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- PDB-4zog: VX-680/MK-0457 binds to human ABL1 also in inactive DFG conformations. -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4zog
タイトルVX-680/MK-0457 binds to human ABL1 also in inactive DFG conformations.
要素Tyrosine-protein kinase ABL1
キーワードTRANSFERASE / Kinase / ABL1 / DFG conformations
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of actin filament binding / negative regulation of ubiquitin-protein transferase activity / positive regulation of oxidoreductase activity / protein localization to cytoplasmic microtubule plus-end / DN4 thymocyte differentiation / response to epinephrine / activation of protein kinase C activity / phospholipase C-inhibiting G protein-coupled receptor signaling pathway / podocyte apoptotic process / delta-catenin binding ...positive regulation of actin filament binding / negative regulation of ubiquitin-protein transferase activity / positive regulation of oxidoreductase activity / protein localization to cytoplasmic microtubule plus-end / DN4 thymocyte differentiation / response to epinephrine / activation of protein kinase C activity / phospholipase C-inhibiting G protein-coupled receptor signaling pathway / podocyte apoptotic process / delta-catenin binding / Role of ABL in ROBO-SLIT signaling / transitional one stage B cell differentiation / regulation of postsynaptic specialization assembly / regulation of modification of synaptic structure / nicotinate-nucleotide adenylyltransferase activity / DNA conformation change / neuroepithelial cell differentiation / : / B cell proliferation involved in immune response / cerebellum morphogenesis / positive regulation of Wnt signaling pathway, planar cell polarity pathway / positive regulation of extracellular matrix organization / microspike assembly / B-1 B cell homeostasis / neuropilin signaling pathway / neuropilin binding / bubble DNA binding / mitochondrial depolarization / regulation of cell motility / activated T cell proliferation / positive regulation of establishment of T cell polarity / cellular response to dopamine / positive regulation of blood vessel branching / proline-rich region binding / regulation of Cdc42 protein signal transduction / syntaxin binding / mitogen-activated protein kinase binding / regulation of hematopoietic stem cell differentiation / myoblast proliferation / alpha-beta T cell differentiation / positive regulation of dendrite development / regulation of axon extension / regulation of T cell differentiation / cardiac muscle cell proliferation / positive regulation of cell migration involved in sprouting angiogenesis / positive regulation of peptidyl-tyrosine phosphorylation / HDR through Single Strand Annealing (SSA) / negative regulation of cell-cell adhesion / Myogenesis / platelet-derived growth factor receptor-beta signaling pathway / positive regulation of osteoblast proliferation / RUNX2 regulates osteoblast differentiation / regulation of microtubule polymerization / Fc-gamma receptor signaling pathway involved in phagocytosis / associative learning / vascular endothelial cell response to oscillatory fluid shear stress / Bergmann glial cell differentiation / regulation of endocytosis / neuromuscular process controlling balance / negative regulation of long-term synaptic potentiation / negative regulation of mitotic cell cycle / negative regulation of cellular senescence / negative regulation of BMP signaling pathway / actin monomer binding / canonical NF-kappaB signal transduction / signal transduction in response to DNA damage / positive regulation of focal adhesion assembly / RHO GTPases Activate WASPs and WAVEs / BMP signaling pathway / endothelial cell migration / positive regulation of T cell migration / negative regulation of double-strand break repair via homologous recombination / mismatch repair / negative regulation of endothelial cell apoptotic process / regulation of cell adhesion / peptidyl-tyrosine autophosphorylation / four-way junction DNA binding / cellular response to transforming growth factor beta stimulus / spleen development / positive regulation of stress fiber assembly / ruffle / positive regulation of vasoconstriction / ephrin receptor binding / actin filament polymerization / positive regulation of substrate adhesion-dependent cell spreading / phosphotyrosine residue binding / positive regulation of endothelial cell migration / ERK1 and ERK2 cascade / positive regulation of interleukin-2 production / positive regulation of mitotic cell cycle / substrate adhesion-dependent cell spreading / SH2 domain binding / response to endoplasmic reticulum stress / positive regulation of release of sequestered calcium ion into cytosol / thymus development / protein kinase C binding / Turbulent (oscillatory, disturbed) flow shear stress activates signaling by PIEZO1 and integrins in endothelial cells / post-embryonic development / integrin-mediated signaling pathway / establishment of localization in cell
類似検索 - 分子機能
F-actin binding / F-actin binding / F-actin binding domain (FABD) / Tyrosine-protein kinase ABL, SH2 domain / : / SH3 domain / SH2 domain / Src homology 2 (SH2) domain profile. / Src homology 2 domains / SH2 domain ...F-actin binding / F-actin binding / F-actin binding domain (FABD) / Tyrosine-protein kinase ABL, SH2 domain / : / SH3 domain / SH2 domain / Src homology 2 (SH2) domain profile. / Src homology 2 domains / SH2 domain / SH2 domain superfamily / Src homology 3 domains / SH3-like domain superfamily / Src homology 3 (SH3) domain profile. / SH3 domain / Tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Tyrosine kinase, catalytic domain / Tyrosine protein kinases specific active-site signature. / Tyrosine-protein kinase, active site / Serine-threonine/tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Protein tyrosine and serine/threonine kinase / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
2-METHOXYETHANOL / Chem-VX6 / Tyrosine-protein kinase ABL1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Kyomuhendo, P. / Narayanan, D. / Engh, R.A.
資金援助 ノルウェー, 1件
組織認可番号国
Tromso Research Foundation ノルウェー
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: VX-680/MK-0457 binds also to human ABL1 with inactive DFG conformations.
著者: Kyomuhendo, P. / Narayanan, D. / Engh, R.A.
履歴
登録2015年5月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年9月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月10日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Tyrosine-protein kinase ABL1
B: Tyrosine-protein kinase ABL1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)66,8888
ポリマ－65,5352
非ポリマー1,3536
水2,252125
1
A: Tyrosine-protein kinase ABL1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,4605
ポリマ－32,7671
非ポリマー6934
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Tyrosine-protein kinase ABL1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,4273
ポリマ－32,7671
非ポリマー6602
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)105.937, 132.425, 56.551
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

