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万見
- PDB-4zq8: Crystal structure of a terpene synthase from Streptomyces lydicus... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4zq8
タイトルCrystal structure of a terpene synthase from Streptomyces lydicus, target EFI-540129
要素Isoprenoid Synthase
キーワードTRANSFERASE / enzyme function initiative / EFI / Structural Genomics
機能・相同性
機能・相同性情報


terpene metabolic process / 付加脱離酵素（リアーゼ）; 炭素-酸素リアーゼ類; リン酸基の付加脱離 / terpene synthase activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
: / Terpene cyclase-like 2 / Terpene synthase family 2, C-terminal metal binding / Farnesyl Diphosphate Synthase / Farnesyl Diphosphate Synthase / Isoprenoid synthase domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Streptomyces lydicus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Toro, R. / Bhosle, R. / Vetting, M.W. / Al Obaidi, N.F. / Morisco, L.L. / Wasserman, S.R. / Sojitra, S. / Stead, M. / Washington, E. / Scott Glenn, A. ...Toro, R. / Bhosle, R. / Vetting, M.W. / Al Obaidi, N.F. / Morisco, L.L. / Wasserman, S.R. / Sojitra, S. / Stead, M. / Washington, E. / Scott Glenn, A. / Chowdhury, S. / Evans, B. / Hillerich, B. / Love, J. / Seidel, R.D. / Whalen, K.L. / Gerlt, J.A. / Poulter, C.D. / Almo, S.C. / Enzyme Function Initiative (EFI)
引用ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal structure of a terpene synthase from Streptomyces lydicus, target EFI-540129
著者: Toro, R. / Bhosle, R. / Vetting, M.W. / Al Obaidi, N.F. / Morisco, L.L. / Wasserman, S.R. / Sojitra, S. / Stead, M. / Washington, E. / Scott Glenn, A. / Chowdhury, S. / Evans, B. / Hillerich, ...著者: Toro, R. / Bhosle, R. / Vetting, M.W. / Al Obaidi, N.F. / Morisco, L.L. / Wasserman, S.R. / Sojitra, S. / Stead, M. / Washington, E. / Scott Glenn, A. / Chowdhury, S. / Evans, B. / Hillerich, B. / Love, J. / Seidel, R.D. / Whalen, K.L. / Gerlt, J.A. / Poulter, C.D. / Almo, S.C. / Enzyme Function Initiative (EFI)
履歴
登録2015年5月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年7月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年9月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Source and taxonomy
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / entity_src_gen / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_prerelease_seq / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Isoprenoid Synthase
B: Isoprenoid Synthase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)83,9462
ポリマ－83,9462
非ポリマー00
水12,484693
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5200 Å2
ΔGint-32 kcal/mol
Surface area25610 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)64.737, 153.781, 155.179
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-634-

HOH

21A-682-

HOH

31A-736-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Isoprenoid Synthase


分子量: 41972.766 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptomyces lydicus (バクテリア)
プラスミド: pET / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A0A0M3KL36*PLUS
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 693 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.53 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4
詳細: Protein (43 mg/ml, 10 mM Hepes pH 7.5); Reservoir (0.1 M Bicine pH 9.0, 20% PEG 6000); cryo (20% glycerol)

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 31-ID / 波長: 0.9793 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX225HE / 検出器: CCD / 日付: 2015年3月18日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→50 Å / Num. obs: 50304 / % possible obs: 93.8 % / 冗長度: 3 % / Biso Wilson estimate: 22.85 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.103 / Rpim(I) all: 0.065 / Rrim(I) all: 0.123 / Χ2: 1.436 / Net I/av σ(I): 12.915 / Net I/σ(I): 6 / Num. measured all: 151695
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
2-2.033.10.48724830.8530.3070.580.69993.4
2.03-2.073.10.45924940.9040.2860.5450.77395
2.07-2.113.10.36225000.8630.2270.431.1294.2
2.11-2.153.10.35525210.9140.2230.4220.82894.3
2.15-2.23.10.34824440.9210.220.4140.80293.6
2.2-2.2530.38825230.9350.2480.4641.03594.5
2.25-2.3130.21425030.9420.1330.2541.61394.1
2.31-2.3730.26824870.9590.1680.3181.07194.3
2.37-2.4430.20725340.9590.1320.2471.07595.1
2.44-2.5230.17425110.9690.1110.2081.16494
2.52-2.6130.17825030.9640.1120.2121.25993.9
2.61-2.7130.1725190.970.1070.2021.47293.7
2.71-2.842.90.14324910.9750.0930.1721.61893.9
2.84-2.992.90.13725240.9760.0890.1651.95794
2.99-3.172.90.12224800.9770.080.1472.18293.1
3.17-3.422.90.10725170.9830.0690.1282.52293.2
3.42-3.762.90.08525310.9880.0550.1022.47193.5
3.76-4.313.10.06525480.9930.0410.0772.09793.5
4.31-5.433.20.04925640.9960.030.0581.81193.5
5.43-503.10.0426270.9960.0250.0481.3191.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データスケーリング
PHENIX(phenix.refine: 1.9_1692)精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
HKL-3000データ削減
HKL-3000位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4LA6

