PDB-4zum: Crystal structure of acetylpolyamine amidohydrolase from Mycoplan...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4zum

タイトル

Crystal structure of acetylpolyamine amidohydrolase from Mycoplana ramosa in complex with a trifluoromethylketone inhibitor

要素

Acetylpolyamine aminohydrolase

キーワード

Hydrolase/Hydrolase inhibitor / acetylpolyamine amidohydrolase / arginase fold / enzyme-inhibitor complex / polyamine / Hydrolase-Hydrolase inhibitor complex

機能・相同性

機能・相同性情報

acetylspermidine deacetylase / acetylspermidine deacetylase activity / acetylputrescine deacetylase / acetylputrescine deacetylase activity / 加水分解酵素; ペプチド以外のCN結合加水分解酵素; 鎖状アミドに作用 / histone deacetylase activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Mycoplana ramosa (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.42 Å

データ登録者

Decroos, C. / Christianson, D.W.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Biochemistry / 年: 2015
タイトル: Design, Synthesis, and Evaluation of Polyamine Deacetylase Inhibitors, and High-Resolution Crystal Structures of Their Complexes with Acetylpolyamine Amidohydrolase.
著者: Decroos, C. / Christianson, D.W.

履歴

登録	2015年5月17日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2015年7月29日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2015年8月5日	Group: Database references
改定 1.2	2015年8月12日	Group: Database references
改定 1.3	2017年9月13日	Group: Author supporting evidence / Database references / Derived calculations カテゴリ: citation / pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list Item: _citation.journal_id_CSD / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.4	2019年12月25日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.5	2023年9月27日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4zum.cif.gz	302.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4zum.ent.gz	243.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4zum.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	4zum_validation.pdf.gz	850.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4zum_full_validation.pdf.gz	852.8 KB	表示
XML形式データ	4zum_validation.xml.gz	35.2 KB	表示
CIF形式データ	4zum_validation.cif.gz	56.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zu/4zum ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zu/4zum	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	4zunC 4zuoC 4zupC 4zuqC 4zurC 3q9bS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4zuo-d 4zup-d 6pic-1 3q9f-4 3q9e-5 6pic-4 3q9c-1 6pht-2 3q9c-6 3q9f-6 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Acetylpolyamine aminohydrolase

B: Acetylpolyamine aminohydrolase

ヘテロ分子

73.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	45.119, 121.351, 64.295
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 96.76, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質	Acetylpolyamine aminohydrolase 分子量: 36369.992 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mycoplana ramosa (バクテリア) / 遺伝子: aphA, aph / プラスミド: pET-21b / 発現宿主: Escherichia coli / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: Q48935

-
非ポリマー , 7種, 947分子

#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物	ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン分子量: 39.098 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#4: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#5: 化合物	ChemComp-FKS / 7-[(3-aminopropyl)amino]-1,1,1-trifluoroheptane-2,2-diol 分子量: 258.281 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₂₁F₃N₂O₂
#6: 化合物	ChemComp-NO3 / NITRATE ION 分子量: 62.005 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: NO₃
#7: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#8: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 933 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.4 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.81 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8 / 詳細: 0.2 M LiNO3, 20% (w/v) PEG 3,350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X29A / 波長: 1.075 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2013年10月23日
放射	モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.075 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.42→38.9 Å / Num. obs: 128460 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 5 % / R_merge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 20.4
反射シェル	解像度: 1.42→1.47 Å / 冗長度: 4.8 % / R_merge(I) obs: 0.328 / Mean I/σ(I) obs: 4.8 / % possible all: 99.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	dev_1833	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3Q9B

3q9b

解像度: 1.42→38.893 Å / SU ML: 0.11 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 13.36 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1531	6458	5.03 %
R_work	0.1329	-	-
obs	0.1339	128411	99.63 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.42→38.893 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5132	0	68	933	6133

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.009	5792
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.341	7922
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.406	2089
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.088	831
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	1072

