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- PDB-4zoq: Crystal Structure of a Lanthipeptide Protease -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4zoq
タイトルCrystal Structure of a Lanthipeptide Protease
要素(Intracellular serine protease) x 2
キーワードHYDROLASE / serine protease / lanthipeptide
機能・相同性
機能・相同性情報


serine-type endopeptidase activity / proteolysis
類似検索 - 分子機能
: / LicP N-terminal prodomain / Peptidase S8/S53 domain / : / Serine proteases, subtilase family, aspartic acid active site. / Peptidase S8, subtilisin, Asp-active site / Serine proteases, subtilase family, serine active site. / Peptidase S8, subtilisin, Ser-active site / Peptidase S8, subtilisin-related / Serine proteases, subtilase domain profile. ...: / LicP N-terminal prodomain / Peptidase S8/S53 domain / : / Serine proteases, subtilase family, aspartic acid active site. / Peptidase S8, subtilisin, Asp-active site / Serine proteases, subtilase family, serine active site. / Peptidase S8, subtilisin, Ser-active site / Peptidase S8, subtilisin-related / Serine proteases, subtilase domain profile. / Peptidase S8/S53 domain superfamily / Subtilase family / Peptidase S8/S53 domain / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Intracellular serine protease
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus licheniformis (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.35 Å
データ登録者Dong, S.H. / Nair, S.K.
引用ジャーナル: Chem Sci / 年: 2015
タイトル: Applications of the class II lanthipeptide protease LicP for sequence-specific, traceless peptide bond cleavage.
著者: Tang, W. / Dong, S.H. / Repka, L.M. / He, C. / Nair, S.K. / van der Donk, W.A.
履歴
登録2015年5月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年3月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年10月31日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_struct_oper_list
Item: _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI ..._citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.22024年3月6日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Intracellular serine protease
I: Intracellular serine protease
B: Intracellular serine protease
J: Intracellular serine protease
C: Intracellular serine protease
K: Intracellular serine protease
D: Intracellular serine protease
L: Intracellular serine protease
E: Intracellular serine protease
M: Intracellular serine protease
F: Intracellular serine protease
N: Intracellular serine protease
G: Intracellular serine protease
O: Intracellular serine protease
H: Intracellular serine protease
P: Intracellular serine protease


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)388,73716
ポリマ－388,73716
非ポリマー00
水19,8171100
1
A: Intracellular serine protease
I: Intracellular serine protease


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,5922
ポリマ－48,5922
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Intracellular serine protease
J: Intracellular serine protease


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,5922
ポリマ－48,5922
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Intracellular serine protease
K: Intracellular serine protease


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,5922
ポリマ－48,5922
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Intracellular serine protease
L: Intracellular serine protease


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,5922
ポリマ－48,5922
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
5
E: Intracellular serine protease
M: Intracellular serine protease


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,5922
ポリマ－48,5922
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
6
F: Intracellular serine protease
N: Intracellular serine protease


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,5922
ポリマ－48,5922
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
7
G: Intracellular serine protease
O: Intracellular serine protease


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,5922
ポリマ－48,5922
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
8
H: Intracellular serine protease
P: Intracellular serine protease


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,5922
ポリマ－48,5922
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)71.040, 112.780, 114.770
Angle α, β, γ (deg.)82.17, 89.68, 82.85
Int Tables number1
Space group name H-MP1

-
要素

#1: タンパク質
Intracellular serine protease / LanP protein


分子量: 11094.953 Da / 分子数: 8 / 断片: UNP residues 1-100 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacillus licheniformis (バクテリア)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q65DC7
#2: タンパク質
Intracellular serine protease / LanP protein


分子量: 37497.156 Da / 分子数: 8 / 断片: UNP residues 101-443 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacillus licheniformis (バクテリア)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q65DC7
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1100 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.51 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.96 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: Precipitant of 20% PEG 3350, 2% tacsimate pH=7.0 and 4 mM HEPES pH=6.8

