PDB-4znj: Thermus Phage P74-26 Large Terminase ATPase domain mutant R139A (...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4znj

タイトル

Thermus Phage P74-26 Large Terminase ATPase domain mutant R139A (I 2 3 space group)

要素

Phage terminase large subunit

キーワード

VIRAL PROTEIN / DNA Translocation

機能・相同性

機能・相同性情報

viral terminase, large subunit / viral DNA genome packaging / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エンドデオキシリボヌクレアーゼ / chromosome organization / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / endonuclease activity / ATP hydrolysis activity / ATP binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Thermus phage P7426 (ファージ)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 2.532 Å

データ登録者

Hilbert, B.J. / Hayes, J.A. / Stone, N.P. / Duffy, C.M. / Kelch, B.A.

資金援助

米国, 2件

引用

ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2015
タイトル: Structure and mechanism of the ATPase that powers viral genome packaging.
著者: Hilbert, B.J. / Hayes, J.A. / Stone, N.P. / Duffy, C.M. / Sankaran, B. / Kelch, B.A.

履歴

登録	2015年5月4日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2015年7月8日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2015年8月5日	Group: Database references
改定 1.2	2023年9月27日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_oper_list Item: _citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI ..._citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4znj.cif.gz	121.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4znj.ent.gz	96 KB	表示	PDB形式
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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	4znj_validation.pdf.gz	440.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4znj_full_validation.pdf.gz	440.7 KB	表示
XML形式データ	4znj_validation.xml.gz	11.6 KB	表示
CIF形式データ	4znj_validation.cif.gz	14.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zn/4znj ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zn/4znj	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4zniSC 4znkC 4znlC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4znl-1 4zni-d 4znk-d 6hcd-1 4ygd-2 2f93-d 4ese-d 4zr0-1 7ks4-d 5bua-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Phage terminase large subunit

ヘテロ分子

32.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	129.578, 129.578, 129.578
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	197
Space group name H-M	I23

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-443- HOH

#1: タンパク質	Phage terminase large subunit 分子量: 31494.619 Da / 分子数: 1 / 断片: residues 1-256 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Thermus phage P7426 (ファージ) / 遺伝子: P74p84 / プラスミド: pet24a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BLR DE3 / 参照: UniProt: A7XXR1
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 52 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.88 Å³/Da / 溶媒含有率: 57.27 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.5 詳細: 0.5M ammonium sulfate and 0.1 mM tri-sodium citrate pH 4.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.54 Å
検出器	タイプ: RIGAKU SATURN 944 / 検出器: CCD / 日付: 2014年9月17日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.532→28.98 Å / Num. obs: 11395 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 43.1 % / Net I/σ(I): 45.99
反射シェル	解像度: 2.532→2.622 Å / 冗長度: 42.3 % / R_merge(I) obs: 2.214 / Mean I/σ(I) obs: 2.59 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.9_1692	精密化
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
PHENIX	1.9_1692	位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4ZNI

4zni

解像度: 2.532→28.975 Å / SU ML: 0.36 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 31.27 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2493	936	8.22 %
R_work	0.1968	-	-
obs	0.2012	11392	93.13 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.532→28.975 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2034	0	30	52	2116

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	2130
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.887	2894
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.97	772
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.032	299
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	374