-
要素

#1: タンパク質 Tyrosine-protein kinase ABL1 / Abelson murine leukemia viral oncogene homolog 1 / Abelson tyrosine-protein kinase 1 / Proto- ...Abelson murine leukemia viral oncogene homolog 1 / Abelson tyrosine-protein kinase 1 / Proto-oncogene c-Abl / p150


分子量: 32767.408 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 229-511 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ABL1, ABL, JTK7 / プラスミド: pET28a-TEV / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): Star
参照: UniProt: P00519, non-specific protein-tyrosine kinase
#2: 化合物 ChemComp-VX6 / CYCLOPROPANECARBOXYLIC ACID {4-[4-(4-METHYL-PIPERAZIN-1-YL)-6-(5-METHYL-2H-PYRAZOL-3-YLAMINO)-PYRIMIDIN-2-YLSULFANYL]-PHENYL}-AMIDE / VX-680


分子量: 464.586 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C23H28N8OS / コメント: 阻害剤*YM
#3: 化合物 ChemComp-MXE / 2-METHOXYETHANOL / 2-メトキシエタノ-ル


分子量: 76.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O2
#4: 化合物 ChemComp-MES / 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID / 2-モルホリノエタンスルホン酸


分子量: 195.237 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H13NO4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 125 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.18 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.37 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.6
詳細: PEG MME2000 (31% w/v), MES (100 mM, pH 6.5) and sodium acetate (260mM).

