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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4zoh | ||||||||||||
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タイトル | Crystal structure of glyceraldehyde oxidoreductase | ||||||||||||
![]() | (Putative oxidoreductase ...) x 3 | ||||||||||||
![]() | OXIDOREDUCTASE / xanthine oxidoreductase family / molybdopterin cofactor / flavin adenine dinucleotide / iron-sulfur cluster | ||||||||||||
機能・相同性 | ![]() FAD binding / 2 iron, 2 sulfur cluster binding / oxidoreductase activity / electron transfer activity / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||
![]() | Nishimasu, H. / Fushinobu, S. / Wakagi, T. | ||||||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Archaeal Mo-Containing Glyceraldehyde Oxidoreductase Isozymes Exhibit Diverse Substrate Specificities through Unique Subunit Assemblies. 著者: Wakagi, T. / Nishimasu, H. / Miyake, M. / Fushinobu, S. #1: ジャーナル: FEBS Lett. / 年: 2002 タイトル: A novel bifunctional molybdo-enzyme catalyzing both decarboxylation of indolepyruvate and oxidation of indoleacetaldehyde from a thermoacidophilic archaeon, Sulfolobus sp. strain 7. 著者: Wakagi, T. / Fukuda, E. / Ogawa, Y. / Kino, H. / Matsuzawa, H. | ||||||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 258.1 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 199.9 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.1 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.1 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 49.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 70.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 1ffvS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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対称性 | 点対称性: (シェーンフリース記号: C2 (2回回転対称)) |
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要素
-Putative oxidoreductase ... , 3種, 3分子 ABC
#1: タンパク質 | 分子量: 77852.719 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 株: DSM 16993 / JCM 10545 / NBRC 100140 / 7 / 参照: UniProt: Q96Y29 |
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#2: タンパク質 | 分子量: 30752.512 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 株: DSM 16993 / JCM 10545 / NBRC 100140 / 7 / 参照: UniProt: Q974U9 |
#3: タンパク質 | 分子量: 18643.486 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 株: DSM 16993 / JCM 10545 / NBRC 100140 / 7 / 参照: UniProt: Q974V0 |
-非ポリマー , 9種, 633分子 ![](data/chem/img/MCN.gif)
![](data/chem/img/MO.gif)
![](data/chem/img/1PE.gif)
![](data/chem/img/PEG.gif)
![](data/chem/img/FAD.gif)
![](data/chem/img/PG4.gif)
![](data/chem/img/ACY.gif)
![](data/chem/img/FES.gif)
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![](data/chem/img/MO.gif)
![](data/chem/img/1PE.gif)
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![](data/chem/img/PG4.gif)
![](data/chem/img/ACY.gif)
![](data/chem/img/FES.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#4: 化合物 | ChemComp-MCN / | ||||||||||
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#5: 化合物 | ChemComp-MO / | ||||||||||
#6: 化合物 | ChemComp-1PE / | ||||||||||
#7: 化合物 | ChemComp-PEG / #8: 化合物 | ChemComp-FAD / | #9: 化合物 | ChemComp-PG4 / | #10: 化合物 | ChemComp-ACY / | #11: 化合物 | #12: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.75 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.29 % / 解説: hexagonal pillar |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8 / 詳細: 0.1 MNa-acetate, 0.2M CH3COONH4, 15% (w/v) PEG 4000 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 4r / 検出器: CCD / 日付: 2003年11月2日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.2→50 Å / Num. obs: 73074 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 12.1 % / Rsym value: 0.078 / Net I/σ(I): 36.7 |
反射 シェル | 解像度: 2.2→2.28 Å / 冗長度: 12.3 % / Rmerge(I) obs: 0.394 / Mean I/σ(I) obs: 6.9 / % possible all: 100 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 1FFV 解像度: 2.2→41.4 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.957 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.918 / SU B: 5.419 / SU ML: 0.137 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.22 / ESU R Free: 0.202 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 32.736 Å2
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精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 2.2→41.4 Å
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拘束条件 |
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