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万見
- PDB-4zro: 2.1 A X-Ray Structure of FIPV-3CLpro bound to covalent inhibitor -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4zro
タイトル2.1 A X-Ray Structure of FIPV-3CLpro bound to covalent inhibitor
要素
  • 3C-like proteinase
  • Bounded inhibitor of N-(tert-butoxycarbonyl)-L-seryl-L-valyl-N-{(2S)-5-ethoxy-5-oxo-1-[(3S)-2-oxopyrrolidin-3-yl]pentan-2-yl}-L-leucinamide
キーワードHydrolase/Hydrolase Inhibitor / Coronavirus / main protease / 3CLpro / Mpro / FIPV / FCoV / inhibitor complex / feline infectious peritonitis / Hydrolase-Hydrolase Inhibitor complex
機能・相同性
機能・相同性情報


host cell membrane / viral genome replication / 付加脱離酵素（リアーゼ）; P-Oリアーゼ類; - / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エキソリボヌクレアーゼ / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment / 3'-5'-RNA exonuclease activity / 5'-3' DNA helicase activity / mRNA guanylyltransferase / omega peptidase activity / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of IRF3 activity ...host cell membrane / viral genome replication / 付加脱離酵素（リアーゼ）; P-Oリアーゼ類; - / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エキソリボヌクレアーゼ / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment / 3'-5'-RNA exonuclease activity / 5'-3' DNA helicase activity / mRNA guanylyltransferase / omega peptidase activity / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of IRF3 activity / endonuclease activity / methyltransferase cap1 / symbiont-mediated perturbation of host ubiquitin-like protein modification / DNA helicase / methyltransferase cap1 activity / ubiquitinyl hydrolase 1 / cysteine-type deubiquitinase activity / mRNA 5'-cap (guanine-N7-)-methyltransferase activity / forked DNA-dependent helicase activity / single-stranded 3'-5' DNA helicase activity / four-way junction helicase activity / double-stranded DNA helicase activity / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; システインプロテアーゼ / RNA helicase activity / regulation of autophagy / host cell perinuclear region of cytoplasm / viral protein processing / lyase activity / RNA helicase / viral translational frameshifting / symbiont-mediated activation of host autophagy / RNA-directed RNA polymerase / cysteine-type endopeptidase activity / RNA-directed RNA polymerase activity / DNA-templated transcription / ATP hydrolysis activity / proteolysis / RNA binding / zinc ion binding / ATP binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Alphacoronavirus nsp1 / Replicase polyprotein N-term from Coronavirus nsp1 / Alphacoronavirus nsp1 domain superfamily / Nonstructural protein 14, alphacoronavirus / RNA-dependent RNA polymerase, alphacoronavirus / : / Non-structural protein 5, alphacoronavirus / Non-structural protein 6, alphacoronavirus / Nonstructural protein 2, HCoV-229E-like / AAA domain ...Alphacoronavirus nsp1 / Replicase polyprotein N-term from Coronavirus nsp1 / Alphacoronavirus nsp1 domain superfamily / Nonstructural protein 14, alphacoronavirus / RNA-dependent RNA polymerase, alphacoronavirus / : / Non-structural protein 5, alphacoronavirus / Non-structural protein 6, alphacoronavirus / Nonstructural protein 2, HCoV-229E-like / AAA domain / main proteinase (3clpro) structure, domain 3 / main