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- PDB-4zqh: Crystal structure of DOX-P Reductoisomerase in complex with NADPH... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4zqh
タイトルCrystal structure of DOX-P Reductoisomerase in complex with NADPH, fosmidomycin and magnesium
要素1-deoxy-D-xylulose 5-phosphate reductoisomerase
キーワードOXIDOREDUCTASE / Fosmidomycin / NADPH / MEP pathway / reductoisomerase
機能・相同性
機能・相同性情報


1-deoxy-D-xylulose-5-phosphate reductoisomerase / 1-deoxy-D-xylulose-5-phosphate reductoisomerase activity / terpenoid biosynthetic process / isopentenyl diphosphate biosynthetic process, methylerythritol 4-phosphate pathway / NADPH binding / isomerase activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
1-deoxy-D-xylulose 5-phosphate reductoisomerase / 1-deoxy-D-xylulose 5-phosphate reductoisomerase, N-terminal / 1-deoxy-D-xylulose 5-phosphate reductoisomerase, C-terminal / DXP reductoisomerase C-terminal domain / DXP reductoisomerase, C-terminal domain superfamily / 1-deoxy-D-xylulose 5-phosphate reductoisomerase / 1-deoxy-D-xylulose 5-phosphate reductoisomerase C-terminal domain / DXP reductoisomerase C-terminal domain / RNA polymerase sigma factor, region 2, helix turn helix motif / Rna Polymerase Sigma Factor; Chain: A ...1-deoxy-D-xylulose 5-phosphate reductoisomerase / 1-deoxy-D-xylulose 5-phosphate reductoisomerase, N-terminal / 1-deoxy-D-xylulose 5-phosphate reductoisomerase, C-terminal / DXP reductoisomerase C-terminal domain / DXP reductoisomerase, C-terminal domain superfamily / 1-deoxy-D-xylulose 5-phosphate reductoisomerase / 1-deoxy-D-xylulose 5-phosphate reductoisomerase C-terminal domain / DXP reductoisomerase C-terminal domain / RNA polymerase sigma factor, region 2, helix turn helix motif / Rna Polymerase Sigma Factor; Chain: A / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Rossmann fold / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
3-[FORMYL(HYDROXY)AMINO]PROPYLPHOSPHONIC ACID / Chem-NDP / : / 1-deoxy-D-xylulose 5-phosphate reductoisomerase
類似検索 - 構成要素
生物種Moraxella catarrhalis (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Birkinshaw, R.W. / Brady, R.L.
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structures of the Moraxella catarrhalis DOX-P Reductoisomerase
著者: Birkinshaw, R.W. / Brady, R.L.
履歴
登録2015年5月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年6月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年5月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_conn / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 1-deoxy-D-xylulose 5-phosphate reductoisomerase
B: 1-deoxy-D-xylulose 5-phosphate reductoisomerase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)95,75215
ポリマ－92,9712
非ポリマー2,78113
水2,918162
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9750 Å2
ΔGint-50 kcal/mol
Surface area29370 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)65.719, 65.719, 391.454
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number170
Space group name H-MP65
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: LEU / Beg label comp-ID: LEU / End auth comp-ID: ASP / End label comp-ID: ASP / Refine code: _ / Auth seq-ID: 5 - 412 / Label seq-ID: 23 - 430

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 1-deoxy-D-xylulose 5-phosphate reductoisomerase / DXP reductoisomerase / 1-deoxyxylulose-5-phosphate reductoisomerase / 2-C-methyl-D-erythritol 4- ...DXP reductoisomerase / 1-deoxyxylulose-5-phosphate reductoisomerase / 2-C-methyl-D-erythritol 4-phosphate synthase


分子量: 46485.605 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Moraxella catarrhalis (バクテリア)
遺伝子: dxr, DR90_1378 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: A0A076U3E6, UniProt: D5VAW2*PLUS, 1-deoxy-D-xylulose-5-phosphate reductoisomerase

