PDB-4zrv: Structure of cow mincle CRD complexed with trehalose mono butyrate

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4zrv

タイトル

Structure of cow mincle CRD complexed with trehalose mono butyrate

要素

Mincle CRD

キーワード

SUGAR BINDING PROTEIN / glycobiology / carbohydrate-binding protein / C-type lectin / complex

機能・相同性

機能・相同性情報

Dectin-2 family / T cell differentiation involved in immune response / glycolipid binding / antifungal innate immune response / Fc-gamma receptor signaling pathway / pattern recognition receptor activity / positive regulation of cytokine production / phagocytic vesicle membrane / carbohydrate binding / defense response to bacterium ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Bos taurus (ウシ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / 解像度: 2.095 Å

データ登録者

Feinberg, H. / Rambaruth, N.D.S. / Taylor, M.E. / Drickamer, K. / Weis, W.I.

資金援助

英国, 1件

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2016
タイトル: Binding Sites for Acylated Trehalose Analogs of Glycolipid Ligands on an Extended Carbohydrate Recognition Domain of the Macrophage Receptor Mincle.
著者: Feinberg, H. / Rambaruth, N.D. / Jegouzo, S.A. / Jacobsen, K.M. / Djurhuus, R. / Poulsen, T.B. / Weis, W.I. / Taylor, M.E. / Drickamer, K.

履歴

登録	2015年5月12日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2016年5月25日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2016年8月31日	Group: Database references
改定 1.2	2016年10月19日	Group: Database references
改定 2.0	2020年7月29日	Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / citation / entity / entity_name_com / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_molecule_features / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_struct_oper_list / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_asym / struct_conn / struct_conn_type / struct_site / struct_site_gen Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_alt_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.occupancy / _atom_site.pdbx_formal_charge / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.pdbx_synonyms / _chem_comp.type / _citation.journal_id_CSD / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.src_method / _entity.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.auth_asym_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.auth_atom_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.auth_comp_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.auth_seq_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.label_asym_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.label_atom_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.label_comp_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.label_seq_id / _struct_asym.entity_id 解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.1	2023年8月9日	Group: Data collection / Database references / Structure summary カテゴリ: chem_comp / database_2 / pdbx_entity_branch_link Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_entity_branch_link.leaving_atom_id_2
改定 2.2	2024年10月30日	Group: Data collection / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4zrv.cif.gz	111.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4zrv.ent.gz	82.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4zrv.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4zrv_validation.pdf.gz	1.5 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4zrv_full_validation.pdf.gz	1.5 MB	表示
XML形式データ	4zrv_validation.xml.gz	21.1 KB	表示
CIF形式データ	4zrv_validation.cif.gz	30.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zr/4zrv ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zr/4zrv	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4zrwC 5kthC 5ktiC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4n38-2 3p5d-2 4n36-4 1d4t-d 3via-2 5b1x-4 2vuv-d 4n37-2 5ier-3 6ryj-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#232 - 2019年4月タンパク質と生体鉱物 (Proteins and Biominerals) 類似性 (6) #134 - 2011年2月インテグリン (Integrin) 類似性 (6) #75 - 2006年3月組織因子 (Tissue Factor) 類似性 (6) #261 - 2021年9月 DNA配列ナノポア (DNA-Sequencing Nanopores) 類似性 (1) #69 - 2005年9月コレラ毒素 (Cholera Toxin) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Mincle CRD

B: Mincle CRD

C: Mincle CRD

ヘテロ分子

49 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Mincle CRD

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
16.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Mincle CRD

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
16.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

C: Mincle CRD

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
16.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

4

登録構造と同一
ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	66.464, 46.676, 77.920
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 101.160, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質

Mincle CRD

分子量: 15740.721 Da / 分子数: 3 / 断片: unp residues 79-208 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Bos taurus (ウシ) / 遺伝子: CLEC4E / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: E1BHM0

#2: 多糖

6-O-butanoyl-alpha-D-glucopyranose-(1-1)-alpha-D-glucopyranose / 6-butanoyl-trehalose