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.91705 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2013年2月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.91705 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→50 Å / Num. obs: 36095 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 4.09 % / Rmerge(I) obs: 0.1003 / Rsym value: 0.1 / Net I/σ(I): 12
反射 シェル解像度: 2.3→2.38 Å / 冗長度: 4.1 % / Rmerge(I) obs: 0.784 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / % possible all: 99.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
PHASER1.9_1692位相決定
Aimless0.1.28データスケーリング
XDSJuly 4, 2012データ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2G2H

2g2h


解像度: 2.3→43.002 Å / SU ML: 0.29 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.99 / 位相誤差: 23.49 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2332 1802 5 %Random selection
Rwork0.1842 ---
obs0.1867 36049 99.59 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→43.002 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4261 0 93 125 4479
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0084464
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.16044
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.2711629
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.041645
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005760
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.2995-2.36160.30461380.2482623X-RAY DIFFRACTION100
2.3616-2.43110.30841350.24082559X-RAY DIFFRACTION100
2.4311-2.50960.31561370.23172608X-RAY DIFFRACTION100
2.5096-2.59930.29211380.21522619X-RAY DIFFRACTION100
2.5993-2.70330.22951360.20512598X-RAY DIFFRACTION100
2.7033-2.82630.23161390.20082630X-RAY DIFFRACTION100
2.8263-2.97530.26191380.19642615X-RAY DIFFRACTION100
2.9753-3.16170.27881380.21032622X-RAY DIFFRACTION100
3.1617-3.40570.25391370.19992613X-RAY DIFFRACTION100
3.4057-3.74820.21311400.16892662X-RAY DIFFRACTION100
3.7482-4.29020.22761400.15362653X-RAY DIFFRACTION100
4.2902-5.40350.17781410.14612691X-RAY DIFFRACTION100
5.4035-43.00920.19411450.17322754X-RAY DIFFRACTION97
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.14180.22750.06780.35130.1760.1775-0.1852-0.20270.10680.0380.06940.0091-0.3047-0.11920.00010.4130.09250.02310.3613-0.02050.2181-18.768118.8475.525
20.4991-0.1379-0.06770.0404-0.04770.2197-0.2413-0.02360.04740.2910.12330.05110.059-0.2531-0.01130.24330.0806-0.01350.23970.00010.1793-24.990520.9767-2.4072
30.5742-0.43050.07770.27690.10830.8812-0.03580.0771-0.01350.06560.0462-0.0003-0.0766-0.0902-0.00060.16010.05160.0060.14810.01250.1687-17.905411.3138-16.5217
40.6896-0.3418-0.21860.47350.36310.5676-0.02070.3085-0.1069-0.1087-0.0239-0.02370.1627-0.21590.00010.15220.0104-0.00390.2204-0.03710.1446-17.35824.6298-28.7318
50.23440.20520.19940.26210.09980.11310.1081-0.08690.5197-0.0522-0.2559-0.2881-0.39910.1229-0.00150.2843-0.06170.05820.45470.05680.6562-17.741357.9293-11.6906
60.6032-0.3611-0.18030.31820.0780.20210.04980.16540.13140.0456-0.0371-0.2988-0.00050.1569-00.17990.0176-0.0130.24670.06580.2987-28.264744.6654-12.7552
70.0470.0180.06380.01030.04570.069-0.1286-0.10650.23790.14340.00370.0366-0.26760.09210.00010.64360.0343-0.06780.2752-0.08040.4321-36.591458.0655-3.1099
80.6261-0.11990.27970.5108-0.48330.462-0.01280.04620.02660.0269-0.068-0.01580.0081-0.0128-00.20160.0318-0.01340.14230.01110.1846-46.316244.8399-12.9513
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 233 through 264 )A233 - 264
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 265 through 310 )A265 - 310
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 311 through 444 )A311 - 444
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 445 through 501 )A445 - 501
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 234 through 292 )B234 - 292
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 293 through 379 )B293 - 379
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 380 through 401 )B380 - 401
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 402 through 503 )B402 - 503

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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