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- PDB-4zpt: Structure of MERS-Coronavirus Spike Receptor-binding Domain (Engl... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4zpt
タイトルStructure of MERS-Coronavirus Spike Receptor-binding Domain (England1 Strain) in Complex with Vaccine-Elicited Murine Neutralizing Antibody D12 (Crystal Form 1)
要素
  • D12 Fab Heavy chain
  • D12 Fab Light chain
  • Spike glycoprotein
キーワードViral protein/Immune system / Vaccine / Immunogen / Viral protein-Immune system complex
機能・相同性
機能・相同性情報


membrane fusion / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / positive regulation of viral entry into host cell / receptor-mediated virion attachment to host cell / endocytosis involved in viral entry into host cell / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / host cell plasma membrane / virion membrane / membrane
類似検索 - 分子機能
ubp-family deubiquitinating enzyme fold - #30 / Spike protein, C-terminal core receptor binding subdomain / ubp-family deubiquitinating enzyme fold / Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, MERS-CoV / Spike (S) protein S1 subunit, N-terminal domain, MERS-CoV-like / Spike glycoprotein S2, coronavirus, C-terminal / Coronavirus spike glycoprotein S2, intravirion / Single Sheet / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal ...ubp-family deubiquitinating enzyme fold - #30 / Spike protein, C-terminal core receptor binding subdomain / ubp-family deubiquitinating enzyme fold / Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, MERS-CoV / Spike (S) protein S1 subunit, N-terminal domain, MERS-CoV-like / Spike glycoprotein S2, coronavirus, C-terminal / Coronavirus spike glycoprotein S2, intravirion / Single Sheet / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Spike glycoprotein, betacoronavirus / Spike glycoprotein, N-terminal domain superfamily / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit N-terminal (NTD) domain profile. / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit C-terminal (CTD) domain profile. / Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, betacoronavirus / Spike S1 subunit, receptor binding domain superfamily, betacoronavirus / Betacoronavirus spike glycoprotein S1, receptor binding / Spike glycoprotein S1, N-terminal domain, betacoronavirus-like / Betacoronavirus-like spike glycoprotein S1, N-terminal / Spike glycoprotein S2, coronavirus, heptad repeat 1 / Spike glycoprotein S2, coronavirus, heptad repeat 2 / Coronavirus spike (S) glycoprotein S2 subunit heptad repeat 1 (HR1) region profile. / Coronavirus spike (S) glycoprotein S2 subunit heptad repeat 2 (HR2) region profile. / Spike glycoprotein S2 superfamily, coronavirus / Spike glycoprotein S2, coronavirus / Coronavirus spike glycoprotein S2 / Alpha-Beta Plaits / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / 2-Layer Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Spike glycoprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Human coronavirus EMC (ウイルス)
Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.591 Å
データ登録者Joyce, M.G. / Mascola, J.R. / Graham, B.S. / Kwong, P.D.
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2015
タイトル: Evaluation of candidate vaccine approaches for MERS-CoV
著者: Joyce, M.G.
履歴
登録2015年5月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年10月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_struct_oper_list / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _struct_conn.pdbx_role
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.22024年11月20日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: D12 Fab Heavy chain
B: D12 Fab Light chain
R: Spike glycoprotein
H: D12 Fab Heavy chain
S: Spike glycoprotein
L: D12 Fab Light chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)140,0928
ポリマ－139,6506
非ポリマー4422
水5,314295
1
A: D12 Fab Heavy chain
B: D12 Fab Light chain
R: Spike glycoprotein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)70,0464
ポリマ－69,8253
非ポリマー2211
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
H: D12 Fab Heavy chain
S: Spike glycoprotein
L: D12 Fab Light chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)70,0464
ポリマ－69,8253
非ポリマー2211
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)74.452, 128.790, 170.871
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: 抗体 D12 Fab Heavy chain


分子量: 23118.822 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ)
#2: 抗体 D12 Fab Light chain


分子量: 23742.113 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ)
#3: タンパク質 Spike glycoprotein / S glycoprotein / E2 / Peplomer protein


分子量: 22963.977 Da / 分子数: 2 / Fragment: receptor-binging domain, UNP residues 381-588 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Human coronavirus EMC (isolate United Kingdom/H123990006/2012) (ウイルス)
株: isolate United Kingdom/H123990006/2012 / 遺伝子: S, 3 / プラスミド: CMVR / 細胞株 (発現宿主): HEK293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: K9N5Q8
#4: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 295 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.96 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.4 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 0.1 M sodium acetate pH 5.5, 50 mM sodium chloride, 10 % PEG 400, 11 % PEG 8,000

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2014年4月22日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.591→37.052 Å / Num. obs: 51227 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 4.5 % / Net I/σ(I): 9.3
反射 シェル解像度: 2.65→2.72 Å / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.91 / Mean I/σ(I) obs: 1.86 / % possible all: 99.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.591→37.052 Å / SU ML: 0.38 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 24.34 / 立体化学のターゲット値: MLHL
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2441 2529 4.94 %
Rwork0.2038 --
obs0.2057 51214 98.72 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.591→37.052 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9732 0 28 295 10055
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0059981
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.94513581
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.1533562
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0391561
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0051725
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.5908-2.64060.37261470.30872496X-RAY DIFFRACTION93
2.6406-2.69450.3421450.29472650X-RAY DIFFRACTION99
2.6945-2.75310.2981670.27652652X-RAY DIFFRACTION99
2.7531-2.81710.31991430.26742674X-RAY DIFFRACTION100
2.8171-2.88750.34281380.27842685X-RAY DIFFRACTION99
2.8875-2.96560.32451510.25842679X-RAY DIFFRACTION99
2.9656-3.05280.31111560.25222669X-RAY DIFFRACTION100
3.0528-3.15130.30211380.23632714X-RAY DIFFRACTION99
3.1513-3.26380.29841360.23352688X-RAY DIFFRACTION100
3.2638-3.39440.26591360.23072749X-RAY DIFFRACTION99
3.3944-3.54880.2351160.2092718X-RAY DIFFRACTION99
3.5488-3.73570.20741270.19452707X-RAY DIFFRACTION99
3.7357-3.96960.19591410.18572722X-RAY DIFFRACTION99
3.9696-4.27560.20611250.1772736X-RAY DIFFRACTION99
4.2756-4.70510.1881400.15562724X-RAY DIFFRACTION99
4.7051-5.38420.19251430.15452756X-RAY DIFFRACTION99
5.3842-6.77680.24441410.17522786X-RAY DIFFRACTION99
6.7768-37.05590.1971390.17232880X-RAY DIFFRACTION98
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -21.7544 Å / Origin y: 15.9784 Å / Origin z: -54.329 Å
111213212223313233
T0.2983 Å2-0.0145 Å2-0.0255 Å2-0.3251 Å20.0071 Å2--0.3814 Å2
L0.0937 °2-0.0301 °2-0.0562 °2-0.3198 °2-0.2624 °2--0.8031 °2
S0.001 Å °0.0048 Å °-0.0093 Å °0.1189 Å °-0.0137 Å °-0.0208 Å °-0.0845 Å °0.0233 Å °0.0091 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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