proteinase (3clpro) structure, domain 3 / NSP15, NendoU domain, coronavirus / Nonstructural protein 15, middle domain, alpha/betacoronavirus / Nonstructural protein 15, N-terminal domain, alpha/beta-coronavirus / NSP14, guanine-N7-methyltransferase domain, coronavirus / Coronavirus (CoV) guanine-N7-methyltransferase (N7-MTase) domain profile. / Coronavirus (CoV) Nsp15 N-terminal oligomerization domain profile. / NSP12 RNA-dependent RNA polymerase, coronavirus / : / Coronavirus Nsp12 RNA-dependent RNA polymerase (RdRp) domain profile. / Coronavirus Nsp12 Interface domain profile. / : / : / Coronavirus Nonstructural protein 13, 1B domain / Coronavirus Non-structural protein 13, zinc-binding domain / Coronavirus Nonstructural protein 13, stalk domain / Nidovirus 2-O-methyltransferase / Nidovirus 2'-O-methyltransferase (2'-O-MTase) domain profile. / Non-structural protein NSP15, N-terminal domain superfamily, coronavirus / Non-structural protein NSP15, middle domain superfamily / Coronavirus replicase NSP15, N-terminal oligomerization / Nonstructural protein 15, middle domain, coronavirus / Nonstructural protein 13, 1B domain, coronavirus / Coronavirus replicase NSP15, middle domain / Coronavirus replicase NSP15, N-terminal oligomerisation / Nidovirus 3'-5' exoribonuclease domain / Nidovirus 3'-5' exoribonuclease (ExoN) domain profile. / Non-structural protein NSP16, coronavirus-like / Non-structural protein 14, coronavirus / RNA polymerase, N-terminal, coronavirus / Coronavirus 2'-O-methyltransferase / Coronavirus proofreading exoribonuclease / Coronavirus RNA-dependent RNA polymerase, N-terminal / Nonstructural protein 13, zinc-binding domain, coronavirus-like / Coronaviridae zinc-binding (CV ZBD) domain profile. / Arterivirus Nsp11 N-terminal/Coronavirus NSP15 middle domain / Arterivirus Nsp11 N-terminal/coronavirus NSP15 middle (AV-Nsp11N/CoV-Nsp15M) domain profile. / Nidoviral uridylate-specific endoribonuclease (NendoU) domain profile. / Nidovirus RdRp-associated nucleotidyl transferase (NiRAN) domain / Nidovirus RdRp-associated nucleotidyl transferase (NiRAN) domain profile. / Endoribonuclease EndoU-like / NendoU domain, nidovirus / Coronavirus replicase NSP15, uridylate-specific endoribonuclease / : / DNA2/NAM7 helicase-like, C-terminal / AAA domain / (+) RNA virus helicase core domain / (+)RNA virus helicase core domain profile. / Papain-like protease, N-terminal domain superfamily, coronavirus / Coronavirus replicase NSP2, N-terminal / : / Coronavirus replicase NSP2, C-terminal / Coronavirus (CoV) Nsp2 middle domain profile. / NSP1, globular domain, alpha/betacoronavirus / Coronavirus (CoV) Nsp1 globular domain profile. / Coronavirus (CoV) Nsp2 N-terminal domain profile. / Coronavirus (CoV) Nsp2 C-terminal domain profile. / Nonstructural protein 2, N-terminal domain, coronavirus / Non-structural protein 2, C-terminal domain, coronavirus / NSP3, second ubiquitin-like (Ubl) domain, coronavirus / Coronavirus Nsp3a Ubl domain profile. / Coronavirus Nsp3d Ubl domain profile. / NSP3, first ubiquitin-like (Ubl) domain, coronavirus / Peptidase family C16 domain profile. / : / : / Coronavirus replicase NSP7 / Coronavirus 3Ecto domain profile. / Coronavirus RNA-dependent RNA polymerase (RdRp) Nsp7 cofactor domain profile. / Coronavirus RNA-dependent RNA polymerase (RdRp) Nsp8 cofactor domain profile. / Coronavirus Nsp9 single-stranded RNA (ssRNA)-binding domain profile. / Coronavirus (CoV) ExoN/MTase coactivator domain profile. / Coronavirus (CoV) Nsp3 Y domain profile. / Coronavirus Nsp4 C-terminal (Nsp4C) domain profile. / Coronavirus main protease (M-pro) domain profile. / Peptidase C30, coronavirus / Peptidase C16, coronavirus / Non-structural protein NSP9, coronavirus / Non-structural protein NSP7, coronavirus / Non-structural protein NSP8, coronavirus / RNA synthesis protein NSP10, coronavirus / Non-structural protein NSP4, C-terminal, coronavirus / RNA synthesis protein NSP10 superfamily, coronavirus / Non-structural protein NSP9 superfamily, coronavirus / Non-structural protein NSP7 superfamily, coronavirus / Non-structural protein NSP8 superfamily, coronavirus / Non-structural protein NSP4, C-terminal superfamily, coronavirus / Papain-like protease, thumb domain superfamily, coronavirus / Peptidase C30, domain 3, coronavirus
類似検索 - ドメイン・相同性
Bound inhibitor of N-(tert-butoxycarbonyl)-L-seryl-L-valyl-N-{(2S)-5-ethoxy-5-oxo-1-[(3S)-2-oxopyrrolidin-3-yl]pentan-2-yl}-L-leucinamide / Replicase polyprotein 1ab
類似検索 - 構成要素
生物種Feline coronavirus (ネココロナウイルス)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.0566 Å
データ登録者St John, S.E. / Mesecar, A.D.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)AI085089 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)AI26603 米国
引用ジャーナル: Bioorg.Med.Chem.Lett. / 年: 2015
タイトル: X-ray structure and inhibition of the feline infectious peritonitis virus 3C-like protease: Structural implications for drug design.
著者: St John, S.E. / Therkelsen, M.D. / Nyalapatla, P.R. / Osswald, H.L. / Ghosh, A.K. / Mesecar, A.D.
履歴
登録2015年5月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年10月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年12月9日Group: Database references
改定 1.22017年9月20日Group: Author supporting evidence / Database references / Derived calculations
カテゴリ: citation / pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list
Item: _citation.journal_id_CSD / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.32019年12月11日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42025年4月2日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 3C-like proteinase
B: 3C-like proteinase
C: 3C-like proteinase
D: 3C-like proteinase
E: Bounded inhibitor of N-(tert-butoxycarbonyl)-L-seryl-L-valyl-N-{(2S)-5-ethoxy-5-oxo-1-[(3S)-2-oxopyrrolidin-3-yl]pentan-2-yl}-L-leucinamide
F: Bounded inhibitor of N-(tert-butoxycarbonyl)-L-seryl-L-valyl-N-{(2S)-5-ethoxy-5-oxo-1-[(3S)-2-oxopyrrolidin-3-yl]pentan-2-yl}-L-leucinamide
G: Bounded inhibitor of N-(tert-butoxycarbonyl)-L-seryl-L-valyl-N-{(2S)-5-ethoxy-5-oxo-1-[(3S)-2-oxopyrrolidin-3-yl]pentan-2-yl}-L-leucinamide
H: Bounded inhibitor of N-(tert-butoxycarbonyl)-L-seryl-L-valyl-N-{(2S)-5-ethoxy-5-oxo-1-[(3S)-2-oxopyrrolidin-3-yl]pentan-2-yl}-L-leucinamide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)133,58810
ポリマ－133,4318
非ポリマー1562
水9,854547
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)100.449, 101.896, 110.158
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