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-D / 波長: 0.97872 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2014年8月3日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97872 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.35→50 Å / Num. obs: 143709 / % possible obs: 98.5 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4 % / Biso Wilson estimate: 50.022 Å2 / Rmerge F obs: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.085 / Rrim(I) all: 0.098 / Χ2: 0.977 / Net I/σ(I): 13.14 / Num. measured all: 568612
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)Rmerge F obsRmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique obsRrim(I) all% possible all
2.35-2.450.5940.8851.736711017229168431.02397.8
2.45-2.550.7110.6862.235654714494141870.79297.9
2.55-2.650.830.4873.114855212429121890.56298.1
2.65-2.750.890.3694.034191710736105240.42698
2.75-2.850.9230.2994.8736266926291090.34698.3
2.85-3.20.9740.1767.949392323960236120.20398.5
3.2-3.40.9890.10512.7237743964595150.12298.7
3.4-4.30.9970.05222.929506724327240960.06199.1
4.3-100.9990.03134.718486421934218010.03699.4
10-500.9990.02246.316623186918330.02698.1

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
XSCALEデータスケーリング
PHASER2.5.1位相決定
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.35→38.031 Å / SU ML: 0.33 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.97 / 位相誤差: 27.18 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2496 7186 5 %
Rwork0.1995 --
obs0.202 143685 98.51 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.35→38.031 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数24462 0 0 1100 25562
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01124941
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.54433746
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.4359226
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0663753
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0084365
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.35-2.37670.34362400.29214555X-RAY DIFFRACTION97
2.3767-2.40470.34012350.2774461X-RAY DIFFRACTION98
2.4047-2.4340.32152380.27754527X-RAY DIFFRACTION98
2.434-2.46480.32062380.26874525X-RAY DIFFRACTION98
2.4648-2.49720.32362390.2664527X-RAY DIFFRACTION98
2.4972-2.53140.29982380.2594533X-RAY DIFFRACTION98
2.5314-2.56760.3452370.26644506X-RAY DIFFRACTION98
2.5676-2.60590.3292390.25654537X-RAY DIFFRACTION98
2.6059-2.64660.3172370.24494506X-RAY DIFFRACTION98
2.6466-2.690.30892390.23994539X-RAY DIFFRACTION98
2.69-2.73630.28852410.24194576X-RAY DIFFRACTION98
2.7363-2.78610.32482340.23544452X-RAY DIFFRACTION98
2.7861-2.83970.31442420.24374585X-RAY DIFFRACTION98
2.8397-2.89760.30952370.2384515X-RAY DIFFRACTION98
2.8976-2.96060.27172420.22384593X-RAY DIFFRACTION99
2.9606-3.02940.29092370.22374508X-RAY DIFFRACTION98
3.0294-3.10520.2792420.22974588X-RAY DIFFRACTION99
3.1052-3.18910.27322400.22054563X-RAY DIFFRACTION99
3.1891-3.28290.25742390.21134544X-RAY DIFFRACTION99
3.2829-3.38880.25912420.21124604X-RAY DIFFRACTION99
3.3888-3.50980.28042390.20014524X-RAY DIFFRACTION99
3.5098-3.65020.24012400.18784563X-RAY DIFFRACTION99
3.6502-3.81620.24042400.17934569X-RAY DIFFRACTION99
3.8162-4.01720.21612420.17134584X-RAY DIFFRACTION99
4.0172-4.26860.21012400.16434569X-RAY DIFFRACTION99
4.2686-4.59760.18722410.15264579X-RAY DIFFRACTION99
4.5976-5.05930.2012430.15884612X-RAY DIFFRACTION99
5.0593-5.78920.22532410.17784577X-RAY DIFFRACTION99
5.7892-7.28540.21782420.18924596X-RAY DIFFRACTION100
7.2854-38.03610.20772420.17374582X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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