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- PDB-4zuy: Structure of Tsi6 from Pseudomonas aeruginosa -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4zuy
タイトルStructure of Tsi6 from Pseudomonas aeruginosa
要素Tsi6
キーワードPROTEIN BINDING / 4-helix bundle / bacterial type VI secretion immunity protein / Tse6 immunity protein
機能・相同性Tsi6 / Tsi6 / protein secretion by the type VI secretion system / toxin sequestering activity / Immune protein Tsi6
機能・相同性情報
生物種Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.952 Å
データ登録者Whitney, J.C. / Sawai, S. / Robinson, H. / Mougous, J.D.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)AI080609 米国
Defense Threat Reduction Agency (DTRA)HDTRA-1-13-014 米国
引用ジャーナル: Cell / 年: 2015
タイトル: An interbacterial NAD(P)(+) glycohydrolase toxin requires elongation factor Tu for delivery to target cells.
著者: John C Whitney / Dennis Quentin / Shin Sawai / Michele LeRoux / Brittany N Harding / Hannah E Ledvina / Bao Q Tran / Howard Robinson / Young Ah Goo / David R Goodlett / Stefan Raunser / Joseph D Mougous /
要旨: Type VI secretion (T6S) influences the composition of microbial communities by catalyzing the delivery of toxins between adjacent bacterial cells. Here, we demonstrate that a T6S integral membrane ...Type VI secretion (T6S) influences the composition of microbial communities by catalyzing the delivery of toxins between adjacent bacterial cells. Here, we demonstrate that a T6S integral membrane toxin from Pseudomonas aeruginosa, Tse6, acts on target cells by degrading the universally essential dinucleotides NAD(+) and NADP(+). Structural analyses of Tse6 show that it resembles mono-ADP-ribosyltransferase proteins, such as diphtheria toxin, with the exception of a unique loop that both excludes proteinaceous ADP-ribose acceptors and contributes to hydrolysis. We find that entry of Tse6 into target cells requires its binding to an essential housekeeping protein, translation elongation factor Tu (EF-Tu). These proteins participate in a larger assembly that additionally directs toxin export and provides chaperone activity. Visualization of this complex by electron microscopy defines the architecture of a toxin-loaded T6S apparatus and provides mechanistic insight into intercellular membrane protein delivery between bacteria.
履歴
登録2015年5月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年11月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年9月20日Group: Author supporting evidence / Derived calculations / カテゴリ: pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list
Item: _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.22019年4月24日Group: Author supporting evidence / Data collection / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32019年12月11日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42024年10月23日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Tsi6
B: Tsi6
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,8946
ポリマ－23,7532
非ポリマー1424
水1,76598
1
A: Tsi6
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,9834
ポリマ－11,8761
非ポリマー1063
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Tsi6
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,9122
ポリマ－11,8761
非ポリマー351
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2280 Å2
ΔGint-47 kcal/mol
Surface area10210 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)54.511, 100.956, 93.098
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

#1: タンパク質 Tsi6


分子量: 11876.306 Da / 分子数: 2 / 変異: I37M / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (strain ATCC 15692 / PAO1 / 1C / PRS 101 / LMG 12228) (緑膿菌)
株: ATCC 15692 / PAO1 / 1C / PRS 101 / LMG 12228 / 遺伝子: PA0092 / プラスミド: pET29b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 pLysS / 参照: UniProt: Q9I740
#2: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 98 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.72 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.74 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.1 M imidazole:HCl pH 8.0, 2.5 M NaCl

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X29A / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2014年4月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.95→47.98 Å / Num. obs: 19003 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 15 % / Rmerge(I) obs: 0.097 / Net I/σ(I): 26
反射 シェル解像度: 1.95→2.02 Å / Rmerge(I) obs: 0.687

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.8.4_1496精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
SHELXDE位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.952→47.966 Å / SU ML: 0.22 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / 位相誤差: 24.29 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2356 1869 9.96 %
Rwork0.1918 --
obs0.196 18765 98.47 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.952→47.966 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1451 0 4 98 1553
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0071472
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9331991
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.241565
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.038233
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004253
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.9521-2.00490.26621280.24771167X-RAY DIFFRACTION91
2.0049-2.06390.26591410.21861295X-RAY DIFFRACTION98
2.0639-2.13050.26271360.2061263X-RAY DIFFRACTION98
2.1305-2.20670.24241500.20261287X-RAY DIFFRACTION98
2.2067-2.2950.23141380.20061297X-RAY DIFFRACTION99
2.295-2.39950.2591450.20011290X-RAY DIFFRACTION99
2.3995-2.5260.23581450.19761288X-RAY DIFFRACTION100
2.526-2.68420.30041440.19921309X-RAY DIFFRACTION100
2.6842-2.89140.27621420.20831317X-RAY DIFFRACTION100
2.8914-3.18240.28991500.22121329X-RAY DIFFRACTION100
3.1824-3.64270.24431440.20051317X-RAY DIFFRACTION99
3.6427-4.58890.19251480.16311327X-RAY DIFFRACTION98
4.5889-47.980.21151580.18111410X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.76510.01580.52354.9425-1.98054.53160.1949-0.65330.14260.6243-0.0920.5776-0.2869-0.5104-0.08390.4574-0.00880.10420.4285-0.04670.3159-13.7942-13.402313.6926
23.89921.3044-1.04173.1032-1.06554.2259-0.5065-0.52410.0103-0.1002-0.0825-0.84650.30990.01470.56740.39150.0585-0.04210.49310.0410.5002-4.665-16.574511.618
38.8904-3.39643.1122.8402-0.54725.1035-0.0718-1.08820.6009-0.6085-0.1369-1.3209-0.629-0.5102-0.17730.9637-0.2122-0.0110.62130.11580.54931.493-3.48232.0746
49.5612-1.44881.70012.02174.08183.9692-0.21720.8941-1.11470.3409-0.0976-1.33520.14931.0870.12870.2989-0.0022-0.00660.5798-0.05560.3433-0.3662-15.98770.0144
53.35311.10840.94454.15920.91946.5359-0.2398-0.2146-0.29140.05120.31990.33830.2668-0.4292-0.0090.27960.03670.06560.31850.02140.3481-13.3927-18.28894.137
64.7331-5.9794-0.66387.41030.81370.5735-0.06310.6602-0.1614-0.1419-0.51690.90.5891-0.7312-0.51450.5311-0.09120.03780.3803-0.10980.6333-20.14997.00340.0664
72.89420.4103-0.32042.6344-0.23190.7677-0.12670.30620.117-0.25640.06010.163-0.0968-0.09060.09280.3779-0.0292-0.00130.3896-0.04460.3659-13.7197-20.0403-15.994
82.13430.31131.20130.6411-0.66812.00140.2309-0.92460.27430.86580.16120.3366-0.6564-0.00170.15320.3885-0.0593-0.03760.44590.01180.7218-20.1167-32.6585-4.8256
94.6272-1.66222.11937.903-0.42144.8356-0.09930.1345-0.1729-0.02230.11140.15-0.27570.1048-0.06610.285-0.02670.00150.2696-0.06380.2817-10.146-16.4939-7.5662
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 1 through 20 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 21 through 42 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 43 through 48 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 49 through 55 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 56 through 88 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 89 through 96 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 1 through 42 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 43 through 50 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 51 through 86 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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