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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4zrl | |||||||||||||||
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タイトル | Structure of the non canonical Poly(A) polymerase complex GLD-2 - GLD-3 | |||||||||||||||
要素 |
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キーワード | TRANSFERASE (転移酵素) / cytoplasmic poly(A)polymerase / post-transcriptional regulation / polyadenylation (ポリアデニル化) / non canonical poly(A) polymerase | |||||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 germ-line sex determination / polynucleotide adenylyltransferase activator activity / masculinization of hermaphroditic germ-line / : / vulval development / nematode larval development / germ-line stem cell division / RNA-directed RNA polymerase complex / positive regulation of meiosis I / 有糸分裂 ...germ-line sex determination / polynucleotide adenylyltransferase activator activity / masculinization of hermaphroditic germ-line / : / vulval development / nematode larval development / germ-line stem cell division / RNA-directed RNA polymerase complex / positive regulation of meiosis I / 有糸分裂 / positive regulation of meiotic nuclear division / positive regulation of multicellular organism growth / polynucleotide adenylyltransferase / poly(A) RNA polymerase activity / cytosolic mRNA polyadenylation / P granule / embryo development ending in birth or egg hatching / RNA polymerase complex / : / nucleus organization / regulation of cell division / mitotic cytokinesis / positive regulation of mitotic nuclear division / meiotic cell cycle / 転写後修飾 / regulation of translation / 精子形成 / protein domain specific binding / positive regulation of gene expression / perinuclear region of cytoplasm / protein-containing complex / RNA binding / ATP binding / metal ion binding / 細胞質基質 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | |||||||||||||||
生物種 | Caenorhabditis elegans (センチュウ) | |||||||||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.28 Å | |||||||||||||||
データ登録者 | Nakel, K. / Bonneau, F. / Eckmann, C.R. / Conti, E. | |||||||||||||||
資金援助 | ドイツ, 4件
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引用 | ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2015 タイトル: Structural basis for the activation of the C. elegans noncanonical cytoplasmic poly(A)-polymerase GLD-2 by GLD-3. 著者: Nakel, K. / Bonneau, F. / Eckmann, C.R. / Conti, E. | |||||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4zrl.cif.gz | 90.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4zrl.ent.gz | 69.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4zrl.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zr/4zrl ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zr/4zrl | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 41964.980 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 527-923 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Caenorhabditis elegans (センチュウ) 遺伝子: gld-2, ZC308.1 / プラスミド: pETM30 / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / Variant (発現宿主): pLyS / 参照: UniProt: O17087, polynucleotide adenylyltransferase |
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#2: タンパク質 | 分子量: 8995.428 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 13-88 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Caenorhabditis elegans (センチュウ) 遺伝子: gld-3, T07F8.3 / プラスミド: pET21d / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / Variant (発現宿主): pLyS / 参照: UniProt: Q95ZK7 |
#3: 化合物 | ChemComp-CL / |
#4: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.02 Å3/Da / 溶媒含有率: 40 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 詳細: PEG MME 550, Potassium nitrate, Magnesium Nitrate, HEPES |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 0.97975 Å |
検出器 | タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年2月17日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97975 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.28→47.3 Å / Num. all: 284963 / Num. obs: 37155 / % possible obs: 98.4 % / 冗長度: 7.7 % / Biso Wilson estimate: 32.85 Å2 / CC1/2: 0.998 / Net I/σ(I): 13.36 |
反射 シェル | 解像度: 2.2831→2.42 Å / 冗長度: 7.5 % / Rmerge(I) obs: 0.731 / Mean I/σ(I) obs: 3.03 / CC1/2: 0.882 / % possible all: 90.6 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.28→47.3 Å / SU ML: 0.27 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 25.01 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 44.2 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.28→47.3 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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