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- PDB-4zoz: Crystal structure of the Chaetomium thermophilum Sqt1 bound to th... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4zoz
タイトルCrystal structure of the Chaetomium thermophilum Sqt1 bound to the N-terminus of the ribosomal protein L10
要素
  • 60S ribosomal protein L10-like protein
  • Sqt1
キーワードCHAPERONE / ribosomal biogenesis / WD40 - repeat
機能・相同性
機能・相同性情報


ribosome / structural constituent of ribosome / translation / ribonucleoprotein complex
類似検索 - 分子機能
: / Ribosomal protein L10e, conserved site / Ribosomal protein L10e signature. / Ribosomal protein L10e / YVTN repeat-like/Quinoprotein amine dehydrogenase / 7 Propeller / Methylamine Dehydrogenase; Chain H / : / Ribosomal protein L10e/L16 / Ribosomal protein L10e/L16 superfamily ...: / Ribosomal protein L10e, conserved site / Ribosomal protein L10e signature. / Ribosomal protein L10e / YVTN repeat-like/Quinoprotein amine dehydrogenase / 7 Propeller / Methylamine Dehydrogenase; Chain H / : / Ribosomal protein L10e/L16 / Ribosomal protein L10e/L16 superfamily / Ribosomal protein L16p/L10e / WD domain, G-beta repeat / Trp-Asp (WD) repeats profile. / Trp-Asp (WD) repeats circular profile. / WD40 repeats / WD40 repeat / WD40-repeat-containing domain superfamily / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Uncharacterized protein / 60S ribosomal protein L10-like protein
類似検索 - 構成要素
生物種Chaetomium thermophilum (菌類)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Pausch, P. / Altegoer, F. / Bange, G.
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2015
タイトル: Co-translational capturing of nascent ribosomal proteins by their dedicated chaperones.
著者: Pausch, P. / Singh, U. / Ahmed, Y.L. / Pillet, B. / Murat, G. / Altegoer, F. / Stier, G. / Thoms, M. / Hurt, E. / Sinning, I. / Bange, G. / Kressler, D.
履歴
登録2015年5月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02015年7月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年7月8日Group: Database references
改定 1.22024年1月10日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Sqt1
Y: 60S ribosomal protein L10-like protein
B: Sqt1
C: 60S ribosomal protein L10-like protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)107,5334
ポリマ－107,5334
非ポリマー00
水10,178565
1
A: Sqt1
Y: 60S ribosomal protein L10-like protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,7672
ポリマ－53,7672
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1370 Å2
ΔGint-2 kcal/mol
Surface area15710 Å2
手法PISA
2
B: Sqt1
C: 60S ribosomal protein L10-like protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,7672
ポリマ－53,7672
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1400 Å2
ΔGint-2 kcal/mol
Surface area15600 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)47.497, 67.178, 72.815
Angle α, β, γ (deg.)89.92, 108.92, 92.03
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質 Sqt1


分子量: 50297.512 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 54-533 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Chaetomium thermophilum (菌類) / 遺伝子: CTHT_0010920 / プラスミド: pETDuet-1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: G0S0R0
#2: タンパク質・ペプチド 60S ribosomal protein L10-like protein / rpL10


分子量: 3469.024 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Chaetomium thermophilum (菌類) / 遺伝子: CTHT_0063830 / プラスミド: pETDuet-1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: G0SEI1
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 565 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.04 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.78 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.2 M sodium chloride, 0.1 M Na/K-phosphate pH 6.2, 40% PEG400

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 1.0332 Å
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年10月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0332 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→48.33 Å / Num. obs: 87711 / % possible obs: 93.7 % / 冗長度: 3.7 % / Net I/σ(I): 13.6

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1685精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4ZOY

4zoy


解像度: 1.7→48.33 Å / SU ML: 0.18 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.97 / 位相誤差: 22.62 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.216 4692 5.35 %
Rwork0.1912 --
obs0.1925 87711 93.63 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.7→48.33 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6026 0 0 565 6591
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0076156
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.098376
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.1132150
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.047942
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0061108
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.6996-1.71890.29811310.27252581X-RAY DIFFRACTION87
1.7189-1.73910.31461440.25742784X-RAY DIFFRACTION93
1.7391-1.76030.2981890.26212741X-RAY DIFFRACTION93
1.7603-1.78260.26192000.25782658X-RAY DIFFRACTION93
1.7826-1.80610.27451760.23892710X-RAY DIFFRACTION93
1.8061-1.83080.27661600.23532787X-RAY DIFFRACTION93
1.8308-1.8570.27691480.22382740X-RAY DIFFRACTION93
1.857-1.88470.23381510.21662732X-RAY DIFFRACTION93
1.8847-1.91410.21841540.20782762X-RAY DIFFRACTION92
1.9141-1.94550.23151820.20832692X-RAY DIFFRACTION93
1.9455-1.97910.27251670.20712756X-RAY DIFFRACTION92
1.9791-2.01510.27161910.20282583X-RAY DIFFRACTION91
2.0151-2.05380.22182080.20782520X-RAY DIFFRACTION87
2.0538-2.09570.24821760.212823X-RAY DIFFRACTION95
2.0957-2.14130.22761710.2012825X-RAY DIFFRACTION95
2.1413-2.19110.2571300.19252790X-RAY DIFFRACTION95
2.1911-2.24590.2241220.19152895X-RAY DIFFRACTION95
2.2459-2.30660.20571420.19552798X-RAY DIFFRACTION95
2.3066-2.37450.21371670.19112829X-RAY DIFFRACTION95
2.3745-2.45110.21521400.19042788X-RAY DIFFRACTION95
2.4511-2.53880.22591690.1992811X-RAY DIFFRACTION95
2.5388-2.64040.22261200.2012814X-RAY DIFFRACTION94
2.6404-2.76060.23291460.2042766X-RAY DIFFRACTION93
2.7606-2.90610.18961020.19142656X-RAY DIFFRACTION88
2.9061-3.08810.22671280.19352896X-RAY DIFFRACTION97
3.0881-3.32650.21771780.17712860X-RAY DIFFRACTION97
3.3265-3.66120.20811310.17452920X-RAY DIFFRACTION97
3.6612-4.19070.1791520.16642839X-RAY DIFFRACTION97
4.1907-5.27880.14941750.15462805X-RAY DIFFRACTION95
5.2788-48.35090.21291420.18892858X-RAY DIFFRACTION96

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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