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- PDB-4zu3: Halohydrin hydrogen-halide-lyases, HheB -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4zu3
タイトルHalohydrin hydrogen-halide-lyases, HheB
要素Halohydrin epoxidase B
キーワードLYASE
機能・相同性
機能・相同性情報


Enoyl-(Acyl carrier protein) reductase / Short-chain dehydrogenase/reductase SDR / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
3-hydroxypentanedinitrile / Halohydrin epoxidase B
類似検索 - 構成要素
生物種Corynebacterium sp. (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Watanabe, F. / Yu, F. / Ohtaki, A. / Yamanaka, Y. / Noguchi, K. / Yohda, M. / Odaka, M.
引用ジャーナル: Proteins / 年: 2015
タイトル: Crystal structures of halohydrin hydrogen-halide-lyases from Corynebacterium sp. N-1074
著者: Watanabe, F. / Yu, F. / Ohtaki, A. / Yamanaka, Y. / Noguchi, K. / Yohda, M. / Odaka, M.
履歴
登録2015年5月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02015年11月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年1月27日Group: Database references
改定 2.02020年2月19日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: atom_site / citation ...atom_site / citation / diffrn_source / pdbx_struct_oper_list / pdbx_struct_special_symmetry
Item: _atom_site.occupancy / _citation.journal_id_CSD ..._atom_site.occupancy / _citation.journal_id_CSD / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 2.12023年11月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Halohydrin epoxidase B
B: Halohydrin epoxidase B
C: Halohydrin epoxidase B
D: Halohydrin epoxidase B
E: Halohydrin epoxidase B
F: Halohydrin epoxidase B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)152,83215
ポリマ－151,9416
非ポリマー8919
水15,421856
1
A: Halohydrin epoxidase B
B: Halohydrin epoxidase B
C: Halohydrin epoxidase B
D: Halohydrin epoxidase B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)101,94010
ポリマ－101,2944
非ポリマー6476
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area13400 Å2
ΔGint-81 kcal/mol
Surface area29350 Å2
手法PISA
2
E: Halohydrin epoxidase B
F: Halohydrin epoxidase B
ヘテロ分子

E: Halohydrin epoxidase B
F: Halohydrin epoxidase B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)101,78310
ポリマ－101,2944
非ポリマー4896
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_554x,-y,-z-11
Buried area13720 Å2
ΔGint-94 kcal/mol
Surface area29100 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)122.910, 215.640, 104.721
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11E-302-

MG

21A-463-

HOH

31E-456-

HOH

41F-443-

HOH

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要素

#1: タンパク質
Halohydrin epoxidase B


分子量: 25323.432 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Corynebacterium sp. (バクテリア)
遺伝子: hheB / プラスミド: pSTT002 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI / 株 (発現宿主): JM109 / 参照: UniProt: Q46347
#2: 化合物
ChemComp-4SD / 3-hydroxypentanedinitrile / 3-ヒドロキシグルタロニトリル


分子量: 110.114 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H6N2O
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 856 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.28 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.13 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.3
詳細: PEG 4000, magnesium chloride, calcium chloride, MES [2-(N-morpholino) ethanesulfonic acid] buffer

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データ収集

回折平均測定温度: 95 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-5A / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2006年5月30日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→50 Å / Num. obs: 71131 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 7.2 % / Rmerge(I) obs: 0.089 / Net I/σ(I): 33.6
反射 シェル解像度: 2.2→2.28 Å / 冗長度: 6.8 % / Rmerge(I) obs: 0.278 / Mean I/σ(I) obs: 8.7 / % possible all: 99.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10-2152-000)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4ZD6

4zd6


解像度: 2.2→47.013 Å / SU ML: 0.24 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 21.1 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.208 3583 5.06 %RANDOM
Rwork0.1627 ---
obs0.165 70879 99.4 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→47.013 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10588 0 62 856 11506
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00410869
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.66714747
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.2286356
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0471623
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0041936
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.1941-2.2230.33311370.26342408X-RAY DIFFRACTION93
2.223-2.25340.34911460.30292523X-RAY DIFFRACTION99
2.2534-2.28560.35271370.26562521X-RAY DIFFRACTION98
2.2856-2.31970.24181530.19832559X-RAY DIFFRACTION100
2.3197-2.3560.26441410.18082566X-RAY DIFFRACTION100
2.356-2.39460.24091430.17592573X-RAY DIFFRACTION100
2.3946-2.43590.24181180.17432605X-RAY DIFFRACTION100
2.4359-2.48020.22521320.16912590X-RAY DIFFRACTION100
2.4802-2.52790.25341380.17542579X-RAY DIFFRACTION100
2.5279-2.57950.21781260.16792580X-RAY DIFFRACTION100
2.5795-2.63560.26251300.16712606X-RAY DIFFRACTION100
2.6356-2.69690.2431430.17192598X-RAY DIFFRACTION100
2.6969-2.76430.20721280.17192575X-RAY DIFFRACTION100
2.7643-2.8390.22851440.17332591X-RAY DIFFRACTION100
2.839-2.92260.22611380.16732588X-RAY DIFFRACTION100
2.9226-3.01690.19291550.16452580X-RAY DIFFRACTION100
3.0169-3.12470.22831320.17442602X-RAY DIFFRACTION100
3.1247-3.24980.1941490.16472602X-RAY DIFFRACTION100
3.2498-3.39760.2161200.16932601X-RAY DIFFRACTION100
3.3976-3.57670.19721330.16032615X-RAY DIFFRACTION100
3.5767-3.80070.19821340.14542591X-RAY DIFFRACTION99
3.8007-4.0940.1651660.13332587X-RAY DIFFRACTION100
4.094-4.50570.13851420.12092648X-RAY DIFFRACTION100
4.5057-5.1570.1631220.11752656X-RAY DIFFRACTION100
5.157-6.49450.16811410.14982678X-RAY DIFFRACTION100
6.4945-47.02350.20831350.16682674X-RAY DIFFRACTION96

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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