タイプ: oligosaccharide, Oligosaccharide / クラス: 基質類似体 / 分子量: 412.387 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: oligosaccharide with reducing-end-to-reducing-end glycosidic bond
参照: 6-butanoyl-trehalose

#3: 化合物

ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン

分子量: 40.078 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca

#4: 化合物

ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン

分子量: 59.044 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃O₂

#5: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 372 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

Has protein modification

Y

配列の詳細

AUTHORS HAVE INDICATED THAT THE CORRECT SEQUENCE HAS BEEN DEPOSITED AT THE NCBI: SEQUENCE XM_592701.4

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.51 Å³/Da / 溶媒含有率: 51.02 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: protein solution: 2.1 mg/mL mincle, 2.5 mM CaCl2 and 33 mM tmb. Reservoir solution: 20% Peg 4K, 20% 2-Propanol and 0.1 M Sodium Acetate pH=5.6

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SSRL

/ ビームライン: BL11-1 / 波長: 1.03317 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年6月9日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.03317 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.095→38.223 Å / Num. all: 27266 / Num. obs: 27266 / % possible obs: 98 % / 冗長度: 4.5 % / B_iso Wilson estimate: 24.2 Å² / R_pim(I) all: 0.044 / R_rim(I) all: 0.096 / R_sym value: 0.085 / Net I/av σ(I): 8.812 / Net I/σ(I): 13.7 / Num. measured all: 122769

反射シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured all	Num. unique all	R_pim(I) all	R_sym value	Net I/σ(I) obs	% possible all
2.1-2.21	4.3	0.467	1.7	16465	3832	0.249	0.467	3.5	95.1
2.21-2.34	4.7	0.369	2.1	17573	3769	0.189	0.369	4.5	98.5
2.34-2.5	4.5	0.263	3	16069	3537	0.137	0.263	5.9	99.1
2.5-2.71	4.4	0.194	4	14350	3254	0.103	0.194	7.6	97.3
2.71-2.96	4.7	0.13	6	14181	3046	0.067	0.13	11	99
2.96-3.31	4.5	0.079	9.7	12619	2784	0.041	0.079	16.5	99.3
3.31-3.83	4.5	0.047	15.3	11021	2429	0.025	0.047	25.7	97.8
3.83-4.69	4.5	0.036	19.3	9462	2100	0.019	0.036	33.1	99.2
4.69-6.63	4.4	0.036	19.5	7121	1605	0.019	0.036	31.9	97.9
6.63-38.223	4.3	0.024	23.5	3908	910	0.013	0.024	39.9	97

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SCALA	3.3.20	データスケーリング
PHENIX		精密化
PDB_EXTRACT	3.15	データ抽出
XDS		データ削減

精密化

解像度: 2.095→38.223 Å / FOM work R set: 0.826 / SU ML: 0.24 / 交差検証法: FREE R-VALUE / 位相誤差: 24.05 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2076	1367	5.02 %
R_work	0.1632	25877	-
obs	0.1655	27244	97.62 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 93.22 Å² / B_iso mean: 16.94 Å² / B_iso min: 3.57 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.095→38.223 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3242	0	97	372	3711
B_iso mean	-	-	18.5	23.68	-
残基数	-	-	-	-	394

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.014	3539
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.106	4722
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.077	499
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	619
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.021	1269

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 10

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
2.0954-2.1703	0.2881	126	0.2397	2446	2572	93
2.1703-2.2572	0.3034	135	0.2096	2575	2710	98
2.2572-2.3599	0.2721	135	0.2004	2578	2713	98
2.3599-2.4843	0.2617	137	0.1854	2598	2735	99
2.4843-2.6399	0.2767	136	0.1828	2537	2673	96
2.6399-2.8437	0.2177	139	0.1703	2602	2741	99
2.8437-3.1297	0.1771	137	0.1612	2637	2774	99
3.1297-3.5823	0.2071	140	0.1559	2584	2724	98
3.5823-4.5122	0.1614	138	0.128	2642	2780	99
4.5122-38.2292	0.1613	144	0.1481	2678	2822	97

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関連情報:EMDBヘッダ

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