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- PDB-4ztk: Transpeptidase domain of FtsI4 D,D-transpeptidase from Legionella... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4ztk
タイトルTranspeptidase domain of FtsI4 D,D-transpeptidase from Legionella pneumophila.
要素Cell division protein FtsI/penicillin binding protein 2細胞分裂
キーワードTransferase (転移酵素) / Cell Cycle / D / D-transpeptidase / FtsI / structural genomics (構造ゲノミクス) / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG / PSI-Biology
機能・相同性Β-ラクタマーゼ / DD-peptidase/beta-lactamase superfamily / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta / :
機能・相同性情報
生物種Legionella pneumophila subsp. pneumophila ATCC 43290 (レジオネラ・ニューモフィラ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.104 Å
データ登録者CUFF, M. / OSIPIUK, J. / WU, R. / ENDRES, M. / JOACHIMIAK, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM094585 米国
引用ジャーナル: to be published
タイトル: Transpeptidase domain of FtsI4 D,D-transpeptidase from Legionella pneumophila.
著者: CUFF, M. / OSIPIUK, J. / WU, R. / ENDRES, M. / JOACHIMIAK, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)
履歴
登録2015年5月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年5月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年9月20日Group: Author supporting evidence / Derived calculations / Source and taxonomy
カテゴリ: entity_src_gen / pdbx_audit_support ...entity_src_gen / pdbx_audit_support / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list
Item: _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_audit_support.funding_organization ..._entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.22019年12月25日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cell division protein FtsI/penicillin binding protein 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,2332
ポリマ－34,0251
非ポリマー2071
水1,08160
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)47.376, 72.057, 75.456
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Cell division protein FtsI/penicillin binding protein 2 / 細胞分裂


分子量: 34025.434 Da / 分子数: 1 / 変異: UNP residues 324-636 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Legionella pneumophila subsp. pneumophila ATCC 43290 (レジオネラ・ニューモフィラ)
遺伝子: lp12_1557 / プラスミド: pMCSG68 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: G8UTM2
#2: 化合物 ChemComp-NHE / 2-[N-CYCLOHEXYLAMINO]ETHANE SULFONIC ACID / N-CYCLOHEXYLTAURINE / CHES / 2-(シクロヘキシルアミノ)エタンスルホン酸 / CHES (buffer)


分子量: 207.290 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H17NO3S / コメント: pH緩衝剤*YM
#3: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 60 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.91 Å3/Da / 溶媒含有率: 35.46 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 9.5 / 詳細: 0.1 M CHES-NaOH buffer, 30% PEG 400

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2013年2月9日
放射モノクロメーター: double crystal monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→50 Å / Num. all: 15303 / Num. obs: 15303 / % possible obs: 98.4 % / 冗長度: 5.7 % / Biso Wilson estimate: 40.14 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.107 / Rpim(I) all: 0.048 / Rrim(I) all: 0.118 / Χ2: 1.727 / Net I/av σ(I): 21.442 / Net I/σ(I): 9 / Num. measured all: 87973
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: 0

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique allCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
2.1-2.145.50.7827620.7110.3560.860.88599.2
2.14-2.185.70.6417390.7920.2910.7060.93698.9
2.18-2.225.80.5587720.840.2550.6160.938100
2.22-2.265.80.4827580.8540.2170.531.01298.4
2.26-2.315.90.4637550.8870.2090.5091.043100
2.31-2.375.80.3957500.90.180.4351.05898.7
2.37-2.425.90.3297550.9350.1480.3621.173100
2.42-2.495.80.2837610.9470.1280.3121.20298.3
2.49-2.565.90.257600.9630.1120.2751.276100
2.56-2.655.90.2077510.9760.0930.2281.39198.2
2.65-2.745.80.1697760.9860.0760.1851.471100
2.74-2.855.90.1557390.9820.0690.171.55598.1
2.85-2.985.80.1397780.9830.0620.1521.76498.2
2.98-3.145.80.1157660.9880.0510.1261.92998.6
3.14-3.335.80.1067650.9930.0470.1162.2799.1
3.33-3.595.80.0987830.9880.0440.1072.44297.9
3.59-3.955.80.0947550.9920.0420.1042.39997.2
3.95-4.525.60.0787770.9940.0350.0862.48998.1
4.52-5.75.50.0747770.9950.0330.0813.21496.5
5.7-505.10.0818240.9930.0390.094.24993.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-3000データスケーリング
PHENIX精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
HKL-3000データ削減
HKL-3000位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.104→39.586 Å / SU ML: 0.23 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 23.28 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2192 765 5.01 %
Rwork0.167 14500 -
obs0.1695 15265 98.07 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 120.91 Å2 / Biso mean: 45.6355 Å2 / Biso min: 18.81 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.104→39.586 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2014 0 13 60 2087
Biso mean--51.54 45.74 -
残基数----268
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0042060
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8442793
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.059329
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003357
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.404749
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 5

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.1042-2.26660.26771530.20532826297997
2.2666-2.49470.27191520.19142880303299
2.4947-2.85560.23631550.17722881303699
2.8556-3.59740.23971520.18032942309499
3.5974-39.59330.1871530.14872971312496
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.68670.5872-0.36511.52490.17921.1519-0.1443-0.42520.00580.23210.06810.128-0.0049-0.16410.00010.33880.03250.03230.38210.01280.25513.502934.269829.1815
20.4826-0.1164-0.11320.1233-0.10020.23320.02020.0553-0.4683-0.1072-0.18230.69750.3497-0.9260.0020.2607-0.07620.0540.4742-0.02820.45564.748427.855820.7283
31.7523-0.82020.01623.07670.30622.87170.0770.1469-0.0949-0.21060.0733-0.19230.25830.21240.00190.23820.0124-0.01580.2256-0.01460.245224.449930.3659.1487
41.4153-0.0218-1.71023.7150.01412.85310.0454-0.00670.17160.05490.04280.1492-0.2552-0.33150.00280.23550.01780.0080.2302-0.02140.227313.916641.047418.3538
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 334 through 383 )A0
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 384 through 398 )A0
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 399 through 565 )A0
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 566 through 632 )A0

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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