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万見
- PDB-4zv3: Crystal structure of the N- and C-terminal domains of mouse acyl-... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4zv3
タイトルCrystal structure of the N- and C-terminal domains of mouse acyl-CoA thioesterase 7
要素Cytosolic acyl coenzyme A thioester hydrolase
キーワードHYDROLASE / Thioesterase / Double hotdog / Inflammation
機能・相同性
機能・相同性情報


palmitoyl-CoA hydrolase / long-chain fatty acyl-CoA hydrolase activity / Mitochondrial Fatty Acid Beta-Oxidation / fatty acid catabolic process / carboxylic ester hydrolase activity / neuron projection / mitochondrial matrix / neuronal cell body / identical protein binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Hotdog acyl-CoA thioesterase (ACOT)-type domain / Cytosolic acyl coenzyme A thioester hydrolase / Hotdog acyl-CoA thioesterase (ACOT)-type domain profile. / Thioesterase domain / Thioesterase superfamily / Hotdog Thioesterase / Thiol Ester Dehydrase; Chain A / HotDog domain superfamily / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
COENZYME A / Cytosolic acyl coenzyme A thioester hydrolase
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.1 Å
データ登録者Swarbrick, C.M.D. / Forwood, J.K.
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of the N- and C-terminal domains of mouse acyl-CoA thioesterase 7
著者: Swarbrick, C.M.D. / Forwood, J.K.
履歴
登録2015年5月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年6月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年9月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Source and taxonomy
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_source / entity_src_gen / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_prerelease_seq / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_assembly_prop / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_assembly_prop.type / _pdbx_struct_assembly_prop.value / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cytosolic acyl coenzyme A thioester hydrolase
B: Cytosolic acyl coenzyme A thioester hydrolase
C: Cytosolic acyl coenzyme A thioester hydrolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)108,5556
ポリマ－106,2533
非ポリマー2,3033
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area10440 Å2
ΔGint-38 kcal/mol
Surface area38800 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)66.847, 106.924, 79.864
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 112.32, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Cytosolic acyl coenzyme A thioester hydrolase / Acyl-CoA thioesterase 7 / Brain acyl-CoA hydrolase / BACH / CTE-IIa / CTE-II / Long chain acyl-CoA ...Acyl-CoA thioesterase 7 / Brain acyl-CoA hydrolase / BACH / CTE-IIa / CTE-II / Long chain acyl-CoA thioester hydrolase


分子量: 35417.508 Da / 分子数: 3 / 断片: unp residues 55-369 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Acot7, Bach / プラスミド: pMCSG21 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 DE3 pLySs / 参照: UniProt: Q91V12, palmitoyl-CoA hydrolase
#2: 化合物 ChemComp-COA / COENZYME A / CoA


分子量: 767.534 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H36N7O16P3S

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.58 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.39 %
結晶化温度: 296 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 200 mM sodium citrate, 12% PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.9537 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2014年8月13日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.1→34.91 Å / Num. obs: 18941 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 0.157 / Net I/σ(I): 5.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0073精密化
PHASER位相決定
Aimlessデータスケーリング
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2Q2B, 2V1O

2q2b

2v1o


解像度: 3.1→32.1 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.911 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.872 / SU B: 0.015 / SU ML: 0 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.479 / ESU R Free: 0.589 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.29609 967 5.1 %RANDOM
Rwork0.24108 ---
obs0.24408 17973 99.84 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 82.907 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.03 Å20 Å20.01 Å2
2---0.02 Å20 Å2
3---0.04 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.1→32.1 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6987 0 144 0 7131
LS精密化 シェル解像度: 3.1→3.18 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.409 56 -
Rwork0.346 1356 -
obs--100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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