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- PDB-4zrl: Structure of the non canonical Poly(A) polymerase complex GLD-2 -... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4zrl
タイトルStructure of the non canonical Poly(A) polymerase complex GLD-2 - GLD-3
要素
  • Defective in germ line development protein 3
  • Poly(A) RNA polymerase gld-2
キーワードTRANSFERASE / cytoplasmic poly(A)polymerase / post-transcriptional regulation / polyadenylation / non canonical poly(A) polymerase
機能・相同性
機能・相同性情報


germ-line sex determination / polynucleotide adenylyltransferase activator activity / masculinization of hermaphroditic germ-line / vulval development / germ-line stem cell division / nematode larval development / RNA-directed RNA polymerase complex / positive regulation of meiosis I / nuclear division / positive regulation of meiotic nuclear division ...germ-line sex determination / polynucleotide adenylyltransferase activator activity / masculinization of hermaphroditic germ-line / vulval development / germ-line stem cell division / nematode larval development / RNA-directed RNA polymerase complex / positive regulation of meiosis I / nuclear division / positive regulation of meiotic nuclear division / positive regulation of multicellular organism growth / polynucleotide adenylyltransferase / poly(A) RNA polymerase activity / cytosolic mRNA polyadenylation / P granule / embryo development ending in birth or egg hatching / RNA polymerase complex / nucleus organization / regulation of cell division / mitotic cytokinesis / positive regulation of mitotic nuclear division / meiotic cell cycle / mRNA processing / regulation of translation / spermatogenesis / protein domain specific binding / positive regulation of gene expression / perinuclear region of cytoplasm / protein-containing complex / RNA binding / ATP binding / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
GLD-3, KH5 domain / : / : / : / : / GLD-3 4th KH domain (aka KH5) / GLD-3 2nd KH domain (aka KH3) / GLD-3 3rd KH domain (aka KH4) / GLD-3 1st KH domain (aka KH2) / TUTase nucleotidyltransferase domain ...GLD-3, KH5 domain / : / : / : / : / GLD-3 4th KH domain (aka KH5) / GLD-3 2nd KH domain (aka KH3) / GLD-3 3rd KH domain (aka KH4) / GLD-3 1st KH domain (aka KH2) / TUTase nucleotidyltransferase domain / PAP/25A-associated / Cid1 family poly A polymerase / : / Poly(A) RNA polymerase, mitochondrial-like, central palm domain / Beta Polymerase, domain 2 / Beta Polymerase; domain 2 / Nucleotidyltransferase superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Poly(A) RNA polymerase gld-2 / Defective in germ line development protein 3
類似検索 - 構成要素
生物種Caenorhabditis elegans (センチュウ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.28 Å
データ登録者Nakel, K. / Bonneau, F. / Eckmann, C.R. / Conti, E.
資金援助 ドイツ, 4件
組織認可番号国
German Research FoundationBU2451/1-2 ドイツ
EC | European Research Council (ERC): Elena Conti ERC Advanced Investigator Grant294371
German Research FoundationSFB646, SFB1035, GRK1721, FOR1680
German Research FoundationFOR855, EC369/3-1
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2015
タイトル: Structural basis for the activation of the C. elegans noncanonical cytoplasmic poly(A)-polymerase GLD-2 by GLD-3.
著者: Nakel, K. / Bonneau, F. / Eckmann, C.R. / Conti, E.
履歴
登録2015年5月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02015年7月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年7月15日Group: Database references
改定 1.22015年7月22日Group: Database references
改定 1.32016年7月13日Group: Data collection
改定 2.02017年9月6日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Author supporting evidence / Refinement description
カテゴリ: atom_site / pdbx_audit_support ...atom_site / pdbx_audit_support / pdbx_validate_close_contact / software
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_2 / _software.name
改定 2.12024年11月20日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Poly(A) RNA polymerase gld-2
B: Defective in germ line development protein 3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,9963
ポリマ－50,9602
非ポリマー351
水2,072115
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4100 Å2
ΔGint-29 kcal/mol
Surface area18330 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)50.655, 89.367, 94.666
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Poly(A) RNA polymerase gld-2 / Defective in germ line development protein 2


分子量: 41964.980 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 527-923 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Caenorhabditis elegans (センチュウ)
遺伝子: gld-2, ZC308.1 / プラスミド: pETM30 / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / Variant (発現宿主): pLyS / 参照: UniProt: O17087, polynucleotide adenylyltransferase
#2: タンパク質 Defective in germ line development protein 3 / Germline development defective 3


分子量: 8995.428 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 13-88 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Caenorhabditis elegans (センチュウ)
遺伝子: gld-3, T07F8.3 / プラスミド: pET21d / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / Variant (発現宿主): pLyS / 参照: UniProt: Q95ZK7
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 115 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.02 Å3/Da / 溶媒含有率: 40 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: PEG MME 550, Potassium nitrate, Magnesium Nitrate, HEPES

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 0.97975 Å
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年2月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97975 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.28→47.3 Å / Num. all: 284963 / Num. obs: 37155 / % possible obs: 98.4 % / 冗長度: 7.7 % / Biso Wilson estimate: 32.85 Å2 / CC1/2: 0.998 / Net I/σ(I): 13.36
反射 シェル解像度: 2.2831→2.42 Å / 冗長度: 7.5 % / Rmerge(I) obs: 0.731 / Mean I/σ(I) obs: 3.03 / CC1/2: 0.882 / % possible all: 90.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIXdev_1615精密化
XDSデータ削減
SHELXDE位相決定
Cootモデル構築
XDSデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.28→47.3 Å / SU ML: 0.27 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 25.01 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2305 1848 4.98 %Random selection
Rwork0.187 ---
obs0.1892 37101 98.44 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 44.2 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.28→47.3 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3019 0 1 115 3135
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0033079
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.7534173
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.3781119
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.027470
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004538
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.2831-2.34480.28961130.25862180X-RAY DIFFRACTION80
2.3448-2.41380.30181470.23782782X-RAY DIFFRACTION100
2.4138-2.49180.28541450.21982736X-RAY DIFFRACTION100
2.4918-2.58080.2391410.21832750X-RAY DIFFRACTION100
2.5808-2.68410.25121480.21232768X-RAY DIFFRACTION100
2.6841-2.80630.34421400.20252749X-RAY DIFFRACTION100
2.8063-2.95420.24261450.20472765X-RAY DIFFRACTION100
2.9542-3.13930.22481450.2042736X-RAY DIFFRACTION100
3.1393-3.38160.24181450.18532774X-RAY DIFFRACTION100
3.3816-3.72180.26291400.17852745X-RAY DIFFRACTION100
3.7218-4.260.18731470.15882773X-RAY DIFFRACTION100
4.26-5.3660.17421520.15412742X-RAY DIFFRACTION100
5.366-47.34320.21481400.1852753X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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