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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4zw6 | ||||||
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タイトル | X-ray crystal structure of PfA-M1 in complex with hydroxamic acid-based inhibitor 9q | ||||||
![]() | M1 family aminopeptidase | ||||||
![]() | HYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / M1 ALANYL-AMINOPEPTIDASE / PROTEASE / INHIBITOR / HYDROXAMIC ACID / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR complex | ||||||
機能・相同性 | ![]() symbiont-containing vacuole membrane / vacuolar lumen / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; アミノペプチターゼ / food vacuole / dipeptidase activity / metalloaminopeptidase activity / aminopeptidase activity / chloroplast / proteolysis / zinc ion binding ...symbiont-containing vacuole membrane / vacuolar lumen / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; アミノペプチターゼ / food vacuole / dipeptidase activity / metalloaminopeptidase activity / aminopeptidase activity / chloroplast / proteolysis / zinc ion binding / membrane / nucleus / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Drinkwater, N. / McGowan, S. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Potent dual inhibitors of Plasmodium falciparum M1 and M17 aminopeptidases through optimization of S1 pocket interactions. 著者: Drinkwater, N. / Vinh, N.B. / Mistry, S.N. / Bamert, R.S. / Ruggeri, C. / Holleran, J.P. / Loganathan, S. / Paiardini, A. / Charman, S.A. / Powell, A.K. / Avery, V.M. / McGowan, S. / Scammells, P.J. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 419.4 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 337.3 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 728.8 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 733.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 40.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 63.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 4zw3C ![]() 4zw5C ![]() 4zw7C ![]() 4zw8C ![]() 4zx3C ![]() 4zx4C ![]() 4zx5C ![]() 4zx6C ![]() 4zx8C ![]() 4zx9C ![]() 4zy0C ![]() 4zy1C ![]() 4zy2C ![]() 4zyqC ![]() 3ebgS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
-タンパク質 , 1種, 1分子 A
#1: タンパク質 | 分子量: 103760.719 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 195 to 1084 / 変異: N213Q, N223Q, H378P, N501Q, N795Q, N1069Q / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 株: isolate FcB1 / Columbia / プラスミド: PTRCHIS-2B / 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: O96935, 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; アミノペプチターゼ |
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-非ポリマー , 7種, 849分子 ![](data/chem/img/4SY.gif)
![](data/chem/img/ZN.gif)
![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/DMS.gif)
![](data/chem/img/PO4.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/ZN.gif)
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![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/DMS.gif)
![](data/chem/img/PO4.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: 化合物 | ChemComp-4SY / | ||||||||
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#3: 化合物 | ChemComp-ZN / | ||||||||
#4: 化合物 | #5: 化合物 | #6: 化合物 | ChemComp-DMS / #7: 化合物 | #8: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.35 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.6 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 22% (v/v) PEG 8000, 10% (v/v) glycerol, 0.1 M Tris pH 8.5, 0.2 M MgCl2 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 210r / 検出器: CCD / 日付: 2014年8月14日 | |||||||||||||||||||||||||||
放射 | モノクロメーター: DOUBLE CRYSTAL SILICON 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.9537 Å / 相対比: 1 | |||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 1.9→33.32 Å / Num. obs: 77575 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 7.2 % / Biso Wilson estimate: 22.49 Å2 / CC1/2: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.17 / Rpim(I) all: 0.068 / Net I/σ(I): 8.8 / Num. measured all: 557880 / Scaling rejects: 32 | |||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1 / Rejects: _
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 3EBG 解像度: 1.9→33.32 Å / FOM work R set: 0.8576 / SU ML: 0.22 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 21.25 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 89.25 Å2 / Biso mean: 27.78 Å2 / Biso min: 10.13 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.9→33.32 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 28 / % reflection obs: 100 %
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精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: 92.6185 Å / Origin y: 113.3785 Å / Origin z: 128.8723 Å
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精密化 TLSグループ |
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