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.4204-1.4365	0.2187	179	0.1822	3776	X-RAY DIFFRACTION	93
1.4365-1.4534	0.1882	212	0.1677	4151	X-RAY DIFFRACTION	100
1.4534-1.4712	0.1825	194	0.1648	4012	X-RAY DIFFRACTION	100
1.4712-1.4898	0.1954	225	0.1571	4055	X-RAY DIFFRACTION	100
1.4898-1.5094	0.1763	210	0.1433	4081	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5094-1.5301	0.1635	233	0.1328	4010	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5301-1.5519	0.1408	210	0.1287	4080	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5519-1.5751	0.1617	219	0.1296	4064	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5751-1.5997	0.1541	224	0.1254	4080	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5997-1.6259	0.1393	211	0.1286	4017	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6259-1.654	0.1543	222	0.1227	4105	X-RAY DIFFRACTION	100
1.654-1.684	0.154	227	0.1243	4073	X-RAY DIFFRACTION	100
1.684-1.7164	0.1547	239	0.1224	4004	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7164-1.7515	0.1404	198	0.1333	4104	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7515-1.7896	0.1464	223	0.1321	4060	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7896-1.8312	0.1611	212	0.1327	4046	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8312-1.877	0.1483	211	0.1299	4115	X-RAY DIFFRACTION	100
1.877-1.9277	0.1424	217	0.1332	4034	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9277-1.9845	0.161	199	0.1349	4102	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9845-2.0485	0.1403	221	0.1355	4104	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0485-2.1217	0.1726	223	0.1341	4045	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1217-2.2067	0.1586	217	0.1295	4037	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2067-2.3071	0.1464	227	0.1317	4091	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3071-2.4287	0.1618	220	0.1386	4061	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4287-2.5808	0.1775	209	0.138	4104	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5808-2.78	0.1563	237	0.1328	4057	X-RAY DIFFRACTION	100
2.78-3.0597	0.1478	216	0.1354	4109	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0597-3.5022	0.1386	207	0.1284	4106	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5022-4.4114	0.1398	213	0.1196	4108	X-RAY DIFFRACTION	100
4.4114-38.9071	0.1347	203	0.1324	4162	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.3897	-0.0576	-0.1099	2.9903	-1.374	1.51	0.0258	-0.046	0.0212	0.0225	-0.102	-0.1602	-0.0504	0.1441	0.0869	0.0443	-0.0144	-0.0022	0.1	0.0066	0.0887	-4.3662	17.208	-26.1737
2	0.3926	0.1291	-0.365	1.1264	-0.4922	0.9814	0.049	-0.0386	0.0483	0.1935	-0.0365	0.0259	-0.1653	0.036	-0.0116	0.1093	-0.0206	0.0068	0.0714	-0.0175	0.0829	-17.1743	23.6224	-17.6133
3	1.7109	0.9315	-0.1938	1.2936	-0.3748	0.5883	0.0544	-0.0595	-0.0316	0.1315	-0.0307	-0.0477	-0.0624	0.0741	-0.0303	0.0944	-0.0013	-0.0069	0.0743	-0.0041	0.0623	-18.1645	5.4266	-9.97
4	0.5669	0.1369	0.0097	0.719	-0.0953	0.7999	0.0324	0.0034	0.074	0.0135	-0.0147	0.0579	-0.0476	-0.018	-0.0046	0.0454	0.0086	0.0098	0.0442	0.0021	0.0535	-21.6456	16.6746	-28.3594
5	3.7087	-0.9456	-1.943	1.8041	0.5802	2.1113	0.0211	-0.0073	0.033	-0.0789	0.0156	0.0834	0.0917	-0.074	-0.0312	0.0626	-0.0101	-0.0298	0.0533	0.0064	0.0493	-27.8252	5.0131	-36.0054
6	5.6757	-2.6641	-1.0877	2.3363	0.1069	1.0205	0.0909	0.3142	0.0089	-0.21	-0.078	0.1165	0.038	-0.1892	-0.0027	0.1113	0.001	-0.0317	0.0887	0.0069	0.0704	-26.1478	11.9284	-45.4884
7	0.9232	0.0988	-0.1514	1.1132	-0.3154	1.1893	0.0095	0.044	0.0245	-0.1286	-0.0146	-0.0416	0.0229	0.057	0.0105	0.068	0.0045	0.0062	0.0542	0.0068	0.0474	-13.2606	16.2395	-41.0309
8	0.2708	0.4633	-0.3316	2.7021	-1.5794	1.415	0.0124	-0.0076	-0.0115	-0.0187	-0.0915	-0.0759	0.0421	0.1412	0.0946	0.0527	0.016	-0.0076	0.1055	0.013	0.086	-7.7041	-17.6151	-1.9167
9	0.293	-0.0208	0.1788	1.2427	-0.6542	1.3017	0.0191	0.0351	-0.0441	-0.2167	-0.0418	0.0049	0.1807	0.0474	0.027	0.1228	0.0273	-0.0098	0.0775	-0.0116	0.0775	-17.5339	-23.3893	-13.5565
10	1.405	-1.0335	0.5478	1.4782	-0.625	0.3993	0.0509	0.0537	0.0524	-0.1313	-0.059	-0.0731	0.0758	0.0851	-0.0009	0.0952	0.0063	0.0071	0.0885	0.0019	0.0644	-16.8037	-5.562	-21.2377
11	0.5841	-0.1219	-0.0469	0.7297	-0.1195	0.7586	0.0257	0.0082	-0.0585	-0.0603	-0.0047	0.0677	0.0629	-0.017	-0.0104	0.0542	-0.0034	-0.017	0.0495	0.0026	0.0529	-24.489	-16.8259	-4.2803
12	2.5393	0.7366	1.6793	1.7591	0.5175	3.0297	0.0272	0.0743	-0.0131	0.0282	0.0634	0.1367	-0.113	-0.0413	-0.0652	0.0454	0.0199	0.0193	0.051	0.0176	0.0693	-31.4748	-4.6894	2.2852
13	5.6425	3.1473	2.0059	3.1481	1.0873	1.9061	0.0857	-0.2227	0.065	0.1782	-0.0573	0.2256	-0.0565	-0.2781	-0.0079	0.0777	0.0096	0.0304	0.0856	0.0207	0.0912	-32.8916	-12.139	11.4737
14	0.5894	-0.0091	-0.0539	1.2094	-0.5063	1.126	0.022	-0.0546	-0.0318	0.106	-0.0347	-0.0194	-0.0318	0.0593	0.0109	0.0537	-0.002	-0.0034	0.0572	0.007	0.0478	-18.9351	-16.2742	10.2447

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 1 through 42 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 43 through 80 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 81 through 123 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 124 through 229 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 230 through 254 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 255 through 272 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 273 through 341 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 1 through 42 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 43 through 80 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 81 through 123 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 124 through 229 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 230 through 254 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 255 through 272 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'B' and (resid 273 through 341 )

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

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