-
非ポリマー , 6種, 175分子

#2: 化合物 ChemComp-NDP / NADPH DIHYDRO-NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / NADPH


分子量: 745.421 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H30N7O17P3
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物 ChemComp-FOM / 3-[FORMYL(HYDROXY)AMINO]PROPYLPHOSPHONIC ACID / FOSMIDOMYCIN / 3-ホスホノ1-(N-ホルミルヒドロキシアミノ)プロパン


分子量: 183.100 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10NO5P / コメント: 抗生剤*YM
#5: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 化合物 ChemComp-NHE / 2-[N-CYCLOHEXYLAMINO]ETHANE SULFONIC ACID / N-CYCLOHEXYLTAURINE / CHES / 2-(シクロヘキシルアミノ)エタンスルホン酸


分子量: 207.290 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H17NO3S / コメント: pH緩衝剤*YM
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 162 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.62 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.14 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法 / 詳細: 0.1 M CHES pH 9.5, 23% (w/v) PEG 8000

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2012年3月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→130.5 Å / Num. obs: 37310 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 13.6 % / Net I/σ(I): 11.2

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0073精密化
iMOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.4→65.24 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.943 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.917 / SU B: 20.894 / SU ML: 0.242 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.406 / ESU R Free: 0.253 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24297 1856 5 %RANDOM
Rwork0.20192 ---
obs0.20405 35316 100 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 59.132 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.43 Å20.71 Å20 Å2
2--1.43 Å20 Å2
3----4.63 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.4→65.24 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6092 0 176 162 6430
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0196393
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.026270
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4231.9988667
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.826314432
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.7125818
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.87725.263228
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.418151088
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.8051520
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0710.21047
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.027068
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.021314
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.2864.0533272
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.2844.0523271
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.4116.0824090
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other3.4116.0834091
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.6374.3793121
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other2.6374.383122
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other3.9996.4634578
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined5.94932.9237131
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other5.94232.8157096
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 25881 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Rms dev position: 0.04 Å / Weight position: 0.05

