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万見
- PDB-4zud: Crystal Structure of Human Angiotensin Receptor in Complex with I... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4zud
タイトルCrystal Structure of Human Angiotensin Receptor in Complex with Inverse Agonist Olmesartan at 2.8A resolution.
要素Chimera protein of Soluble cytochrome b562 and Type-1 angiotensin II receptor
キーワードMEMBRANE PROTEIN / human Angiotensin Receptor AT1R / BRIL / G Protein-Coupled Receptor / GPCR / GPCR network / Lipidic Cubic Phase / LCP / structural genomics / olmesartan / angiotensin receptor blocker / anti-hypertensive drug / PSI-Biology / SIGNALING PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


angiotensin type I receptor activity / positive regulation of phospholipase A2 activity / angiotensin type II receptor activity / phospholipase C-activating angiotensin-activated signaling pathway / regulation of renal sodium excretion / maintenance of blood vessel diameter homeostasis by renin-angiotensin / bradykinin receptor binding / renin-angiotensin regulation of aldosterone production / positive regulation of blood vessel endothelial cell proliferation involved in sprouting angiogenesis / positive regulation of macrophage derived foam cell differentiation ...angiotensin type I receptor activity / positive regulation of phospholipase A2 activity / angiotensin type II receptor activity / phospholipase C-activating angiotensin-activated signaling pathway / regulation of renal sodium excretion / maintenance of blood vessel diameter homeostasis by renin-angiotensin / bradykinin receptor binding / renin-angiotensin regulation of aldosterone production / positive regulation of blood vessel endothelial cell proliferation involved in sprouting angiogenesis / positive regulation of macrophage derived foam cell differentiation / positive regulation of CoA-transferase activity / low-density lipoprotein particle remodeling / regulation of systemic arterial blood pressure by renin-angiotensin / Rho protein signal transduction / regulation of vasoconstriction / positive regulation of protein metabolic process / blood vessel diameter maintenance / Peptide ligand-binding receptors / cell chemotaxis / kidney development / angiotensin-activated signaling pathway / regulation of cell growth / electron transport chain / calcium-mediated signaling / positive regulation of inflammatory response / Cargo recognition for clathrin-mediated endocytosis / positive regulation of reactive oxygen species metabolic process / Clathrin-mediated endocytosis / regulation of inflammatory response / phospholipase C-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / regulation of cell population proliferation / positive regulation of cytosolic calcium ion concentration / G alpha (q) signalling events / periplasmic space / electron transfer activity / inflammatory response / symbiont entry into host cell / iron ion binding / protein heterodimerization activity / G protein-coupled receptor signaling pathway / heme binding / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Angiotensin II receptor type 1 / Angiotensin II receptor family / : / Cytochrome b562 / Cytochrome b562 / Cytochrome c/b562 / Serpentine type 7TM GPCR chemoreceptor Srsx / G-protein coupled receptors family 1 signature. / G protein-coupled receptor, rhodopsin-like / GPCR, rhodopsin-like, 7TM ...Angiotensin II receptor type 1 / Angiotensin II receptor family / : / Cytochrome b562 / Cytochrome b562 / Cytochrome c/b562 / Serpentine type 7TM GPCR chemoreceptor Srsx / G-protein coupled receptors family 1 signature. / G protein-coupled receptor, rhodopsin-like / GPCR, rhodopsin-like, 7TM / G-protein coupled receptors family 1 profile. / 7 transmembrane receptor (rhodopsin family)
類似検索 - ドメイン・相同性
Olmesartan / Soluble cytochrome b562 / Type-1 angiotensin II receptor
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Zhang, H. / Unal, H. / Desnoyer, R. / Han, G.W. / Patel, N. / Katritch, V. / Karnik, S.S. / Cherezov, V. / Stevens, R.C. / GPCR Network (GPCR)
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)U54 GM094618 米国
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2015
タイトル: Structural Basis for Ligand Recognition and Functional Selectivity at Angiotensin Receptor.
著者: Zhang, H. / Unal, H. / Desnoyer, R. / Han, G.W. / Patel, N. / Katritch, V. / Karnik, S.S. / Cherezov, V. / Stevens, R.C.
履歴
登録2015年5月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年10月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年10月14日Group: Database references
改定 1.22015年12月16日Group: Database references
改定 1.32017年9月20日Group: Author supporting evidence / Database references / Derived calculations
カテゴリ: citation / pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list
Item: _citation.journal_id_CSD / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.42019年12月25日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.52023年9月27日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Chimera protein of Soluble cytochrome b562 and Type-1 angiotensin II receptor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,1692
ポリマ－46,7221
非ポリマー4471
水00
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)41.200, 41.200, 251.160
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number145
Space group name H-MP32
詳細Authors state that the biological unit is unknown

