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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4ztm | ||||||
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タイトル | Irak4-inhibitor co-structure | ||||||
![]() | Interleukin-1 receptor-associated kinase 4 | ||||||
![]() | TRANSFERASE/TRANSFERASE INHIBITOR / KINASE / PHOSPHATASE / TRANSFERASE-TRANSFERASE INHIBITOR COMPLEX | ||||||
機能・相同性 | ![]() IRAK4 deficiency (TLR5) / MyD88 dependent cascade initiated on endosome / TRAF6 mediated induction of NFkB and MAP kinases upon TLR7/8 or 9 activation / MyD88 cascade initiated on plasma membrane / Toll signaling pathway / neutrophil migration / interleukin-33-mediated signaling pathway / toll-like receptor 9 signaling pathway / neutrophil mediated immunity / interleukin-1 receptor binding ...IRAK4 deficiency (TLR5) / MyD88 dependent cascade initiated on endosome / TRAF6 mediated induction of NFkB and MAP kinases upon TLR7/8 or 9 activation / MyD88 cascade initiated on plasma membrane / Toll signaling pathway / neutrophil migration / interleukin-33-mediated signaling pathway / toll-like receptor 9 signaling pathway / neutrophil mediated immunity / interleukin-1 receptor binding / MyD88-dependent toll-like receptor signaling pathway / interleukin-1-mediated signaling pathway / IRAK4 deficiency (TLR2/4) / MyD88:MAL(TIRAP) cascade initiated on plasma membrane / toll-like receptor 4 signaling pathway / toll-like receptor signaling pathway / extrinsic component of plasma membrane / JNK cascade / TRAF6 mediated IRF7 activation in TLR7/8 or 9 signaling / positive regulation of smooth muscle cell proliferation / cytokine-mediated signaling pathway / Interleukin-1 signaling / PIP3 activates AKT signaling / kinase activity / PI5P, PP2A and IER3 Regulate PI3K/AKT Signaling / cellular response to lipopolysaccharide / positive regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / non-specific serine/threonine protein kinase / endosome membrane / intracellular signal transduction / phosphorylation / innate immune response / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / protein kinase binding / cell surface / magnesium ion binding / extracellular space / ATP binding / nucleus / plasma membrane / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Fischmann, T.O. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Discovery and Structure Enabled Synthesis of 2,6-Diaminopyrimidin-4-one IRAK4 Inhibitors. 著者: Seganish, W.M. / Fischmann, T.O. / Sherborne, B. / Matasi, J. / Lavey, B. / McElroy, W.T. / Tulshian, D. / Tata, J. / Sondey, C. / Garlisi, C.G. / Devito, K. / Fossetta, J. / Lundell, D. / Niu, X. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 236.7 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 191.2 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.7 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.7 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 44.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 58.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 33956.195 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP residues 160-460 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() 発現宿主: ![]() ![]() 株 (発現宿主): SF21 参照: UniProt: Q9NWZ3, non-specific serine/threonine protein kinase #2: 化合物 | ChemComp-4S2 / #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.64 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.39 % / 解説: Thick plates |
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結晶化 | 温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.4 詳細: 1.80 to 2.0 M Sodium Malonate, 0.2 M Sodium Acetate, 25 mM Hexamminecobalt(III)chloride, 0.05%w/v Pluronic-F-68 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2010年10月21日 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 2.66→47.321 Å / Num. all: 37506 / Num. obs: 37506 / % possible obs: 93.2 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.3 % / Biso Wilson estimate: 60.83 Å2 / Rpim(I) all: 0.048 / Rrim(I) all: 0.088 / Rsym value: 0.059 / Net I/av σ(I): 9.877 / Net I/σ(I): 13 / Num. measured all: 123255 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1 / Rejects: _
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 2NRU 解像度: 2.66→47.32 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.933 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9178 / SU R Cruickshank DPI: 2.114 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 1.135 / SU Rfree Blow DPI: 0.295 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.305
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原子変位パラメータ | Biso max: 153.76 Å2 / Biso mean: 54.04 Å2 / Biso min: 13.56 Å2
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Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.33 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.66→47.32 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.66→2.73 Å / Total num. of bins used: 19
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