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- PDB-4zql: Crystal structure of TRIM24 with 3,4-dimethoxy-N-(6-(4-methoxyphe... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4zql
タイトルCrystal structure of TRIM24 with 3,4-dimethoxy-N-(6-(4-methoxyphenoxy)-1,3-dimethyl-2-oxo-2,3-dihydro-1H-benzo[d]imidazol-5-yl)benzenesulfonamide inhibitor
要素Transcription intermediary factor 1-alpha
キーワードLIGASE / Transcriptional coactivator / histone H3 modifications / E3 protein-ubiquitin ligase activity / Structural Genomics / Structural Genomics Consortium / SGC
機能・相同性
機能・相同性情報


perichromatin fibrils / regulation of vitamin D receptor signaling pathway / Signaling by cytosolic FGFR1 fusion mutants / cellular response to estrogen stimulus / estrogen response element binding / calcium ion homeostasis / Signaling by FGFR1 in disease / male germ cell nucleus / epithelial cell proliferation / regulation of signal transduction by p53 class mediator ...perichromatin fibrils / regulation of vitamin D receptor signaling pathway / Signaling by cytosolic FGFR1 fusion mutants / cellular response to estrogen stimulus / estrogen response element binding / calcium ion homeostasis / Signaling by FGFR1 in disease / male germ cell nucleus / epithelial cell proliferation / regulation of signal transduction by p53 class mediator / nuclear receptor binding / : / protein catabolic process / euchromatin / regulation of protein stability / RING-type E3 ubiquitin transferase / response to peptide hormone / negative regulation of epithelial cell proliferation / p53 binding / Signaling by BRAF and RAF1 fusions / ubiquitin protein ligase activity / regulation of apoptotic process / transcription by RNA polymerase II / transcription coactivator activity / protein kinase activity / protein ubiquitination / signaling receptor binding / negative regulation of DNA-templated transcription / chromatin binding / positive regulation of gene expression / chromatin / mitochondrion / zinc ion binding / nucleoplasm / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
B-box, C-terminal / B-Box C-terminal domain / B-box zinc finger / B-Box-type zinc finger / B-box-type zinc finger / Zinc finger B-box type profile. / Zinc/RING finger domain, C3HC4 (zinc finger) / Herpes Virus-1 / Zinc finger, PHD-type, conserved site / PHD-finger ...B-box, C-terminal / B-Box C-terminal domain / B-box zinc finger / B-Box-type zinc finger / B-box-type zinc finger / Zinc finger B-box type profile. / Zinc/RING finger domain, C3HC4 (zinc finger) / Herpes Virus-1 / Zinc finger, PHD-type, conserved site / PHD-finger / Zinc finger, RING-type, conserved site / Zinc finger RING-type signature. / Zinc finger PHD-type signature. / Ring finger / Zinc finger PHD-type profile. / Zinc finger, PHD-finger / Zinc finger, PHD-type / PHD zinc finger / Bromodomain-like / Histone Acetyltransferase; Chain A / Zinc finger, FYVE/PHD-type / Zinc finger RING-type profile. / Zinc finger, RING-type / Bromodomain, conserved site / Bromodomain signature. / Bromodomain / Bromodomain profile. / bromo domain / Bromodomain / Bromodomain-like superfamily / Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type / Up-down Bundle / 2-Layer Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-4QH / Transcription intermediary factor 1-alpha
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.79 Å
データ登録者Tallant, C. / Structural Genomics Consortium (SGC) / Clark, P.G.K. / Vieira, L.C.C. / Krojer, T. / Nunez-Alonso, G. / Picaud, S. / Fedorov, O. / Dixon, D.J. / von Delft, F. ...Tallant, C. / Structural Genomics Consortium (SGC) / Clark, P.G.K. / Vieira, L.C.C. / Krojer, T. / Nunez-Alonso, G. / Picaud, S. / Fedorov, O. / Dixon, D.J. / von Delft, F. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Bountra, C. / Brennan, P.E. / Knapp, S.
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of TRIM24 with 3,4-dimethoxy-N-(6-(4-methoxyphenoxy)-1,3-dimethyl-2-oxo-2,3-dihydro-1H-benzo[d]imidazol-5-yl)benzenesulfonamide inhibitor
著者: Clark, P.G. / Vieira, L.C. / Tallant, C. / Fedorov, O. / Singleton, D.C. / Rogers, C.M. / Monteiro, O.P. / Bennett, J.M. / Baronio, R. / Muller, S. / Daniels, D.L. / Mendez, J. / Knapp, S. / ...著者: Clark, P.G. / Vieira, L.C. / Tallant, C. / Fedorov, O. / Singleton, D.C. / Rogers, C.M. / Monteiro, O.P. / Bennett, J.M. / Baronio, R. / Muller, S. / Daniels, D.L. / Mendez, J. / Knapp, S. / Brennan, P.E. / Dixon, D.J.
履歴
登録2015年5月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02015年6月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月10日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Transcription intermediary factor 1-alpha
B: Transcription intermediary factor 1-alpha
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,07711
ポリマ－42,8072
非ポリマー1,2709
水3,747208
1
A: Transcription intermediary factor 1-alpha
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,7095
ポリマ－21,4041
非ポリマー3054
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Transcription intermediary factor 1-alpha
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,3686
ポリマ－21,4041
非ポリマー9655
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)89.414, 36.661, 128.989
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 109.87, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Transcription intermediary factor 1-alpha / TIF1-alpha / E3 ubiquitin-protein ligase TRIM24 / RING finger protein 82 / Tripartite motif- ...TIF1-alpha / E3 ubiquitin-protein ligase TRIM24 / RING finger protein 82 / Tripartite motif-containing protein 24


