[日本語] English
万見
- PDB-4ztb: Crystal structure of nsP2 protease from Chikungunya virus in P212... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4ztb
タイトルCrystal structure of nsP2 protease from Chikungunya virus in P212121 space group at 2.59 A (4molecules/ASU).
要素Protease nsP2
キーワードHYDROLASE / nsP2 protease / Chikungunya virus / P212121
機能・相同性
機能・相同性情報


polynucleotide 5'-phosphatase / : / host cell filopodium / ADP-ribose 1''-phosphate phosphatase / mRNA methyltransferase activity / polynucleotide 5'-phosphatase activity / polynucleotide adenylyltransferase / symbiont-mediated suppression of host mRNA transcription via inhibition of RNA polymerase II activity / 7-methylguanosine mRNA capping / cysteine-type peptidase activity ...polynucleotide 5'-phosphatase / : / host cell filopodium / ADP-ribose 1''-phosphate phosphatase / mRNA methyltransferase activity / polynucleotide 5'-phosphatase activity / polynucleotide adenylyltransferase / symbiont-mediated suppression of host mRNA transcription via inhibition of RNA polymerase II activity / 7-methylguanosine mRNA capping / cysteine-type peptidase activity / host cell cytoplasmic vesicle membrane / cytoplasmic vesicle membrane / nucleoside-triphosphate phosphatase / RNA helicase activity / RNA helicase / viral RNA genome replication / RNA-dependent RNA polymerase activity / DNA-templated transcription / host cell nucleus / GTP binding / host cell plasma membrane / RNA binding / ATP binding / nucleus / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Alphavirus nsP2 protease domain / Alphavirus nsp2 protease (nsp2pro) domain / Peptidase family C9 / Alphavirus nsp2 protease (nsp2pro) domain profile. / Viral methyltransferase / Alphavirus-like methyltransferase (MT) domain / Alphavirus-like methyltransferase (MT) domain profile. / Tymovirus, RNA-dependent RNA polymerase / RNA dependent RNA polymerase / Viral (Superfamily 1) RNA helicase ...Alphavirus nsP2 protease domain / Alphavirus nsp2 protease (nsp2pro) domain / Peptidase family C9 / Alphavirus nsp2 protease (nsp2pro) domain profile. / Viral methyltransferase / Alphavirus-like methyltransferase (MT) domain / Alphavirus-like methyltransferase (MT) domain profile. / Tymovirus, RNA-dependent RNA polymerase / RNA dependent RNA polymerase / Viral (Superfamily 1) RNA helicase / Cathepsin B; Chain A / Vaccinia Virus protein VP39 / (+) RNA virus helicase core domain / (+)RNA virus helicase core domain profile. / Macro domain / Appr-1"-p processing enzyme / Macro domain / Macro domain profile. / Macro domain-like / RNA-directed RNA polymerase, catalytic domain / RdRp of positive ssRNA viruses catalytic domain profile. / DNA/RNA polymerase superfamily / Alpha-Beta Complex / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Non-structural polyprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Chikungunya virus (チクングニヤウイルス)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.59 Å
データ登録者Narwal, M. / Pratap, S. / Singh, H. / Kumar, P. / Tomar, S.
引用ジャーナル: Int.J.Biol.Macromol. / 年: 2018
タイトル: Crystal structure of chikungunya virus nsP2 cysteine protease reveals a putative flexible loop blocking its active site.
著者: Narwal, M. / Singh, H. / Pratap, S. / Malik, A. / Kuhn, R.J. / Kumar, P. / Tomar, S.
履歴
登録2015年5月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02016年6月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02018年4月4日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / pdbx_distant_solvent_atoms / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_poly_seq_scheme / pdbx_refine_tls_group / pdbx_struct_oper_list / pdbx_struct_sheet_hbond / pdbx_validate_rmsd_angle / pdbx_validate_rmsd_bond / pdbx_validate_torsion / struct_conf / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq / struct_sheet_range / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.auth_seq_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_seq_id ..._atom_site.auth_seq_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_seq_id / _pdbx_distant_solvent_atoms.auth_seq_id / _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num / _pdbx_poly_seq_scheme.pdb_seq_num / _pdbx_refine_tls_group.beg_auth_seq_id / _pdbx_refine_tls_group.end_auth_seq_id / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_auth_seq_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_auth_seq_id / _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_seq_id_1 / _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_seq_id_2 / _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_seq_id_3 / _pdbx_validate_rmsd_bond.auth_seq_id_1 / _pdbx_validate_rmsd_bond.auth_seq_id_2 / _pdbx_validate_torsion.auth_seq_id / _struct_conf.beg_auth_seq_id / _struct_conf.end_auth_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_seq_id / _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_beg / _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_end / _struct_sheet_range.beg_auth_seq_id / _struct_sheet_range.end_auth_seq_id / _struct_site.details / _struct_site.pdbx_auth_seq_id / _struct_site_gen.auth_seq_id
改定 2.12020年5月13日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 2.22024年3月20日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Protease nsP2
B: Protease nsP2
C: Protease nsP2
D: Protease nsP2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)147,16914
ポリマ－146,2484
非ポリマー92110
水4,702261
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)87.040, 158.960, 158.880
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12A
22C
13A
23D
14B
24C
15B
25D
16C
26D

