PDB-4zrc: Crystal structure of MSM-13, a putative T1-like thiolase from Myc...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4zrc

タイトル

Crystal structure of MSM-13, a putative T1-like thiolase from Mycobacterium smegmatis

要素

Beta-ketothiolase

キーワード

TRANSFERASE / thiolase / mycobacterium smegmatis / T1-like / tetrameric

機能・相同性

機能・相同性情報

acetyl-CoA C-acetyltransferase / acyltransferase activity, transferring groups other than amino-acyl groups
類似検索 - 分子機能

生物種

Mycobacterium smegmatis str. MC2 155 (バクテリア)

手法

X線回折 / 解像度: 2.7 Å

データ登録者

Janardan, N. / Harijan, R.K. / Keima, T.R. / Wierenga, R. / Murthy, M.R.N.

資金援助

インド, 1件

引用

ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2015
タイトル: Structural characterization of a mitochondrial 3-ketoacyl-CoA (T1)-like thiolase from Mycobacterium smegmatis
著者: Janardan, N. / Harijan, R.K. / Kiema, T.R. / Wierenga, R.K. / Murthy, M.R.

履歴

登録	2015年5月12日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2016年5月18日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年3月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_radiation_wavelength / pdbx_prerelease_seq / pdbx_struct_oper_list / struct_ncs_dom_lim Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4zrc.cif.gz	293.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4zrc.ent.gz	236.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4zrc.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4zrc_validation.pdf.gz	464.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4zrc_full_validation.pdf.gz	491.7 KB	表示
XML形式データ	4zrc_validation.xml.gz	55.9 KB	表示
CIF形式データ	4zrc_validation.cif.gz	76.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zr/4zrc ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zr/4zrc	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5byvC 5bz4C 5cbqC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5byv-2 5cbq-1 5byv-3 5lp7-2 5lp7-1 5bz4-2 1m4s-d 1m4t-d 1ou6-d 6art-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#216 - 2017年12月生分解性プラスチック (Biodegradable Plastic) 類似性 (7) #90 - 2007年6月脂肪酸合成酵素 (Fatty Acid Synthase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Beta-ketothiolase

B: Beta-ketothiolase

C: Beta-ketothiolase

D: Beta-ketothiolase

175 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	75.460, 104.140, 104.570
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 107.53, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
3	1	C
4	1	D

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Refine code: 1

Dom-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	MET	MET	GLN	GLN	A	A	3 - 405	9 - 411
2	MET	MET	GLU	GLU	B	B	3 - 406	9 - 412
3	ARG	ARG	GLU	GLU	C	C	4 - 406	10 - 412
4	ARG	ARG	GLN	GLN	D	D	4 - 405	10 - 411

NCS oper:

ID	Code	Matrix	ベクター
1	given	(1), (1), (1)
2	given	(-0.760978, -0.134008, 0.634787), (-0.113757, -0.935716, -0.333907), (0.638727, -0.326308, 0.696815)	37.86846, -7.1959, -15.67977
3	given	(0.75739, 0.041412, -0.651649), (0.013169, -0.998753, -0.048165), (-0.65283, 0.027898, -0.75699)	18.43372, -16.53354, 49.55629
4	given	(-0.994192, 0.105347, 0.021989), (0.106131, 0.925925, 0.36249), (0.017827, 0.362719, -0.931728)	57.38278, -9.40311, 36.44238

#1: タンパク質	Beta-ketothiolase 分子量: 43836.699 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Mycobacterium smegmatis str. MC2 155 (バクテリア) 株: MC2 155 / 遺伝子: MSMEG_2207 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0QUH3
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 103 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.23 Å³/Da / 溶媒含有率: 44.95 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: マイクロバッチ法詳細: 0.2M sodium acetate trihydrate, 0.1M sodium cacodylatetrihydrate pH 6.5, 30% PEG 8000, 5% n-octyl-D-glucoside

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.54179 Å
検出器	タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2013年6月1日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.54179 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.43→47.52 Å / Num. all: 201832 / Num. obs: 201832 / % possible obs: 98.92 % / 冗長度: 1 % / Net I/σ(I): 8.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0049	精密化
iMOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

解像度: 2.7→47.52 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.901 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.843 / SU B: 16.328 / SU ML: 0.324 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.42
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.28329	2129	5.1 %	RANDOM
R_work	0.22295	-	-	-
obs	0.2259	39995	98.97 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 44.306 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.08 Å²	0 Å²	0.01 Å²
2-	-	-0.05 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.02 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 2.7→47.52 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	11483	0	0	103	11586

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.013	0.019	11644
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.604	1.968	15783
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.495	5	1560
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	37.729	23.354	477
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	18.746	15	1832
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	17.052	15	112
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.103	0.2	1822
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.021	8857
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.881	4.46	6297
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	4.58	6.674	7838
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.934	4.586	5347
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	7.939	36.289	16793
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Ens-ID: 1 / 数: 2686 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: tight thermal / Weight position: 0.5

Auth asym-ID	Rms dev position (Å)
A	5.03
B	5.68
C	5.63
D	5.54

LS精密化シェル

解像度: 2.698→2.768 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.347	141	-
R_work	0.295	2578	-
obs	-	-	87.57 %

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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