PDB-4zpb: Coxsackievirus B3 Polymerase - F364W mutant

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4zpb

タイトル

Coxsackievirus B3 Polymerase - F364W mutant

要素

RNA-directed RNA polymerase

キーワード

TRANSFERASE / RNA-dependent RNA polymerase

機能・相同性

機能・相同性情報

symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of RIG-I activity / picornain 2A / symbiont-mediated suppression of host mRNA export from nucleus / symbiont genome entry into host cell via pore formation in plasma membrane / picornain 3C / T=pseudo3 icosahedral viral capsid / host cell cytoplasmic vesicle membrane / cytoplasmic vesicle membrane / endocytosis involved in viral entry into host cell / nucleoside-triphosphate phosphatase ...
類似検索 - 分子機能

Mitochondrial Import Receptor Subunit Tom20; Chain A - #20 / Mitochondrial Import Receptor Subunit Tom20; Chain A / Picornavirus coat protein VP4 superfamily / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / Poliovirus 3A protein-like / Poliovirus 3A protein like / Picornavirus 2B protein / Poliovirus core protein 3a, soluble domain / Picornavirus 2B protein / Peptidase C3, picornavirus core protein 2A ...
類似検索 - ドメイン・相同性

生物種

Coxsackievirus B3 (コクサッキーウイルス)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / 解像度: 1.797 Å

データ登録者

Peersen, O.B. / McDonald, S.M.

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2016
タイトル: Design of a Genetically Stable High Fidelity Coxsackievirus B3 Polymerase That Attenuates Virus Growth in Vivo.
著者: McDonald, S. / Block, A. / Beaucourt, S. / Moratorio, G. / Vignuzzi, M. / Peersen, O.B.

履歴

登録	2015年5月7日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2016年5月11日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2016年5月18日	Group: Database references
改定 1.2	2016年7月13日	Group: Database references
改定 1.3	2024年3月6日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / database_2 / diffrn_radiation_wavelength / pdbx_struct_oper_list Item: _citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI ..._citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4zpb.cif.gz	120.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4zpb.ent.gz	91.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4zpb.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4zpb_validation.pdf.gz	417.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4zpb_full_validation.pdf.gz	420.3 KB	表示
XML形式データ	4zpb_validation.xml.gz	24.7 KB	表示
CIF形式データ	4zpb_validation.cif.gz	38.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zp/4zpb ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zp/4zpb	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4zp6C 4zp7C 4zp8C 4zp9C 4zpaC 4zpcC 4zpdC 4zr3 PDB 未公開エントリ 4zr4 PDB 未公開エントリ C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3cdu-d 4wfx-d 1tql-d 4y2a-d 3cdw-d 2im0-d 3ddk-d 3n6n-d 6r1i-2 2ijf-d 4nz0-4 1ra6-d 3n6m-d 4nly-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#20 - 2001年8月ポリオウイルスとライノウイルス (Poliovirus and Rhinovirus) 類似性 (22) #200 - 2016年8月正二十面体型ウイルスの準対称性 (Quasisymmetry in Icosahedral Viruses) 類似性 (1)

登録構造単位

A: RNA-directed RNA polymerase

52.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	74.610, 74.610, 289.427
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	96
Space group name H-M	P4₃2₁2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-1111- HOH

#1: タンパク質	RNA-directed RNA polymerase 分子量: 52516.086 Da / 分子数: 1 / 断片: unp residues 1724-2185 / 変異: F364W / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Coxsackievirus B3 (コクサッキーウイルス) プラスミド: pET26/Ub / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q5UEA2
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 654 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.83 Å³/Da / 溶媒含有率: 67.93 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 0.085 M Tris pH 7.5, 1.2 M Ammonium Sulfate , 25% Glycerol

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

ALS

/ ビームライン: 4.2.2 / 波長: 1 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2014年7月31日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.797→52.757 Å / Num. obs: 144867 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 13.6 % / B_iso Wilson estimate: 19.97 Å² / R_merge F obs: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.091 / R_rim(I) all: 0.098 / Χ²: 0.993 / Net I/σ(I): 14.79 / Num. measured all: 1052868

反射シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)	最高解像度 (Å)	R_merge F obs	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured obs	Num. possible	Num. unique obs	R_rim(I) all	% possible all
1.8-1.91		0.762	0.664	2.35	152293	23530	23061	0.721	98
1.91-2.04		0.909	0.382	4.36	149241	22103	22102	0.413	100
2.04-2.2		0.97	0.23	7.8	149511	20578	20577	0.248	100
2.2-2.41		0.987	0.153	11.86	145746	18911	18911	0.165	100
2.41-2.69		0.993	0.111	16.52	132075	17084	17084	0.119	100
2.69-3.11		0.996	0.078	23.58	116326	15136	15136	0.084	100
3.11-3.81		0.998	0.057	32.33	94343	12710	12710	0.061	100
3.81-5.37		0.998	0.051	36.3	72143	9865	9865	0.054	100
	5.37	0.998	0.048	36.66	41190	5429	5421	0.051	99.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.10_2155: ???)	精密化
XSCALE		データスケーリング
PDB_EXTRACT	3.15	データ抽出
PHASER		位相決定

精密化

解像度: 1.797→52.757 Å / SU ML: 0.2 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 19.98 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2266	3736	2.58 %
R_work	0.1878	-	-
obs	0.1888	144867	99.67 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.797→52.757 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3693	0	0	654	4347

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	3787
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.834	5129
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.188	2260
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.053	558
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	651

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.7973-1.82	0.3327	132	0.3151	4885	X-RAY DIFFRACTION	91
1.82-1.844	0.313	140	0.2641	5137	X-RAY DIFFRACTION	100
1.844-1.8693	0.2682	140	0.2545	5281	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8693-1.896	0.3031	139	0.2488	5235	X-RAY DIFFRACTION	100
1.896-1.9243	0.266	137	0.2377	5235	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9243-1.9543	0.2637	141	0.2308	5264	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9543-1.9864	0.2682	137	0.2156	5241	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9864-2.0206	0.2486	141	0.2139	5233	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0206-2.0574	0.2524	142	0.21	5206	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0574-2.0969	0.2161	137	0.2079	5228	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0969-2.1398	0.2919	138	0.2027	5311	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1398-2.1863	0.1913	142	0.1905	5248	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1863-2.2371	0.2294	137	0.1885	5188	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2371-2.2931	0.2602	142	0.1901	5260	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2931-2.3551	0.2009	138	0.1875	5241	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3551-2.4244	0.2027	145	0.1869	5253	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4244-2.5026	0.2075	138	0.1821	5256	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5026-2.5921	0.2821	131	0.1929	5239	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5921-2.6959	0.245	140	0.1891	5224	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6959-2.8185	0.2093	140	0.1937	5234	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8185-2.9671	0.2449	138	0.1959	5257	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9671-3.153	0.2226	142	0.1844	5234	X-RAY DIFFRACTION	100
3.153-3.3964	0.2201	138	0.1763	5286	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3964-3.7381	0.2034	131	0.1671	5231	X-RAY DIFFRACTION	100
3.7381-4.2788	0.1891	135	0.1528	5240	X-RAY DIFFRACTION	100
4.2788-5.39	0.1736	142	0.1552	5240	X-RAY DIFFRACTION	100
5.39-52.78	0.2444	133	0.1843	5244	X-RAY DIFFRACTION	100

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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