180 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O14P3 / コメント: GTP, エネルギー貯蔵分子*YM
#4: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 206 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.02 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.14 %
結晶化温度: 298 K / 手法: batch mode / pH: 7.4 / 詳細: SPG buffer, PEG 1500

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年6月7日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→50 Å / Num. obs: 82062 / % possible obs: 98.4 % / 冗長度: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 0.174 / Rpim(I) all: 0.119 / Rrim(I) all: 0.188 / Χ2: 1.2 / Net I/av σ(I): 8.375 / Net I/σ(I): 5.2 / Num. measured all: 277496
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Num. unique allCC1/2Rpim(I) allΧ2% possible allRmerge(I) obsRrim(I) all
2.3-2.343.240720.2220.7111.15697.6
2.34-2.383.540580.3450.6641.1498.9
2.38-2.433.541550.3280.6171.13799.30.99
2.43-2.483.441210.3890.5871.172990.939
2.48-2.533.441260.4880.511.17990.8140.963
2.53-2.593.441250.4930.4831.17499.10.7680.91
2.59-2.663.340990.5620.4381.18898.50.6890.819
2.66-2.733.340430.640.3771.18997.80.5870.7
2.73-2.81339980.6790.3461.19996.40.5130.622
2.81-2.93.340720.7730.2831.20998.10.4430.528
2.9-33.541530.8630.2191.21499.40.3560.419
3-3.123.541510.8980.1931.2399.30.3120.368
3.12-3.263.541090.9350.1521.29198.90.2430.288
3.26-3.443.441280.9560.1191.35998.70.1870.223
3.44-3.653.239800.9650.11.50495.90.1530.184
3.65-3.933.440850.9230.0971.09797.60.1520.181
3.93-4.333.641480.9870.0561.10199.40.0920.108
4.33-4.953.541620.9870.0511.15698.90.080.095
4.95-6.243.340840.9870.0531.15297.20.0830.099
6.24-503.441930.9960.0351.1998.20.0560.067

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データスケーリング
REFMAC5.8.0073精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
PHASER位相決定
HKL-2000データ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4BZB

4bzb


解像度: 2.3→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.943 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.917 / SU B: 21.467 / SU ML: 0.232 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.491 / ESU R Free: 0.258 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.246 4052 4.9 %RANDOM
Rwork0.205 ---
obs0.2085 77952 97.9 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 114.69 Å2 / Biso mean: 39.809 Å2 / Biso min: 11.97 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.67 Å20 Å2-1.29 Å2
2--2.73 Å20 Å2
3----0.66 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.3→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数15051 0 372 206 15629
Biso mean--40.93 33.9 -
残基数----1840
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.01915818
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0070.0214936
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6251.98521426
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.374334372
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.51651836
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.56623.827784
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.457152793
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.23315112
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0870.22247
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.02117522
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0060.023762
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.4643.3217365
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.4633.327364
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.8594.9659191
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11A287150.11
12B287150.11
21A283960.12
22C283960.12
31A278340.12
32D278340.12
41B287460.11
42C287460.11
51B281940.11
52D281940.11
61C283010.11
62D283010.11
LS精密化 シェル解像度: 2.296→2.356 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.34 293 -
Rwork0.319 5405 -
all-5698 -
obs--92.08 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.0895-0.0115-0.11060.13040.12070.2552-0.0281-0.03950.00250.01750.0202-0.02080.06480.07410.00790.02310.02390.00620.02670.00180.052763.9504-5.905130.237
20.2188-0.0313-0.03810.067-0.03630.1217-0.02660.0438-0.0073-0.00730.01550.00760.0297-0.06520.01120.0105-0.0182-0.00690.0376-0.00460.05726.98561.17798.1325
30.2057-0.0866-0.07750.09160.0670.3174-0.01110.04040.0552-0.01280.00230.0092-0.0170.06410.00880.012-0.015-0.00310.03460.01550.056659.12315.871797.262
40.1313-0.103-0.03950.15320.050.1678-0.0028-0.00660.02490.0219-0.00780.02590.0188-0.02180.01060.0065-0.00510.01260.0069-0.00380.063232.44748.4877137.9658
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A114 - 900
2X-RAY DIFFRACTION2B113 - 900
3X-RAY DIFFRACTION3C113 - 900
4X-RAY DIFFRACTION4D113 - 900

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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