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.5325-2.6659	0.4125	125	0.3705	1432	X-RAY DIFFRACTION	90
2.6659-2.8328	0.4536	129	0.3364	1400	X-RAY DIFFRACTION	89
2.8328-3.0513	0.3587	124	0.314	1366	X-RAY DIFFRACTION	86
3.0513-3.358	0.2793	135	0.2456	1497	X-RAY DIFFRACTION	94
3.358-3.8429	0.2656	144	0.1861	1552	X-RAY DIFFRACTION	98
3.8429-4.838	0.1914	135	0.1504	1557	X-RAY DIFFRACTION	96
4.838-28.9764	0.2092	144	0.1661	1652	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.2247	-0.1296	0.0222	0.0398	0.089	0.3691	-0.5704	-0.3158	0.9336	1.5018	0.0241	0.5681	-0.1313	0.1991	0.001	0.8487	-0.0001	0.0248	0.7746	-0.1138	0.8521	-87.1033	275.5678	91.51
2	0.9046	-1.6438	-0.2565	7.4069	2.864	2.854	-0.1078	0.0722	0.0179	0.1391	-0.1307	0.8542	-0.1779	0.0508	-0.0001	0.548	0.0249	0.022	0.591	0.1415	0.7455	-92.2205	268.5169	92.298
3	0.7633	0.1628	0.6614	-0.0422	0.2941	0.2878	0.0235	0.1155	0.5509	1.109	0.6986	0.6683	-0.2413	-0.3452	0.0142	0.4652	0.0008	-0.0176	0.5838	0.1295	0.7371	-87.7309	257.3445	97.7744
4	5.6879	2.7274	-0.163	2.0343	2.9658	0.9956	-0.3124	1.3284	-1.3436	0.3986	1.69	-1.5904	1.9454	-2.1619	0.0845	0.8147	-0.1429	-0.1912	1.2995	0.2262	0.8029	-95.9242	254.8372	88.2825
5	1.4491	-1.4916	-0.2378	2.3761	-0.6888	0.812	-0.0343	-0.1456	-0.2948	-0.4916	0.0908	0.2292	0.2807	-0.0397	0.0012	0.5349	0.0049	-0.0436	0.6065	0.0583	0.5422	-83.5756	267.7069	86.8921
6	1.9152	-0.2571	1.6359	1.4718	-1.1108	1.5404	-0.9067	0.67	0.1	-0.5777	1.0191	-0.6845	-0.1656	0.5026	0.031	0.6276	0.0202	0.0838	0.7498	-0.0629	0.6153	-75.7347	261.6257	87.5486
7	2.8788	2.2512	1.9108	4.9768	-2.6339	3.2752	-0.0415	0.2695	0.22	-1.8637	0.041	1.1794	0.0683	-0.3603	-0.0108	0.5843	-0.0581	-0.073	0.727	0.0084	0.4732	-83.4166	264.4529	78.6461
8	1.5028	-0.3297	-0.8279	1.8573	0.9076	0.6499	-0.6314	0.5427	-0.6813	-1.6923	0.9263	-0.7993	0.372	1.4814	0.0011	1.0904	0.0215	0.0967	0.8663	-0.0795	0.7259	-74.4683	263.0003	74.112
9	0.399	1.5407	1.1043	1.3499	0.8729	0.2682	-0.7405	0.2572	-0.2652	-1.2682	1.0078	-0.7477	0.3487	0.8684	0.0579	0.7044	-0.0299	0.1532	0.8941	-0.1025	0.6858	-71.4924	268.3424	79.2586
10	8.5014	-3.1246	3.6333	2.0485	-3.1689	5.3975	-1.9661	-1.2857	1.0592	1.2173	1.0537	-0.6308	-0.9924	2.2502	-2.2475	0.1789	0.1165	0.2119	1.1218	0.2596	0.5351	-71.3593	258.4193	89.2287
11	0.4813	-0.6282	-0.5053	0.8777	0.4482	0.4361	0.637	-0.1647	-0.0344	-1.0942	-1.3633	-0.249	0.2097	-1.1447	-0.0114	0.7249	0.0948	-0.096	0.67	-0.0858	0.7155	-84.6308	251.0265	90.9471
12	0.3147	-0.8727	0.1441	1.8936	-0.0859	2.4516	-0.2321	-0.6785	0.01	-0.4337	-0.2717	-1.3405	-0.1086	0.8841	-0.0055	0.536	0.0635	0.0106	0.7861	0.0627	0.8218	-72.7524	253.3654	96.2538
13	0.4807	-0.7531	0.3286	1.6661	-1.1083	0.9788	-0.1086	-0.0535	-0.8492	0.6743	0.1675	-0.9622	-0.3006	0.494	-0.0009	0.3629	-0.0181	-0.083	0.5095	0.1342	0.5966	-83.284	257.5938	95.4441
14	1.0844	-0.8142	0.9229	1.047	0.1471	1.5536	-0.0419	-0.2989	0.1532	0.3698	0.1658	0.6145	0.0232	0.0898	-0.0003	0.5351	0.0251	0.0691	0.7185	0.1837	0.582	-88.0694	251.0607	104.1233
15	0.8687	-0.2879	-0.6891	1.6127	-2.1561	4.0351	0.3348	-0.2326	0.5727	0.7773	0.0408	0.4294	-0.1319	-0.1551	-0.0016	0.5751	0.1137	0.0981	0.7326	0.0708	0.6641	-89.6619	254.2136	109.1155
16	2.3116	0.0412	0.4611	0.8973	1.1003	0.9603	0.2559	0.9476	0.406	-0.6818	-1.0878	0.5348	0.4672	0.5914	-0.0613	0.5325	0.0792	0.0394	0.9125	0.1388	0.8485	-101.6306	256.808	94.2426
17	1.3688	-0.5812	0.6826	3.4315	1.0883	0.8914	-0.2027	0.3665	0.6033	1.0379	0.3769	0.7393	0.556	-0.1896	0.0225	0.7201	-0.0214	0.0098	0.8861	-0.0563	0.8761	-108.6957	246.2684	89.6964
18	2.6436	-0.6687	1.4621	2.1505	-0.8533	0.848	1.0029	0.925	-2.3877	-0.7565	-1.2724	0.7732	0.4362	-0.5068	0.0206	0.5902	-0.1008	-0.1023	0.7792	0.0153	1.1608	-100.6357	241.676	94.1247
19	2.3824	-2.1756	0.4609	3.3586	0.2157	0.3055	0.2835	2.2334	-1.2833	-0.7911	-0.2988	1.5504	-0.746	0.7456	-0.1267	0.4467	-0.0336	-0.0451	0.9781	0.0402	0.797	-97.0951	246.829	96.7587

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain A and ((resseq 4:10))
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain A and ((resseq 11:31))
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain A and ((resseq 32:38))
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain A and ((resseq 39:43))
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain A and ((resseq 44:57))
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain A and ((resseq 58:68))
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain A and ((resseq 69:93))
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain A and ((resseq 94:104))
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain A and ((resseq 105:136))
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain A and ((resseq 137:146))
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain A and ((resseq 147:153))
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain A and ((resseq 154:170))
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain A and ((resseq 171:180))
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain A and ((resseq 181:198))
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain A and ((resseq 199:215))
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain A and ((resseq 216:228))
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain A and ((resseq 229:238))
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain A and ((resseq 239:246))
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain A and ((resseq 247:253))

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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万見 (Yorodumi)