-
要素

#1: タンパク質
3C-like proteinase / 3CL-PRO / 3CLp / M-PRO / nsp5


分子量: 32730.045 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Feline coronavirus (strain FIPV WSU-79/1146) (ウイルス)
株: FIPV WSU-79/1146 / 遺伝子: rep, 1a-1b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q98VG9, 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; システインプロテアーゼ
#2: タンパク質・ペプチド
Bounded inhibitor of N-(tert-butoxycarbonyl)-L-seryl-L-valyl-N-{(2S)-5-ethoxy-5-oxo-1-[(3S)-2-oxopyrrolidin-3-yl]pentan-2-yl}-L-leucinamide


タイプ: Peptide-like / クラス: 阻害剤 / 分子量: 627.770 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
参照: Bound inhibitor of N-(tert-butoxycarbonyl)-L-seryl-L-valyl-N-{(2S)-5-ethoxy-5-oxo-1-[(3S)-2-oxopyrrolidin-3-yl]pentan-2-yl}-L-leucinamide
#3: 化合物 ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE / 2-チアプロパン2-オキシド


分子量: 78.133 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 547 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.15 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.87 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 0.05 M LiCl, 0.1 M Tris pH 8.5, 32% PEG-4000, cryo-protected with 15% MPD

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-D / 波長: 0.987 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2015年2月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.987 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.0566→50 Å / Num. obs: 70555 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 7.9 % / Biso Wilson estimate: 31.57 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.105 / Rpim(I) all: 0.04 / Rrim(I) all: 0.112 / Χ2: 1.727 / Net I/av σ(I): 27.767 / Net I/σ(I): 8.4 / Num. measured all: 525235
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
2.1-2.147.80.76132820.8680.2880.8140.93999.9
2.14-2.187.90.66932770.8920.2530.7160.97599.9
2.18-2.227.80.56932730.9150.2150.6090.98199.9
2.22-2.267.90.51833020.9280.1960.5541.00199.9
2.26-2.317.90.45432820.9530.1710.4850.98999.9
2.31-2.377.90.39832940.9570.150.4261.019100
2.37-2.427.90.34432970.9650.130.3681.04399.9
2.42-2.497.90.30332910.9720.1140.3241.089100
2.49-2.567.90.25833110.9780.0970.2761.153100
2.56-2.6580.21433020.9850.080.2291.221100
2.65-2.7480.19333160.9880.0720.2061.287100
2.74-2.8580.16233100.9910.0610.1731.368100
2.85-2.988.10.13733460.9930.0510.1461.582100
2.98-3.148.10.11933050.9940.0440.1271.842100
3.14-3.338.10.10633500.9940.040.1142.32100
3.33-3.5980.09333310.9960.0350.12.905100
3.59-3.957.90.07433640.9970.0280.0793.24100
3.95-4.527.80.06233740.9980.0230.0663.375100
4.52-5.77.70.05634310.9980.0210.063.162100
5.7-507.20.05135750.9980.020.0542.91299.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX精密化
HKL-2000データスケーリング
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
HKL-2000データ削減
PHENIX位相決定
精密化解像度: 2.0566→43.641 Å / SU ML: 0.27 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 25.38 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2309 1996 2.83 %
Rwork0.1704 68559 -
obs0.1721 70555 99.58 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 130.01 Å2 / Biso mean: 37.1665 Å2 / Biso min: 11.6 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.0566→43.641 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9175 0 184 547 9906
Biso mean--39.87 40.57 -
残基数----1196
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0089578
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.17612982
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0431434
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0051677
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.0643395
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.0566-2.1080.32221370.23894598473595
2.108-2.1650.2761380.236448665004100
2.165-2.22870.33171440.217848595003100
2.2287-2.30060.28541400.215848354975100
2.3006-2.38290.29111450.208748855030100
2.3829-2.47830.27411340.20148644998100
2.4783-2.5910.27021410.193248735014100
2.591-2.72760.28531440.191449005044100
2.7276-2.89850.29051410.195649055046100
2.8985-3.12220.25131430.195349105053100
3.1222-3.43630.25361440.181749175061100
3.4363-3.93330.20921460.154249675113100
3.9333-4.95440.17781480.125149995147100
4.9544-43.65120.16181510.136451815332100
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 24.3898 Å / Origin y: 7.2319 Å / Origin z: 24.5606 Å
111213212223313233
T0.145 Å2-0.0023 Å2-0.0028 Å2-0.1482 Å20.0059 Å2--0.136 Å2
L0.122 °2-0.004 °2-0.0046 °2-0.1197 °20.0613 °2--0.0332 °2
S-0.0112 Å °0.0001 Å °0.0016 Å °0.0015 Å °0.0162 Å °-0.0009 Å °-0.0154 Å °-0.0263 Å °-0 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1allA1 - 299
2X-RAY DIFFRACTION1allB1 - 299
3X-RAY DIFFRACTION1allC1 - 299
4X-RAY DIFFRACTION1allD1 - 299
5X-RAY DIFFRACTION1allJ1 - 584
6X-RAY DIFFRACTION1all3
7X-RAY DIFFRACTION1all1
8X-RAY DIFFRACTION1all2
9X-RAY DIFFRACTION1all4
10X-RAY DIFFRACTION1allE1
11X-RAY DIFFRACTION1allE2

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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