PDB-4zpj: ABC transporter substrate-binding protein from Sphaerobacter ther...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4zpj

タイトル

ABC transporter substrate-binding protein from Sphaerobacter thermophilus

要素

Extracellular ligand-binding receptor

キーワード

TRANSPORT PROTEIN / ABC transporter / substrate-binding protein / DUF3597 / structural genomics / APC111067 / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG / PSI-Biology

機能・相同性

機能・相同性情報

metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Sphaerobacter thermophilus (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.24 Å

データ登録者

OSIPIUK, J. / Holowicki, J. / Clancy, S. / JOACHIMIAK, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: to be published
タイトル: ABC transporter substrate-binding protein from Sphaerobacter thermophilus.
著者: OSIPIUK, J. / Holowicki, J. / Clancy, S. / JOACHIMIAK, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)

履歴

登録	2015年5月7日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2015年5月20日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年9月27日	Group: Author supporting evidence / Derived calculations ...Author supporting evidence / Derived calculations / Source and taxonomy / Structure summary カテゴリ: entity_src_gen / pdbx_audit_support ...entity_src_gen / pdbx_audit_support / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_keywords Item: _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_audit_support.funding_organization ..._entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _struct_keywords.text
改定 1.2	2019年12月25日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4zpj.cif.gz	157.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4zpj.ent.gz	128.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4zpj.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zp/4zpj ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zp/4zpj	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	2cf5-d 1b5f-3 2cf6-d 1l9e-2 6kji-1 2d3q-1 5dp1-d 1l9e-1 6kih-5 6kih-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: MCSG-APC111067

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#220 - 2018年4月脱ハロゲン酵素 (Dehalogenases) 類似性 (2) #111 - 2009年3月ヒドロゲナーゼ (Hydrogenase) 類似性 (2)

登録構造単位

A: Extracellular ligand-binding receptor

ヘテロ分子

46 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	46.818, 88.531, 99.397
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Extracellular ligand-binding receptor 分子量: 44825.648 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Sphaerobacter thermophilus (strain DSM 20745 / S 6022) (バクテリア) 株: DSM 20745 / S 6022 / 遺伝子: Sthe_0207 / プラスミド: pMCSG68 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: D1C6A8
#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 72 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.31 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.75 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8 詳細: 0.2 M zinc acetate, 0.1 M imidazole-HCl buffer, 20% 1,4-butanediol

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9792 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2013年2月23日

放射

モノクロメーター: double crystal monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9792 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.24→50 Å / Num. all: 20481 / Num. obs: 20481 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.8 % / B_iso Wilson estimate: 52.4 Å² / R_merge(I) obs: 0.108 / R_pim(I) all: 0.045 / R_rim(I) all: 0.117 / Χ²: 1.583 / Net I/av σ(I): 22.631 / Net I/σ(I): 9.8 / Num. measured all: 138486

反射シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. unique all	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
2.24-2.28	5	0.763	2.1	997	0.698	0.371	0.851	0.872	99.9
2.28-2.32	5.7	0.625		1003	0.812	0.284	0.688	0.899	100
2.32-2.36	6.4	0.615		991	0.885	0.262	0.67	0.915	100
2.36-2.41	7.1	0.573		1005	0.864	0.229	0.618	0.931	100
2.41-2.47	7.1	0.52		1028	0.89	0.208	0.561	0.988	100
2.47-2.52	7.2	0.435		986	0.935	0.173	0.469	1.014	100
2.52-2.59	7.2	0.365		1015	0.954	0.145	0.393	1.031	100
2.59-2.66	7.2	0.317		1009	0.961	0.126	0.342	1.061	100
2.66-2.73	7.2	0.277		1004	0.966	0.11	0.298	1.236	100
2.73-2.82	7.2	0.232		1012	0.975	0.092	0.25	1.343	100
2.82-2.92	7.2	0.202		1033	0.982	0.08	0.218	1.477	100
2.92-3.04	7.2	0.173		997	0.987	0.069	0.187	1.548	100
3.04-3.18	7.1	0.144		1018	0.991	0.058	0.156	1.766	100
3.18-3.35	7.1	0.12		1029	0.993	0.048	0.13	1.894	100
3.35-3.56	7.1	0.101		1022	0.993	0.04	0.108	1.96	100
3.56-3.83	6.9	0.085		1035	0.996	0.035	0.092	1.972	100
3.83-4.22	6.7	0.081		1044	0.995	0.034	0.088	2.139	100
4.22-4.82	6.5	0.077		1039	0.996	0.032	0.084	2.346	100
4.82-6.08	6.4	0.078		1069	0.996	0.033	0.085	2.637	100
6.08-50	6	0.068		1145	0.996	0.029	0.074	3.471	99.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-2000		データスケーリング
REFMAC	5.8.0073	精密化
PDB_EXTRACT	3.15	データ抽出
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.24→43.3 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.961 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.94 / SU B: 11.275 / SU ML: 0.144 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.242 / ESU R Free: 0.197 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2222	1048	5.1 %	RANDOM
R_work	0.1712	-	-	-
obs	0.1737	19381	99.84 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 118.09 Å² / B_iso mean: 46.889 Å² / B_iso min: 28.97 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-4.19 Å²	-0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.05 Å²	0 Å²
3-	-	-	4.24 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.24→43.3 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2824	0	21	72	2917
B_iso mean	-	-	67.88	47.68	-
残基数	-	-	-	-	371

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.017	0.019	2896
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	2728
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.752	1.976	3946
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.879	3	6263
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.126	5	376
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	32.144	24.468	141
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.485	15	431
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	13.827	15	21
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.097	0.2	446
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.021	3390
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	655
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.099	2.732	1489
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.092	2.731	1488
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.935	4.092	1861

LS精密化シェル

解像度: 2.243→2.301 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.307	80	-
R_work	0.247	1358	-
all	-	1438	-
obs	-	-	98.29 %

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: 36.6471 Å / Origin y: 61.9565 Å / Origin z: 33.7909 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.2109 Å²	0.0511 Å²	0.0205 Å²	-	0.1556 Å²	0.0052 Å²	-	-	0.0028 Å²
L	1.33 °²	0.2575 °²	-0.2591 °²	-	1.2792 °²	0.33 °²	-	-	0.9648 °²
S	0.0755 Å °	0.202 Å °	0.001 Å °	-0.1101 Å °	-0.097 Å °	-0.0259 Å °	0.0321 Å °	-0.106 Å °	0.0215 Å °

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関連情報:EMDBヘッダ

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URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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