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Beg auth comp-ID: PHE / Beg label comp-ID: PHE / End auth comp-ID: GLY / End label comp-ID: GLY / Refine code: _ / Auth seq-ID: 471 - 791 / Label seq-ID: 1 - 321

Dom-IDEns-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
11AA
21BB
12AA
22CC
13AA
23DD
14BB
24CC
15BB
25DD
16CC
26DD

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5
6

-
要素

#1: タンパク質
Protease nsP2


分子量: 36562.082 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP RESIDUES 1006-1326 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Chikungunya virus (チクングニヤウイルス)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: A6MH22
#2: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 261 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.76 Å3/Da / 溶媒含有率: 67.33 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: 1.6 M Sodium citrate tribasic dihydrate pH 6.5

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: BRUKER AXS MICROSTAR-H / 波長: 1.54 Å
検出器タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2014年5月13日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54 Å / 相対比: 1
Reflection twin
Crystal-IDIDOperatorDomain-IDFraction
11H, K, L10.639
11-H, L, K20.361
反射解像度: 2.59→47.21 Å / Num. obs: 56663 / % possible obs: 82.22 % / 冗長度: 2.29 % / Biso Wilson estimate: 59.19 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.2 / Rsym value: 0.2 / Net I/σ(I): 4.43
反射 シェル解像度: 2.59→2.68 Å / 冗長度: 2.1 % / Rmerge(I) obs: 0.31 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / % possible all: 65

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0073精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.59→47.21 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.934 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.908 / SU B: 9.791 / SU ML: 0.129 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.121 / ESU R Free: 0.064 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24154 2877 5.1 %RANDOM
Rwork0.2101 ---
obs0.21171 53785 82.21 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 60.623 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.99 Å20 Å20 Å2
2--4.08 Å20 Å2
3----1.09 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.59→47.21 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10296 0 60 261 10617
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0160.01910606
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0090.0210224
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6731.94914362
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.558323396
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg3.79351280
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg27.38922.88500
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.239151784
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg12.8381592
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0620.21562
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0020.02111980
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.022640
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.2673.3315132
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.2673.3315131
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.1564.9946408
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other2.1564.9946409
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.183.5155474
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other1.1763.5165474
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other2.0265.2137955
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined3.7326.72611556
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other3.7326.72811557
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11A200590.06
12B200590.06
21A201320.06
22C201320.06
31A201100.06
32D201100.06
41B202110.06
42C202110.06
51B199450.07
52D199450.07
61C200580.06
62D200580.06
LS精密化 シェル解像度: 2.595→2.662 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.411 69 -
Rwork0.394 1337 -
obs--28.14 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.1544-0.1204-0.13891.07280.14081.9214-0.0032-0.0827-0.05180.12830.0063-0.01330.1772-0.0295-0.00310.2611-0.0132-0.0050.191-0.00160.266618.519-13.51-24.328
20.7969-0.1439-0.03381.02290.33961.5010.0102-0.04580.06230.02130.02590.0715-0.04410.0514-0.03620.2699-0.01270.03970.15690.00120.293724.77-50.429-38.989
31.07670.0548-0.08851.7164-0.25471.12820.0338-0.0392-0.07870.0944-0.0368-0.0480.019500.00310.2457-0.02-0.00880.2022-0.01440.230446.427-80.022-25.863
40.9918-0.11370.1051.4914-0.05181.0118-0.0926-0.03910.15450.13790.03050.0142-0.13670.07290.0620.31580.0026-0.00660.25090.010.2658-3.34815.812-10.901
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A471 - 790
2X-RAY DIFFRACTION2B471 - 790
3X-RAY DIFFRACTION3C471 - 789
4X-RAY DIFFRACTION4D471 - 790

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る