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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4zw0 | ||||||
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タイトル | Crystal structure of beta-Hydroxyacyl-acyl carrier protein dehydratase (FabZ) from Candidatus asiaticum | ||||||
要素 | 3-hydroxyacyl-[acyl-carrier-protein] dehydratase FabZ | ||||||
キーワード | LYASE / dehydratase | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 : / : / : / : / 3-hydroxyacyl-[acyl-carrier-protein] dehydratase / lipid A biosynthetic process / fatty acid biosynthetic process / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Liberibacter asiaticus | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.9 Å | ||||||
データ登録者 | Wang, S. / Gao, Z. / Jiang, L. / Dong, Y.H. | ||||||
引用 | ジャーナル: Austin J Microbiol. / 年: 2015 タイトル: Beta-Hydroxyacyl-acyl Carrier Protein Dehydratase (FabZ) from Candidatus Liberibacter Asiaticum: Protein Characterization and Structural Modeling 著者: Wang, S. / Gao, Z. / LI, Y. / Jiang, L. / Dong, Y.H. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4zw0.cif.gz | 96.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4zw0.ent.gz | 74 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4zw0.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 4zw0_validation.pdf.gz | 445 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 4zw0_full_validation.pdf.gz | 451.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | 4zw0_validation.xml.gz | 16.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 4zw0_validation.cif.gz | 22.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zw/4zw0 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zw/4zw0 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域:
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 18354.428 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Liberibacter asiaticus (strain psy62) (バクテリア) 株: psy62 / 遺伝子: fabZ, CLIBASIA_03305 / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) 参照: UniProt: C6XFU0, 3-hydroxyacyl-[acyl-carrier-protein] dehydratase #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.66 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.82 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 詳細: 2% Tacsimate pH 4.0 0.1M Sodium citrate tribasic dihydrate pH5.8 15% PEG 3350 PH範囲: 4.0-5.8 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: BSRF / ビームライン: 1W2B / 波長: 0.9792 Å |
検出器 | タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2014年6月25日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9792 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.9→50 Å / Num. obs: 14216 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 14.6 % / Rmerge(I) obs: 0.081 / Net I/σ(I): 31.75 |
反射 シェル | 解像度: 2.9→2.95 Å / 冗長度: 17.2 % / Rmerge(I) obs: 0.485 / Mean I/σ(I) obs: 7.07 / % possible all: 100 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.9→36.569 Å / SU ML: 0.38 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 24.39 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.73 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 23.176 Å2 / ksol: 0.341 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.9→36.569 Å
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拘束条件 |
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Refine LS restraints NCS |
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LS精密化 シェル |
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