分子量: 21403.547 Da / 分子数: 2 / 断片: residues 791-972 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TRIM24, RNF82, TIF1, TIF1A / プラスミド: pET15 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: O15164, 合成酵素; C-N結合を形成; 酸-D-アミノ酸リガーゼ（ペプチド合成）

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非ポリマー , 6種, 217分子

#2: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物 ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE / 2-チアプロパン2-オキシド


分子量: 78.133 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#5: 化合物 ChemComp-4QH / 3,4-dimethoxy-N-[6-(4-methoxyphenoxy)-1,3-dimethyl-2-oxo-2,3-dihydro-1H-benzimidazol-5-yl]benzenesulfonamide / N-[1,3-ジメチル-2-オキソ-6-(4-メトキシフェノキシ)-2,3-ジヒドロ-1H-ベンゾイミダゾ-ル-5-イ(以下略)


分子量: 499.536 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C24H25N3O7S
#6: 化合物 ChemComp-1PE / PENTAETHYLENE GLYCOL / PEG400 / ペンタエチレングリコ-ル


分子量: 238.278 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H22O6 / コメント: 沈殿剤*YM
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 208 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.4 Å3/Da / Density meas: 397644.281 Mg/m3 / 溶媒含有率: 48.81 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.1M HEPES pH 7.5, 2M ammonium sulfate, 2%(v/v) PEG 400
PH範囲: 7.5-8

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I02 / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年5月19日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.79→27.84 Å / Num. all: 37097 / Num. obs: 37097 / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 6.5 % / Rmerge(I) obs: 0.055 / Rsym value: 0.027 / Net I/σ(I): 17.3
反射 シェル解像度: 1.79→1.89 Å / 冗長度: 6.3 % / Rmerge(I) obs: 0.547 / Mean I/σ(I) obs: 3.2 / % possible all: 95.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.7.0032精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3O33

3o33


解像度: 1.79→27.84 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.97 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.955 / SU B: 4.115 / SU ML: 0.07 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.109 / ESU R Free: 0.109 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.19904 1856 5 %RANDOM
Rwork0.15883 ---
obs0.16083 35229 99.01 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 31.473 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.6 Å20 Å2-1.39 Å2
2---0.01 Å2-0 Å2
3----0.07 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.79→27.84 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2868 0 69 208 3145
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0160.023002
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.022789
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6582.0094061
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.863.0036482
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.6375349
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.27525.286140
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.80815527
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.8551510
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1080.2433
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.0213291
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02639
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it3.2594.0121408
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other3.2524.011407
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it4.1287.4431753
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other4.1317.4441754
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it6.1755.2711594
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other6.1735.2741595
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other8.1819.2872309
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined9.67825.1793520
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other9.57524.7923442
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.793→1.84 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.291 134 -
Rwork0.227 2356 -
obs--91.01 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)詳細Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.94240.06550.19061.4842-0.39121.92420.0242-0.08170.0516-0.1599-0.01240.04910.0474-0.0438-0.01180.05380.0023-0.02570.008-0.00680.018Chain A21.2622.3315.148
21.24880.46280.39570.94020.29051.10080.01310.0763-0.01770.03050.027-0.0271-0.01390.0039-0.040.017-0.0037-0.02270.00780.00710.0349Chain B-4.0232.93346.088
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1B825 - 1006
2X-RAY DIFFRACTION2B825 - 1006

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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