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Yorodumi- PDB-4ztk: Transpeptidase domain of FtsI4 D,D-transpeptidase from Legionella... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4ztk | ||||||
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Title | Transpeptidase domain of FtsI4 D,D-transpeptidase from Legionella pneumophila. | ||||||
Components | Cell division protein FtsI/penicillin binding protein 2 | ||||||
Keywords | Transferase / Cell Cycle / D / D-transpeptidase / FtsI / structural genomics / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG / PSI-Biology | ||||||
Function / homology | Beta-lactamase / DD-peptidase/beta-lactamase superfamily / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta / : Function and homology information | ||||||
Biological species | Legionella pneumophila subsp. pneumophila ATCC 43290 (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / SAD / Resolution: 2.104 Å | ||||||
Authors | CUFF, M. / OSIPIUK, J. / WU, R. / ENDRES, M. / JOACHIMIAK, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG) | ||||||
Funding support | United States, 1items
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Citation | Journal: to be published Title: Transpeptidase domain of FtsI4 D,D-transpeptidase from Legionella pneumophila. Authors: CUFF, M. / OSIPIUK, J. / WU, R. / ENDRES, M. / JOACHIMIAK, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG) | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 4ztk.cif.gz | 115.2 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb4ztk.ent.gz | 92.3 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 4ztk.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zt/4ztk ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zt/4ztk | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Similar structure data | |
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Other databases |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 34025.434 Da / Num. of mol.: 1 / Mutation: UNP residues 324-636 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Legionella pneumophila subsp. pneumophila ATCC 43290 (bacteria) Gene: lp12_1557 / Plasmid: pMCSG68 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): BL21(DE3) / References: UniProt: G8UTM2 |
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#2: Chemical | ChemComp-NHE / |
#3: Water | ChemComp-HOH / |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 1.91 Å3/Da / Density % sol: 35.46 % |
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Crystal grow | Temperature: 289 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 9.5 / Details: 0.1 M CHES-NaOH buffer, 30% PEG 400 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 19-ID / Wavelength: 0.9792 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315r / Detector: CCD / Date: Feb 9, 2013 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Monochromator: double crystal monochromator / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9792 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.1→50 Å / Num. all: 15303 / Num. obs: 15303 / % possible obs: 98.4 % / Redundancy: 5.7 % / Biso Wilson estimate: 40.14 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.107 / Rpim(I) all: 0.048 / Rrim(I) all: 0.118 / Χ2: 1.727 / Net I/av σ(I): 21.442 / Net I/σ(I): 9 / Num. measured all: 87973 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1 / Rejects: 0
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: SAD / Resolution: 2.104→39.586 Å / SU ML: 0.23 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / Phase error: 23.28 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 120.91 Å2 / Biso mean: 45.6355 Å2 / Biso min: 18.81 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2.104→39.586 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 5
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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