4la6


解像度: 2→25.843 Å / SU ML: 0.25 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 26.97 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2538 2514 5.03 %
Rwork0.1933 47455 -
obs0.1963 49969 92.47 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 107.22 Å2 / Biso mean: 28.911 Å2 / Biso min: 9.69 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2→25.843 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5069 0 0 694 5763
Biso mean---35.17 -
残基数----641
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0075225
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9987125
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.04758
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006953
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.1451889
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 18

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2-2.02090.30681160.23642237235379
2.0209-2.06220.29781440.22482644278895
2.0622-2.1070.30961410.25172640278194
2.107-2.1560.27351310.21542680281194
2.156-2.20990.34141410.27322593273493
2.2099-2.26960.46261390.37912581272092
2.2696-2.33630.47251270.29632541266889
2.3363-2.41170.27161270.20152694282195
2.4117-2.49780.28141470.19572649279694
2.4978-2.59770.25651480.19492678282694
2.5977-2.71580.291360.18962669280594
2.7158-2.85880.31641370.19822640277794
2.8588-3.03770.25131490.20042683283294
3.0377-3.27180.24141500.18862658280893
3.2718-3.60030.24771440.18442651279592
3.6003-4.11940.20351500.15752693284394
4.1194-5.18320.17121460.13232723286994
5.1832-25.8450.1791410.14612801294293
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.72350.32290.46471.4335-0.29071.677-0.0520.04390.28930.00380.06770.209-0.2288-0.0326-0.0210.22670.01710.01250.12780.02790.2435-25.0394-6.268813.3979
21.4371-0.5161-1.23640.67160.59233.20910.1083-0.14930.10150.0236-0.0028-0.0442-0.2016-0.1842-0.06820.1631-0.0096-0.00520.208-0.00450.1808-34.9677-27.446421.8054
30.34320.1956-0.10380.64180.081.1668-0.02050.01430.0533-0.07940.0190.0111-0.06660.04720.00210.13690.01440.00370.176-0.00020.1726-22.5006-23.439816.273
40.5530.1034-0.09831.09130.07023.02270.0396-0.01210.11590.02590.0663-0.0074-0.28270.1216-0.1030.167-0.026-0.01450.1777-0.00310.218-10.4111-10.983425.5692
54.48860.33461.73651.12240.54371.44160.17860.0979-0.68660.14150.0766-0.28560.41230.1709-0.1880.36470.065-0.06620.2074-0.00290.3262-15.3582-58.139715.7951
60.9718-0.3225-0.12870.990.22081.7056-0.0266-0.2123-0.26860.25770.0159-0.09330.51540.33850.01350.26670.0316-0.03260.2030.0140.2571-13.0629-51.133521.1493
70.8254-0.0375-0.27080.28120.20640.935-0.0266-0.0457-0.0120.06710.0241-0.08040.11610.08160.00140.17310.0073-0.0120.1873-0.00970.1704-17.6612-36.087821.7585
81.84990.5846-1.42421.2086-0.38132.2314-0.12180.159-0.1360.07640.05360.04580.253-0.21410.06570.18-0.025-0.01150.1802-0.03370.1796-35.3481-46.975613.1893
92.61680.6378-0.49931.5165-0.04391.2175-0.0046-0.301-0.34090.1127-0.1138-0.07470.31560.0950.10570.2553-0.01050.0010.169-0.01130.217-25.7329-53.808710.6399
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain A and (resid 29 through 111 )A0
2X-RAY DIFFRACTION2chain A and (resid 112 through 142 )A0
3X-RAY DIFFRACTION3chain A and (resid 143 through 241 )A0
4X-RAY DIFFRACTION4chain A and (resid 242 through 352 )A0
5X-RAY DIFFRACTION5chain B and (resid 28 through 60 )B0
6X-RAY DIFFRACTION6chain B and (resid 61 through 111 )B0
7X-RAY DIFFRACTION7chain B and (resid 112 through 241 )B0
8X-RAY DIFFRACTION8chain B and (resid 242 through 317 )B0
9X-RAY DIFFRACTION9chain B and (resid 318 through 352 )B0

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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