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要素

#1: タンパク質 Chimera protein of Soluble cytochrome b562 and Type-1 angiotensin II receptor / Cytochrome b-562 / AT1AR / AT1BR / Angiotensin II type-1 receptor / AT1 / AT1AR / AT1BR / ...Cytochrome b-562 / AT1AR / AT1BR / Angiotensin II type-1 receptor / AT1 / AT1AR / AT1BR / Angiotensin II type-1 receptor / AT1


分子量: 46722.043 Da / 分子数: 1 / 変異: M1007W, H1102I, R1106L / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌), (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
遺伝子: cybC, AGTR1, AGTR1A, AGTR1B, AT2R1, AT2R1B / プラスミド: pFASTBAC / 細胞株 (発現宿主): sf9
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
株 (発現宿主): sf9 / 参照: UniProt: P0ABE7, UniProt: P30556
#2: 化合物 ChemComp-OLM / Olmesartan / オルメサルタン


分子量: 446.502 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C24H26N6O3 / コメント: 薬剤*YM

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.9 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.54 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 脂質キュービック相法 / pH: 5
詳細: 100 mM sodium citrate, pH 5.0, 400 mM KH2PO4, 25% (v/v) PEG400, and 6% (v/v) DMSO

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-D / 波長: 1.033 Å
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年12月31日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.033 Å / 相対比: 1
Reflection twin
Crystal-IDIDOperatorDomain-IDFraction
11H, K, L10.575
11K, H, -L20.425
反射解像度: 2.8→35.68 Å / Num. obs: 11028 / % possible obs: 94 % / 冗長度: 2.36 % / Rmerge(I) obs: 0.054 / Net I/σ(I): 11.05
反射 シェル解像度: 2.8→2.87 Å / 冗長度: 2.09 % / Rmerge(I) obs: 0.758 / Mean I/σ(I) obs: 1.17 / % possible all: 85.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0103精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB 4YAY

4yay


解像度: 2.8→35.68 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.948 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.904 / SU B: 20.583 / SU ML: 0.21 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.077 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2345 555 5 %RANDOM
Rwork0.19383 ---
obs0.19588 10472 93.96 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 84.956 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-28.35 Å20 Å20 Å2
2--28.35 Å20 Å2
3----56.69 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→35.68 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2918 0 33 0 2951
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.023021
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.022941
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1331.9774123
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.9593.0026718
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.9095372
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.19324.123114
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.16515483
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg11.716159
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0590.2496
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0213342
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02687
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.5257.6151500
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.5257.6161499
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.65811.4161868
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other2.65711.4151869
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.0877.5691521
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other1.0877.5691522
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other1.89511.3332256
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined4.43161.0623512
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other4.4361.0653513
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.8→2.873 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.275 32 -
Rwork0.214 699 -
obs--85 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.0882-0.24080.322.3768-1.17851.3014-0.04160.0249-0.00360.0387-0.0445-0.1056-0.13490.03660.08610.03220.0020.01220.10810.01470.1438-23.160872.68781.7663
20.58990.0982-0.01890.05010.13411.33070.0267-0.09720.0322-0.0021-0.0328-0.01510.12260.10410.00610.03910.01570.03720.1011-0.03740.1645-40.615263.657136.7014
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{ A | 1002 - 1106 }A1002 - 1106
2X-RAY DIFFRACTION2{ A | 12 - 304 }A12 - 304

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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