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万見
- PDB-4zpx: Crystal structure of Lon ATPase domain from Thermococcus onnurine... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4zpx
タイトルCrystal structure of Lon ATPase domain from Thermococcus onnurineus NA1
要素ATP-dependent protease Lon
キーワードHYDROLASE / AAA+ proteins / PS-1 insert / H2 insert / Ins1 / Lon Protease / Thermococcus onnurineus NA1 / ATP-independent proteolytic activity
機能・相同性
機能・相同性情報


ATP-dependent peptidase activity / protein catabolic process / serine-type endopeptidase activity / regulation of DNA-templated transcription / ATP hydrolysis activity / proteolysis / ATP binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Lon protease, archaeal / Magnesium chelatase ChlI-like, catalytic domain / Magnesium chelatase, subunit ChlI / LonB, AAA+ ATPase LID domain, archaeal-type / Archaeal LonB, AAA+ ATPase LID domain / Sigma-54 interaction domain profile. / Sigma-54 interaction domain / RNA polymerase sigma factor 54 interaction domain / Lon proteolytic domain profile. / Peptidase S16, Lon proteolytic domain ...Lon protease, archaeal / Magnesium chelatase ChlI-like, catalytic domain / Magnesium chelatase, subunit ChlI / LonB, AAA+ ATPase LID domain, archaeal-type / Archaeal LonB, AAA+ ATPase LID domain / Sigma-54 interaction domain profile. / Sigma-54 interaction domain / RNA polymerase sigma factor 54 interaction domain / Lon proteolytic domain profile. / Peptidase S16, Lon proteolytic domain / Lon protease / Lon protease (S16) C-terminal proteolytic domain / Helicase, Ruva Protein; domain 3 - #60 / Helicase, Ruva Protein; domain 3 / Ribosomal protein S5 domain 2-type fold, subgroup / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Ribosomal protein S5 domain 2-type fold / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Archaeal Lon protease
類似検索 - 構成要素
生物種Thermococcus onnurineus (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.03 Å
データ登録者An, Y.J. / Kim, M.I. / Na, J.H. / Cha, S.S.
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structural disparity classifies AAA+ modules of Lon proteases into two distinct clades
著者: Kim, M.I. / An, Y.J. / Na, J.H. / Cha, S.S.
履歴
登録2015年5月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02016年5月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年2月19日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: citation / diffrn_source / pdbx_struct_oper_list
Item: _citation.journal_id_CSD / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ATP-dependent protease Lon
B: ATP-dependent protease Lon
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)92,0513
ポリマ－91,9592
非ポリマー921
水4,378243
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1450 Å2
ΔGint-0 kcal/mol
Surface area29490 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)40.620, 61.599, 76.321
Angle α, β, γ (deg.)74.61, 87.11, 83.45
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質 ATP-dependent protease Lon


分子量: 45979.539 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 1-413 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermococcus onnurineus (strain NA1) (古細菌)
株: NA1 / 遺伝子: TON_0529 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: B6YU74
#2: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 243 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.99 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.15 %
結晶化温度: 295 K / 手法: マイクロバッチ法
詳細: 0.2M Potassium chloride, 0.01M Magnesium acetate, 0.05M tri-sodium citrate dihydrate pH 4.5, 12% PEG 4000, 5% n-Dodecyl-beta-D-maltoside

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-17A / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2008年2月11日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.03→50 Å / Num. obs: 42270 / % possible obs: 93.1 % / 冗長度: 2.3 % / Net I/σ(I): 23.03

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.7.0032精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.03→41.14 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.958 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.924 / SU B: 4.799 / SU ML: 0.13 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.2 / ESU R Free: 0.182 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2387 2130 5 %RANDOM
Rwork0.18157 ---
obs0.18444 40140 92.94 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 34.085 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.02 Å21.91 Å2-0.52 Å2
2---0.52 Å2-0.44 Å2
3----0.35 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.03→41.14 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4960 0 6 243 5209
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0180.0195038
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.025076
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8561.986815
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.9233.00111647
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.3995651
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg31.89823.695203
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.91715882
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg21.1091542
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1190.2805
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.0215649
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021049
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.8973.1592625
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.8973.1572624
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it4.2534.7073269
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other4.2534.7093270
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.7663.5822413
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other3.7643.5822413
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other5.7495.2013547
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined8.13429.59921269
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other8.12329.58221178
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.035→2.087 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.264 133 -
Rwork0.227 2515 -
obs--79.81 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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