PDB-4zu9: Crystal structure of bacterial selenocysteine-specific elongation...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4zu9

タイトル

Crystal structure of bacterial selenocysteine-specific elongation factor EF-Sec

要素

Elongation factor SelB

キーワード

TRANSLATION / Small GTPase / EF-Tu like

機能・相同性

機能・相同性情報

selenocysteine incorporation / translational elongation / translation elongation factor activity / GTPase activity / GTP binding / RNA binding / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Aquifex aeolicus VF5 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 3.191 Å

データ登録者

Itoh, Y. / Sekine, S. / Yokoyama, S.

引用

ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2015
タイトル: Crystal structure of the full-length bacterial selenocysteine-specific elongation factor SelB
著者: Itoh, Y. / Sekine, S. / Yokoyama, S.

履歴

登録	2015年5月15日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2015年9月23日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2015年10月28日	Group: Database references
改定 1.2	2020年2月19日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: citation / diffrn_source / pdbx_struct_oper_list Item: _citation.journal_id_CSD / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.3	2024年11月13日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4zu9.cif.gz	255 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4zu9.ent.gz	208.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4zu9.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zu/4zu9 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zu/4zu9	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	5xha-1 5sws-d 4s2j-d 5swz-4 5xh8-1 6f1h-2 6w4m-d 6vrn-d 3tvm-2 6c08-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#104 - 2008年8月セレノシステイン合成酵素 (Selenocysteine Synthase) 類似性 (8) #81 - 2006年9月伸長因子 (Elongation Factors) 類似性 (6) #121 - 2010年1月 70Sリボソーム (70S Ribosomes) 類似性 (5) #111 - 2009年3月ヒドロゲナーゼ (Hydrogenase) 類似性 (1) #149 - 2012年5月レプチン (Leptin) 類似性 (1) #245 - 2020年5月スプライソソーム (Spliceosomes) 類似性 (6) #157 - 2013年1月転移伝令RNA (Transfer-Messenger RNA) 類似性 (5) #148 - 2012年4月 Rasタンパク質 (Ras Protein) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#104 - 2008年8月
セレノシステイン合成酵素 (Selenocysteine Synthase)
類似性 (8)
#81 - 2006年9月
伸長因子 (Elongation Factors)
類似性 (6)
#121 - 2010年1月
70Sリボソーム (70S Ribosomes)
類似性 (5)
#111 - 2009年3月
ヒドロゲナーゼ (Hydrogenase)
類似性 (1)
#149 - 2012年5月
レプチン (Leptin)
類似性 (1)
#245 - 2020年5月
スプライソソーム (Spliceosomes)
類似性 (6)
#157 - 2013年1月
転移伝令RNA (Transfer-Messenger RNA)
類似性 (5)
#148 - 2012年4月
Rasタンパク質 (Ras Protein)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Elongation factor SelB

ヘテロ分子

67.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	114.240, 114.240, 204.632
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	96
Space group name H-M	P4₃2₁2

#1: タンパク質	Elongation factor SelB 分子量: 66707.883 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Aquifex aeolicus VF5 (バクテリア) 株: VF5 / 遺伝子: selB / プラスミド: pET25b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta 2(DE3) / 参照: UniProt: O67141
#2: 化合物	ChemComp-GNP / PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER / Gpp(NH)p 分子量: 522.196 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₇N₆O₁₃P₃ コメント: GppNHp, GMPPNP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
#3: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#5: 化合物	ChemComp-CYS / CYSTEINE / システインタイプ: L-peptide linking / 分子量: 121.158 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₇NO₂S
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 5 Å³/Da / 溶媒含有率: 75.41 % 解説: the entry contains Friedel pairs in F_Plus/Minus columns
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.1 詳細: 100 mM sodium acetate-HCl buffer, 1.7 M (NH4)2SO4, 20 mM L-cysteine, 3 mM GMPPNP, 10 mM Mg2SO4

-
データ収集

回折	平均測定温度: 90 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL24XU / 波長: 0.97895 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2007年7月11日 / 詳細: mirrors
放射	モノクロメーター: Si / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97895 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3.19→50 Å / Num. obs: 42987 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 15.48 % / R_merge(I) obs: 0.158 / Net I/σ(I): 16.87
反射シェル	解像度: 3.19→3.38 Å / 冗長度: 15.46 % / R_merge(I) obs: 0.02598 / Mean I/σ(I) obs: 1.26 / % possible all: 99.4

-
位相決定

位相決定	手法: 単波長異常分散

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(phenix.refine: dev_1702)	精密化
SHARP		位相決定
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 3.191→40.39 Å / SU ML: 0.52 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.27 / 位相誤差: 27.42 / 立体化学のターゲット値: ML
詳細: the entry contains Friedel pairs in F_Plus/Minus columns

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2608	2179	5.07 %	Random selection
R_work	0.2065	-	-	-
obs	0.2091	42954	99.79 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.191→40.39 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4663	0	55	0	4718

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.01	4783
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.39	6423
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.899	1895
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.055	739
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	798

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
3.1906-3.26	0.413	130	0.3951	2535	X-RAY DIFFRACTION	98
3.26-3.3358	0.3131	144	0.3436	2523	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3358-3.4191	0.3085	143	0.3018	2531	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4191-3.5115	0.3862	167	0.2692	2547	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5115-3.6148	0.3161	135	0.2639	2556	X-RAY DIFFRACTION	100
3.6148-3.7314	0.3391	150	0.2514	2517	X-RAY DIFFRACTION	100
3.7314-3.8647	0.2869	149	0.2397	2553	X-RAY DIFFRACTION	100
3.8647-4.0193	0.3385	147	0.2199	2546	X-RAY DIFFRACTION	100
4.0193-4.202	0.2507	123	0.2035	2592	X-RAY DIFFRACTION	100
4.202-4.4233	0.2258	134	0.1818	2552	X-RAY DIFFRACTION	100
4.4233-4.7	0.2082	134	0.1677	2520	X-RAY DIFFRACTION	100
4.7-5.0623	0.1764	127	0.1574	2580	X-RAY DIFFRACTION	100
5.0623-5.5705	0.2361	120	0.1857	2576	X-RAY DIFFRACTION	100
5.5705-6.3739	0.2365	132	0.2097	2558	X-RAY DIFFRACTION	100
6.3739-8.0201	0.3058	127	0.2204	2553	X-RAY DIFFRACTION	100
8.0201-40.3932	0.2377	117	0.1772	2536	X-RAY DIFFRACTION	98

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	5.8714	0.6871	4.2777	2.1771	0.2102	5.6123	-0.2839	0.7928	-0.1706	-0.0909	0.4837	-0.5593	-0.378	0.9061	-0.1864	0.6396	-0.0204	0.0074	0.8494	-0.2842	0.734	-28.8451	25.8647	28.3779
2	4.8258	-3.4271	1.8546	2.1773	-1.1301	1.5667	-0.6809	0.1608	1.177	0.6661	-0.2694	-0.3796	-1.1675	-0.6726	1.0549	1.8136	0.0918	-0.822	1.284	-0.3644	1.8562	-51.2321	53.7331	24.2203
3	5.6729	-1.2144	0.396	5.3397	1.1218	4.9564	-0.3616	-0.5753	-0.1819	1.0507	0.5791	0.1937	-0.0575	-0.3432	-0.1454	1.2806	0.2171	0.2722	0.6586	0.0865	0.6976	-93.4321	58.5577	5.9116

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 1 through 321 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 322 through 443 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 444 through 582 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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