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- PDB-4zpk: Crystal Structure of the Heterodimeric HIF-2a:ARNT Complex with H... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4zpk
タイトルCrystal Structure of the Heterodimeric HIF-2a:ARNT Complex with HRE DNA
要素
  • Aryl hydrocarbon receptor nuclear translocator
  • DNA (5'-D(*CP*AP*CP*GP*AP*CP*CP*CP*GP*CP*AP*CP*GP*TP*AP*CP*GP*CP*AP*GP*C)-3')
  • DNA (5'-D(*GP*GP*CP*TP*GP*CP*GP*TP*AP*CP*GP*TP*GP*CP*GP*GP*GP*TP*CP*GP*T)-3')
  • Endothelial PAS domain-containing protein 1
キーワードPROTEIN TRANSPORT/TRANSCRIPTION/DNA / ARNT / HIF-2a / HRE / bHLH-PAS / PROTEIN TRANSPORT-TRANSCRIPTION-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


Cellular response to hypoxia / Phase I - Functionalization of compounds / Xenobiotics / Aryl hydrocarbon receptor signalling / NPAS4 regulates expression of target genes / myoblast fate commitment / norepinephrine biosynthetic process / Regulation of gene expression by Hypoxia-inducible Factor / Endogenous sterols / nuclear aryl hydrocarbon receptor complex ...Cellular response to hypoxia / Phase I - Functionalization of compounds / Xenobiotics / Aryl hydrocarbon receptor signalling / NPAS4 regulates expression of target genes / myoblast fate commitment / norepinephrine biosynthetic process / Regulation of gene expression by Hypoxia-inducible Factor / Endogenous sterols / nuclear aryl hydrocarbon receptor complex / Oxygen-dependent proline hydroxylation of Hypoxia-inducible Factor Alpha / positive regulation of dopamine biosynthetic process / positive regulation of hormone biosynthetic process / aryl hydrocarbon receptor complex / regulation of protein neddylation / positive regulation of protein sumoylation / Neddylation / norepinephrine metabolic process / surfactant homeostasis / epithelial cell maturation / cobalt ion binding / aryl hydrocarbon receptor binding / hemopoiesis / positive regulation of vascular endothelial growth factor production / embryonic placenta development / blood vessel remodeling / cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / visual perception / regulation of heart rate / mitochondrion organization / erythrocyte differentiation / RNA polymerase II transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / lung development / mRNA transcription by RNA polymerase II / response to toxic substance / multicellular organismal-level iron ion homeostasis / transcription coactivator binding / negative regulation of inflammatory response / RNA polymerase II transcription regulator complex / nuclear receptor activity / sequence-specific double-stranded DNA binding / positive regulation of cold-induced thermogenesis / gene expression / cellular response to oxidative stress / cellular response to hypoxia / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / angiogenesis / RNA polymerase II-specific DNA-binding transcription factor binding / response to oxidative stress / transcription regulator complex / sequence-specific DNA binding / transcription by RNA polymerase II / cell differentiation / nuclear body / response to hypoxia / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / nuclear speck / protein heterodimerization activity / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / protein-containing complex binding / regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of DNA-templated transcription / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / protein homodimerization activity / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA binding / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
HIF-1 alpha, transactivation domain, C-terminal / HIF-1 alpha C terminal transactivation domain / Hypoxia-inducible factor, alpha subunit-like / Hypoxia-inducible factor-1 / Nuclear translocator / PAS fold / Helix-loop-helix DNA-binding domain / PAC motif / Motif C-terminal to PAS motifs (likely to contribute to PAS structural domain) / PAS domain ...HIF-1 alpha, transactivation domain, C-terminal / HIF-1 alpha C terminal transactivation domain / Hypoxia-inducible factor, alpha subunit-like / Hypoxia-inducible factor-1 / Nuclear translocator / PAS fold / Helix-loop-helix DNA-binding domain / PAC motif / Motif C-terminal to PAS motifs (likely to contribute to PAS structural domain) / PAS domain / Helix-loop-helix DNA-binding domain superfamily / helix loop helix domain / Myc-type, basic helix-loop-helix (bHLH) domain / Myc-type, basic helix-loop-helix (bHLH) domain profile. / PAS fold / PAS fold / PAS domain / PAS repeat profile. / PAS domain / PAS domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / Aryl hydrocarbon receptor nuclear translocator / Endothelial PAS domain-containing protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.6 Å
データ登録者Wu, D. / Potluri, N. / Lu, J. / Kim, Y. / Rastinejad, F.
引用ジャーナル: Nature / 年: 2015
タイトル: Structural integration in hypoxia-inducible factors.
著者: Wu, D. / Potluri, N. / Lu, J. / Kim, Y. / Rastinejad, F.
履歴
登録2015年5月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年8月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年8月19日Group: Database references
改定 1.22015年8月26日Group: Database references
改定 1.32017年11月22日Group: Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: citation / pdbx_struct_oper_list / software
Item: _citation.journal_id_CSD / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _software.classification
改定 1.42023年9月27日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Aryl hydrocarbon receptor nuclear translocator
B: Endothelial PAS domain-containing protein 1
C: DNA (5'-D(*GP*GP*CP*TP*GP*CP*GP*TP*AP*CP*GP*TP*GP*CP*GP*GP*GP*TP*CP*GP*T)-3')
D: DNA (5'-D(*CP*AP*CP*GP*AP*CP*CP*CP*GP*CP*AP*CP*GP*TP*AP*CP*GP*CP*AP*GP*C)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)97,5294
ポリマ－97,5294
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area12610 Å2
ΔGint-82 kcal/mol
Surface area35240 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)65.746, 65.746, 245.929
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number78
Space group name H-MP43