Dom-IDAuth asym-ID
1A
2B
LS精密化 シェル解像度: 2.4→2.462 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.341 141 -
Rwork0.318 2607 -
obs--100 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.86570.3039-1.00910.56580.7782.80360.03-0.07510.13860.1358-0.0030.0773-0.1733-0.0451-0.0270.19910.01660.00440.141-0.01170.1565-12.4219-2.04220.8363
26.7222-0.17331.80183.23861.184612.159-0.0585-0.06780.11430.07980.00580.1898-0.0985-0.20040.05260.1378-0.01740.03050.19880.0190.208-23.5539-5.9714-0.3236
30.93240.2467-0.91730.3765-0.68712.34580.020.0847-0.0016-0.09780.04940.20880.0465-0.3348-0.06930.18250.0045-0.02810.1557-0.02640.2385-18.3442-6.267-20.1488
42.1541-0.85830.82683.1085-2.37264.26190.25640.0724-0.3181-0.2655-0.2241-0.11440.50640.4559-0.03220.2647-0.0116-0.03170.1734-0.1160.1928-0.0006-17.1384-26.7938
51.94640.699-2.06435.92051.71793.571-0.0839-0.1891-0.35420.14440.0055-0.56870.3240.44670.07830.20170.0437-0.03680.2413-0.01390.19651.5897-16.7509-14.7381
60.2043-0.0851-0.32460.3851-0.25361.2233-0.00820.0515-0.1027-0.07620.01390.05440.1422-0.0699-0.00570.13630.007-0.00310.1357-0.00630.1626-5.7848-8.6717-28.5132
71.31150.6277-0.42191.38560.37490.66330.02350.0608-0.0934-0.09520.0452-0.35510.03180.1573-0.06870.23540.0187-0.03680.24730.03990.16850.6483-6.8905-24.7442
84.1496-0.11320.2763.59140.31022.54070.10480.118-0.2182-0.1505-0.06070.09490.2735-0.0611-0.0440.2259-0.00810.03220.1764-0.0010.195-11.8166-29.19-18.7745
93.12061.3306-1.02742.47341.01426.5920.10980.49430.0458-0.4706-0.12810.5502-0.2584-0.55760.01840.28670.0303-0.10010.2121-0.03980.3472-27.8838-21.9274-16.9347
105.9182-2.87980.94459.6697-0.8485.04470.05880.2428-0.699-0.0979-0.0698-0.12620.5530.36090.01090.2508-0.0390.00820.25070.00340.205-11.4182-36.9496-12.5093
110.627-0.5790.50921.4735-0.39721.9415-0.01420.09910.0183-0.06260.03650.10740.0396-0.1209-0.02220.13040.0019-0.00440.1282-0.01710.1386-4.436711.7905-65.9265
123.6524-0.7931-0.15684.63121.67338.649-0.02540.03170.12990.03210.00020.1286-0.1241-0.03850.02530.13110.0167-0.00170.08620.03020.1358-6.610423.4142-64.758
131.651-0.7902-0.23762.1520.33711.53980.007-0.16130.18710.10020.00080.0214-0.0936-0.0367-0.00780.1372-0.00440.00320.12740.01150.1175-2.393921.8986-49.854
141.0275-0.05130.3380.8355-0.04611.06230.0061-0.06710.19850.099-0.00770.2224-0.2595-0.31760.00160.16490.00870.01050.16540.00960.1597-5.666815.3796-37.3177
152.6593-0.1821-1.73471.09160.17322.9786-0.0219-0.25320.0484-0.12320.0759-0.29750.10670.5156-0.0540.1998-0.0194-0.04390.12580.00510.179316.55367.7976-39.4956
160.61170.4227-0.05880.8813-0.70281.0342-0.00110.03590.0201-0.05920.0043-0.1133-0.01840.1446-0.00320.1298-0.0122-0.00050.1466-0.01570.16579.327210.4084-40.1344
170.50880.23580.05741.0537-0.09361.12910.0211-0.0323-0.13580.05560.0136-0.18390.05610.1194-0.03470.11390.01680.01560.1073-0.00590.10874.63692.6679-40.4563
182.8652-1.2827-3.12032.72711.67215.25610.0433-0.27570.12410.2831-0.02720.0338-0.139-0.0178-0.01610.1531-0.0159-0.00940.15410.00560.187614.619525.2382-43.4169
192.06090.17590.11150.7134-0.27590.79670.0765-0.03140.1701-0.11-0.0332-0.0342-0.1977-0.089-0.04330.2189-0.0132-0.00830.21460.02530.183319.909225.8685-47.3778
206.891-1.35830.17282.8837-0.16182.0636-0.1289-0.33380.31650.1430.1226-0.1014-0.03490.05440.00640.2462-0.0335-0.01360.15450.00450.13317.645131.15-51.5172
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A5 - 77
2X-RAY DIFFRACTION2A78 - 95
3X-RAY DIFFRACTION3A96 - 175
4X-RAY DIFFRACTION4A176 - 207
5X-RAY DIFFRACTION5A208 - 228
6X-RAY DIFFRACTION6A229 - 284
7X-RAY DIFFRACTION7A285 - 325
8X-RAY DIFFRACTION8A326 - 378
9X-RAY DIFFRACTION9A379 - 395
10X-RAY DIFFRACTION10A396 - 412
11X-RAY DIFFRACTION11B5 - 77
12X-RAY DIFFRACTION12B78 - 95
13X-RAY DIFFRACTION13B96 - 143
14X-RAY DIFFRACTION14B144 - 177
15X-RAY DIFFRACTION15B178 - 207
16X-RAY DIFFRACTION16B208 - 267
17X-RAY DIFFRACTION17B268 - 325
18X-RAY DIFFRACTION18B326 - 345
19X-RAY DIFFRACTION19B346 - 382
20X-RAY DIFFRACTION20B383 - 412

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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