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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4zvl | ||||||
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タイトル | Oxidized quinone reductase 2 in complex with acridine orange | ||||||
![]() | Ribosyldihydronicotinamide dehydrogenase [quinone] | ||||||
![]() | Oxidoreductase/Inhibitor / quinone reductase 2 / acridine orange / Oxidoreductase-Inhibitor complex | ||||||
機能・相同性 | ![]() ribosyldihydronicotinamide dehydrogenase (quinone) / dihydronicotinamide riboside quinone reductase activity / quinone catabolic process / resveratrol binding / oxidoreductase activity, acting on other nitrogenous compounds as donors / melatonin binding / NAD(P)H dehydrogenase (quinone) activity / Phase I - Functionalization of compounds / chloride ion binding / FAD binding ...ribosyldihydronicotinamide dehydrogenase (quinone) / dihydronicotinamide riboside quinone reductase activity / quinone catabolic process / resveratrol binding / oxidoreductase activity, acting on other nitrogenous compounds as donors / melatonin binding / NAD(P)H dehydrogenase (quinone) activity / Phase I - Functionalization of compounds / chloride ion binding / FAD binding / oxidoreductase activity / electron transfer activity / protein homodimerization activity / zinc ion binding / extracellular exosome / nucleoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
Model details | Metallo-flavoprotein | ||||||
![]() | Leung, K.K. / Shilton, B.H. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Binding of DNA-Intercalating Agents to Oxidized and Reduced Quinone Reductase 2. 著者: Leung, K.K. / Shilton, B.H. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 196.8 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 158.1 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.3 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.3 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 23.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 34.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 25849.338 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() #2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 化合物 | #5: 水 | ChemComp-HOH / | 配列の詳細 | The mismatch between F46 (in the deposited structure) and L47 (from UNP P16083) is due to SNP ...The mismatch between F46 (in the deposited structure) and L47 (from UNP P16083) is due to SNP rs1143684. Both forms of NQO2 are found in the population where F46 is the predominant form in the population. For your reference - 1. Megarity, C. F., Gill, J. R. E., Caraher, M. C., Stratford, I. J., Nolan, K. a, and Timson, D. J. (2014) The two common polymorphic forms of human NRH-quinone oxidoreductase 2 (NQO2) have different biochemical properties. FEBS Lett. 588, 1666-72 | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.41 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.88 % / 解説: Yellow rods |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 1.7M Ammonium sulfate, 0.1M Hepes |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: ![]() | |||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2014年10月18日 | |||||||||||||||||||||||||||
放射 | モノクロメーター: Osmic Confocol Max-Flux (CMF) graphite monochromator プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 1.54 Å / 相対比: 1 | |||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 1.89→15 Å / Num. obs: 39969 / % possible obs: 98.6 % / 冗長度: 7 % / Biso Wilson estimate: 16.6 Å2 / CC1/2: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.099 / Rpim(I) all: 0.04 / Net I/σ(I): 13.7 / Num. measured all: 279656 / Scaling rejects: 55 | |||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1 / Rejects: _
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-位相決定
位相決定 | 手法: ![]() |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 1QR2 解像度: 1.899→14.996 Å / SU ML: 0.16 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 18.43 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 93.42 Å2 / Biso mean: 22.5672 Å2 / Biso min: 5.64 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.899→14.996 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 14
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