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要素

#1: タンパク質 Aryl hydrocarbon receptor nuclear translocator / ARNT protein / Dioxin receptor / nuclear translocator / Hypoxia-inducible factor 1-beta / HIF1-beta


分子量: 43437.391 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 82-464 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Arnt / プラスミド: pMKH / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 参照: UniProt: P53762
#2: タンパク質 Endothelial PAS domain-containing protein 1 / EPAS-1 / HIF-1-alpha-like factor / mHLF / HIF-related factor / HRF / Hypoxia-inducible factor 2- ...EPAS-1 / HIF-1-alpha-like factor / mHLF / HIF-related factor / HRF / Hypoxia-inducible factor 2-alpha / HIF2-alpha


分子量: 41200.953 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 3-361 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Epas1, Hif2a / プラスミド: pSJ2 / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 参照: UniProt: P97481
#3: DNA鎖 DNA (5'-D(*GP*GP*CP*TP*GP*CP*GP*TP*AP*CP*GP*TP*GP*CP*GP*GP*GP*TP*CP*GP*T)-3')


分子量: 6527.181 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: HRE DNA sense strand / 由来: (合成) Mus musculus (ハツカネズミ)
#4: DNA鎖 DNA (5'-D(*CP*AP*CP*GP*AP*CP*CP*CP*GP*CP*AP*CP*GP*TP*AP*CP*GP*CP*AP*GP*C)-3')


分子量: 6363.116 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: HRE DNA antisense strand / 由来: (合成) Mus musculus (ハツカネズミ)

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.72 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.86 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6 / 詳細: 4% Tacsimate, pH 6.0, 10% PEG3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97929 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2014年12月5日
放射モノクロメーター: double crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97929 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.6→50 Å / Num. obs: 12149 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 3.7 % / Biso Wilson estimate: 116.97 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.097 / Rpim(I) all: 0.059 / Rrim(I) all: 0.114 / Χ2: 1.128 / Net I/av σ(I): 12.909 / Net I/σ(I): 7.9 / Num. measured all: 45153
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
3.6-3.663.50.7226260.6810.4490.8521.28199.5
3.66-3.733.70.6445880.740.3920.7541.23799.5
3.73-3.83.70.6155900.7630.3720.721.36399.7
3.8-3.883.70.5066470.8650.3040.5911.22999.8
3.88-3.963.70.385700.8920.230.4451.24199.8
3.96-4.053.80.3056190.9430.1830.3561.25299.7
4.05-4.163.80.2685890.9580.160.3131.20199.8
4.16-4.273.80.1996020.9750.120.2331.23599.7
4.27-4.393.80.1556310.9840.0930.1821.1699.8
4.39-4.543.80.1375750.9810.0820.161.11299.7
4.54-4.73.80.1256440.9880.0750.1461.05899.7
4.7-4.893.80.1085780.9920.0650.1261.08799.7
4.89-5.113.80.1056200.990.0630.1231.0399.7
5.11-5.383.80.1046000.9910.0620.1211.05399.5
5.38-5.713.70.1046030.9870.0620.1211.02299.7
5.71-6.153.70.16070.9890.060.1161.03199.5
6.15-6.773.70.0886100.9890.0540.1041.07899.3
6.77-7.753.70.0696210.9920.0410.080.98899.4
7.75-9.753.60.0476080.9950.0280.0540.827100
9.75-503.60.0466210.9850.0290.0551.09697.3

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-3000データ収集
HKL-3000データスケーリング
PHASER位相決定
PHENIX精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 4ZP4

4zp4


解像度: 3.6→32.873 Å / SU ML: 0.52 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 34.52 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3213 580 4.79 %
Rwork0.2341 11532 -
obs0.2381 12112 99.66 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 254.41 Å2 / Biso mean: 133.3382 Å2 / Biso min: 96.31 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3.6→32.873 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4769 855 0 0 5624
残基数----631
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0045814
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8838013
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.034902
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003873
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d21.2282228
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 4

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
3.5885-3.94910.35231350.303328572992100
3.9491-4.51930.36631460.261528873033100
4.5193-5.68910.34281640.25828773041100
5.6891-32.87440.27571350.19222911304699

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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